文獻(xiàn)信息 標(biāo)題：Benchmarking of shotgun sequencing depth reveals the potential and limitations ...
發(fā)簡信
IP屬地：臺灣
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文獻(xiàn)解讀：鳥槍法宏基因組測序深度基準(zhǔn)測試：淺層宏基因組學(xué)與菌株水平分析的潛力與局限
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3+2生信分析模式下對腸道微生物的解讀|Metabolic modelling reveals the aging-associated decline of host–microbiome m...
文獻(xiàn)解讀概述 這篇文獻(xiàn)發(fā)表在 Nature Microbiology (2025 年 4 月，Volume 10, pp. 973–991)，標(biāo)題為 Metabolic mo...
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megahit軟件|對于巨大樣本數(shù)據(jù)的kmer選擇
軟件的背景 MEGAHIT（MetaGenome Assembler using succinct de Bruijn graph）是一個(gè)專為宏基因組數(shù)據(jù)設(shè)計(jì)的de novo...
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metaMDBG軟件|實(shí)現(xiàn)PacBio Revio HiFi數(shù)據(jù)的快速組裝
metaMDBG軟件的背景 metaMDBG是一個(gè)專為長準(zhǔn)確讀序（如PacBio HiFi和Nanopore R10.4+）設(shè)計(jì)的宏基因組組裝工具。它旨在高效處理宏基因組數(shù)據(jù)...
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宏基因組分箱（binning）｜BASALT實(shí)戰(zhàn)深入binningBASALT：優(yōu)化宏基因組數(shù)據(jù)的分箱并提高基因組分辨率宏基因組分析這篇文獻(xiàn)發(fā)表于Nature Communications（2024年3月11日在線發(fā)布，DOI: 10.10...
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ISME J .|利用宏組學(xué)輔助分離一種難以培養(yǎng)的厭氧砷甲基化土壤細(xì)菌背景 土壤微生物在砷的生物地球化學(xué)循環(huán)中發(fā)揮關(guān)鍵作用，尤其是通過甲基化將無機(jī)砷轉(zhuǎn)化為有機(jī)砷。然而，許多參與砷甲基化的微生物仍未被培養(yǎng)或充分研究。本研究結(jié)合宏基因組學(xué)和宏轉(zhuǎn)錄組...
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Brief Bioinform|組裝or不組裝，復(fù)雜群落中微生物介導(dǎo)的生物地球化學(xué)途徑的宏基因組剖析背景 宏基因組學(xué)為研究復(fù)雜微生物群落的生物地球化學(xué)功能提供了重要工具，但如何選擇適當(dāng)?shù)姆治霾呗裕ㄈ缃M裝法或直接讀取法）對研究結(jié)果和資源效率至關(guān)重要。本研究探討這些方法在微生物...
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NatureCommunications|國沿海泥灘潮間帶病毒組的生物多樣性研究 (五)圖1 | 灘涂潮間帶沉積物中病毒和微生物的概述。c 潮間帶沉積物中溶菌性和溶原性病毒的相對比例。箱線圖顯示了不同生活方式病毒的相對比例差異。箱線圖中的點(diǎn)代表每個(gè)采樣區(qū)域八個(gè)樣...
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Microbiome|乳腺癌患者微生物組的宏基因組分析揭示與疾病相關(guān)的微生物群失調(diào)背景 文章的研究背景主要聚焦于乳腺癌（Breast Cancer, BC）與微生物組的關(guān)系。乳腺癌是全球最常見的女性癌癥之一，且其發(fā)病機(jī)制復(fù)雜，除了遺傳因素，環(huán)境和生活方式也...
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NatureCommunications|國沿海泥灘潮間帶病毒組的生物多樣性研究 (四)圖1 | 灘涂潮間帶沉積物中病毒和微生物的概述。c 潮間帶沉積物中溶菌性和溶原性病毒的相對比例。箱線圖顯示了不同生活方式病毒的相對比例差異。箱線圖中的點(diǎn)代表每個(gè)采樣區(qū)域八個(gè)樣...
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NatureCommunications|國沿海泥灘潮間帶病毒組的生物多樣性研究 (三)圖1 | 灘涂潮間帶沉積物中病毒和微生物的概述。b.分類和未分類病毒的比例（左）以及病毒譜系在家族水平上的比例（右）。以下是作圖代碼： 作圖結(jié)果： 是兩張矢量圖進(jìn)行拼接得到最...
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NatureCommunications|國沿海泥灘潮間帶病毒組的生物多樣性研究 (二)圖1 | 灘涂潮間帶沉積物中病毒和微生物的概述。a 采集的潮間帶沉積物樣品的地理分布。中國的采樣省份以灰色表示，包括遼寧省（LN）、山東?。⊿D）、江蘇省（JS）、浙江?。╖...
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NatureCommunications|國沿海泥灘潮間帶病毒組的生物多樣性研究 (一)背景 潮間帶的海灘生態(tài)系統(tǒng)是病毒活動(dòng)的場所，具有顯著的生態(tài)價(jià)值和復(fù)雜的生物多樣性重要。然而，目前關(guān)于潮間帶區(qū)域病毒多樣性的研究尚不充分，尤其是在功能基因和病毒方面-簡單方面缺...
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Microbiome|來自北極和大西洋的浮游植物微生物組的宏基因組組裝背景 浮游植物群在全球生物地球化學(xué)循環(huán)中發(fā)揮重要作用，是海洋食物網(wǎng)的基礎(chǔ)。雖然通過全球范圍的元基因組探測對它們的未培養(yǎng)基因組多樣性進(jìn)行了估計(jì)，但這種方法尚未估算復(fù)雜度的極地和...
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Microbiome|宏基因組學(xué)揭示全球食品發(fā)酵中次級調(diào)用物生物合成潛力的棲息地背景 發(fā)酵食品在人類改善健康方面受到廣泛認(rèn)可，衍生出豐富的多種豐富的營養(yǎng)成分和生物活性物質(zhì)。這些食品中重要的代謝物是由生物合成基因簇（BGCs）決定的，具有抗菌、然而，全球食...
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NatureMedicine|早期生命破壞破壞組的32277個(gè)基因組和超過8000萬個(gè)基因組背景 人類破壞破壞組在第一健康和疾病中著眼作用，尤其是在生命早期。高質(zhì)量的參考基因組對破壞破壞組的分類、重要功能特征分析至關(guān)重要。本研究通過分析來自3歲以下兒童的6122個(gè)模...
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NatureCommunications|在粘蛋白水凝膠載體中培養(yǎng)復(fù)雜的腸道微生物群落背景 環(huán)境微生物組在首先健康和疾病中發(fā)揮重要作用，尤其是在破壞破壞組的研究中。然而，關(guān)于微生物組在不同環(huán)境中的空間組織調(diào)節(jié)以及這些組織的基因的了解仍然有限。研究通過建立一個(gè)包...
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Linux 中多任務(wù)寫入同一文件解決辦法
背景 二代宏基因組分析的自動(dòng)化流程的對數(shù)據(jù)質(zhì)控處理階段，在宏基因組的分析中，樣本可能會存在宿主污染的情況，這時(shí)候需要對數(shù)據(jù)進(jìn)行去宿主的操作，操作的方法就是用bowtie2軟件...
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樣本與抗性基因Circos圖片解讀背景 高分文章的圖片看不懂？高分文章的圖片好好看！這里對文章中常見的花里胡哨的Circos圖進(jìn)行仔細(xì)解讀，希望開拓大家對高分文章中圖片解讀的思路，拋磚引玉一下啦~ 圖片繪制 ...
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NCBI里的SRA數(shù)據(jù)如何下載？
NCBI的序列讀取檔案（SRA，Sequence Read Archive）是一個(gè)公共存儲庫，包含了大量的高通量序列數(shù)據(jù)。你可以通過多種方法下載SRA數(shù)據(jù)。以下是一些常見的方...