文獻(xiàn)信息 標(biāo)題:Benchmarking of shotgun sequencing depth reveals the potential and limitations ...
文獻(xiàn)信息 標(biāo)題:Benchmarking of shotgun sequencing depth reveals the potential and limitations ...
文獻(xiàn)解讀概述 這篇文獻(xiàn)發(fā)表在 Nature Microbiology (2025 年 4 月,Volume 10, pp. 973–991),標(biāo)題為 Metabolic mo...
軟件的背景 MEGAHIT(MetaGenome Assembler using succinct de Bruijn graph)是一個(gè)專為宏基因組數(shù)據(jù)設(shè)計(jì)的de novo...
metaMDBG軟件的背景 metaMDBG是一個(gè)專為長準(zhǔn)確讀序(如PacBio HiFi和Nanopore R10.4+)設(shè)計(jì)的宏基因組組裝工具。它旨在高效處理宏基因組數(shù)據(jù)...
BASALT:優(yōu)化宏基因組數(shù)據(jù)的分箱并提高基因組分辨率宏基因組分析這篇文獻(xiàn)發(fā)表于Nature Communications(2024年3月11日在線發(fā)布,DOI: 10.10...
背景 土壤微生物在砷的生物地球化學(xué)循環(huán)中發(fā)揮關(guān)鍵作用,尤其是通過甲基化將無機(jī)砷轉(zhuǎn)化為有機(jī)砷。然而,許多參與砷甲基化的微生物仍未被培養(yǎng)或充分研究。本研究結(jié)合宏基因組學(xué)和宏轉(zhuǎn)錄組...
背景 宏基因組學(xué)為研究復(fù)雜微生物群落的生物地球化學(xué)功能提供了重要工具,但如何選擇適當(dāng)?shù)姆治霾呗裕ㄈ缃M裝法或直接讀取法)對研究結(jié)果和資源效率至關(guān)重要。本研究探討這些方法在微生物...
圖1 | 灘涂潮間帶沉積物中病毒和微生物的概述。c 潮間帶沉積物中溶菌性和溶原性病毒的相對比例。箱線圖顯示了不同生活方式病毒的相對比例差異。箱線圖中的點(diǎn)代表每個(gè)采樣區(qū)域八個(gè)樣...
背景 文章的研究背景主要聚焦于乳腺癌(Breast Cancer, BC)與微生物組的關(guān)系。乳腺癌是全球最常見的女性癌癥之一,且其發(fā)病機(jī)制復(fù)雜,除了遺傳因素,環(huán)境和生活方式也...
圖1 | 灘涂潮間帶沉積物中病毒和微生物的概述。c 潮間帶沉積物中溶菌性和溶原性病毒的相對比例。箱線圖顯示了不同生活方式病毒的相對比例差異。箱線圖中的點(diǎn)代表每個(gè)采樣區(qū)域八個(gè)樣...
圖1 | 灘涂潮間帶沉積物中病毒和微生物的概述。b.分類和未分類病毒的比例(左)以及病毒譜系在家族水平上的比例(右)。以下是作圖代碼: 作圖結(jié)果: 是兩張矢量圖進(jìn)行拼接得到最...
圖1 | 灘涂潮間帶沉積物中病毒和微生物的概述。a 采集的潮間帶沉積物樣品的地理分布。中國的采樣省份以灰色表示,包括遼寧省(LN)、山東?。⊿D)、江蘇省(JS)、浙江?。╖...
背景 潮間帶的海灘生態(tài)系統(tǒng)是病毒活動(dòng)的場所,具有顯著的生態(tài)價(jià)值和復(fù)雜的生物多樣性重要。然而,目前關(guān)于潮間帶區(qū)域病毒多樣性的研究尚不充分,尤其是在功能基因和病毒方面-簡單方面缺...
背景 浮游植物群在全球生物地球化學(xué)循環(huán)中發(fā)揮重要作用,是海洋食物網(wǎng)的基礎(chǔ)。雖然通過全球范圍的元基因組探測對它們的未培養(yǎng)基因組多樣性進(jìn)行了估計(jì),但這種方法尚未估算復(fù)雜度的極地和...
背景 發(fā)酵食品在人類改善健康方面受到廣泛認(rèn)可,衍生出豐富的多種豐富的營養(yǎng)成分和生物活性物質(zhì)。這些食品中重要的代謝物是由生物合成基因簇(BGCs)決定的,具有抗菌、然而,全球食...
背景 人類破壞破壞組在第一健康和疾病中著眼作用,尤其是在生命早期。高質(zhì)量的參考基因組對破壞破壞組的分類、重要功能特征分析至關(guān)重要。本研究通過分析來自3歲以下兒童的6122個(gè)模...
背景 環(huán)境微生物組在首先健康和疾病中發(fā)揮重要作用,尤其是在破壞破壞組的研究中。然而,關(guān)于微生物組在不同環(huán)境中的空間組織調(diào)節(jié)以及這些組織的基因的了解仍然有限。研究通過建立一個(gè)包...
背景 二代宏基因組分析的自動(dòng)化流程的對數(shù)據(jù)質(zhì)控處理階段,在宏基因組的分析中,樣本可能會存在宿主污染的情況,這時(shí)候需要對數(shù)據(jù)進(jìn)行去宿主的操作,操作的方法就是用bowtie2軟件...
背景 高分文章的圖片看不懂?高分文章的圖片好好看!這里對文章中常見的花里胡哨的Circos圖進(jìn)行仔細(xì)解讀,希望開拓大家對高分文章中圖片解讀的思路,拋磚引玉一下啦~ 圖片繪制 ...
NCBI的序列讀取檔案(SRA,Sequence Read Archive)是一個(gè)公共存儲庫,包含了大量的高通量序列數(shù)據(jù)。你可以通過多種方法下載SRA數(shù)據(jù)。以下是一些常見的方...