常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲(chǔ)存受體、配體以及兩種相互作用...
發(fā)簡(jiǎn)信
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單細(xì)胞分析之細(xì)胞交互-3：CellChat -
WGCNA學(xué)習(xí)：WGCNA分析實(shí)戰(zhàn)WGCNA筆記第三彈 WGCNA分析原理 WGCNA應(yīng)用場(chǎng)景 WGCNA分析實(shí)踐 本代碼借鑒了生信技能樹的WGCNA教程以及PlanTech的WGCNA課程編寫，轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明出...
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R語(yǔ)言接受命令行參數(shù)的三種方式
R語(yǔ)言接受命令行參數(shù)的三種方式 最近要用一下R的命令行，但是發(fā)現(xiàn)命令行參數(shù)不是很友好，就總結(jié)了一下目前常用的R的命令行參數(shù)的接受方法。 平常我們使用R語(yǔ)言的時(shí)候常常都是在交互...
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R Advanced Application（Manhattan+heatmap+facet+curve fitting）繪制曼哈頓圖 橫坐標(biāo)為SNP在基因組上對(duì)應(yīng)的染色體位點(diǎn)，縱坐標(biāo)為-log10(P-value)。 曼哈頓圖需要的原始數(shù)據(jù)應(yīng)包含以下部分：SNP的ID（rs開頭），染色體編號(hào)（...
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R Elementary Application （base+ggplot2）
?? 使用getwd("")來(lái)讀取工作路徑，使用setwd("")來(lái)更改工作路徑→使用setwd("../")來(lái)將工作路徑更改至上級(jí)目錄 ?? 使用dat<- read.tabl...
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R Intermediate Application（Venn+Pie+Volcano+Q-Q plot））
text文件的制表符格式為sep="\t"（即空格），是默認(rèn)狀態(tài)，但如果文件格式為CSV，則需要將sep轉(zhuǎn)換為=","，如果文件格式為EXCEL，則需要使用R包xlsx，隨后...
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RColorBrewer package與R的顏色RColorBrewer包存在三種類型的色板，單色漸變+雙色漸變+離散顏色色板 色板的查看：display.brewer.all()查看所有色板；display.brewer...
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Basic R Knowledge
R主頁(yè)：http://www.r.project.org/[http://www.r.project.org/**] R語(yǔ)言主頁(yè)→software→package→可以下載多...
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使用uuid做MySQL主鍵，被老板，爆懟一頓！前言：在mysql中設(shè)計(jì)表的時(shí)候,mysql官方推薦不要使用uuid或者不連續(xù)不重復(fù)的雪花id(long形且唯一),而是推薦連續(xù)自增的主鍵id,官方的推薦是auto_incr...
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Graphpad繪制ROC曲線Graphpad繪制ROC曲線 接受者操作特性曲線（receiver operating characteristic curve，簡(jiǎn)稱 ROC 曲線），又稱為感受性曲線（s...
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TCGA數(shù)據(jù)差異分析后生存分析（批量單因素cox回歸/Lasso篩選，多因素cox建模，時(shí)間依賴ROC曲線及KM plot可視化）測(cè)序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw r...
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冷凍電鏡(cryo-EM)三維圖像重構(gòu)軟件Relion工作站配置推薦單顆粒冷凍電鏡是結(jié)構(gòu)生物學(xué)研究的重要手段之一，冷凍電鏡的模型重構(gòu)通常需要對(duì)幾萬(wàn)甚至幾十萬(wàn)張投影圖片進(jìn)行分析、組裝和優(yōu)化，計(jì)算量巨大，這需要先進(jìn)的計(jì)算架構(gòu)配合有效的算法...
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GEO數(shù)據(jù)庫(kù)學(xué)習(xí)總結(jié)（一）數(shù)據(jù)下載
非常感謝jimmy大神與生信技能樹一直以來(lái)的無(wú)私分享，自己學(xué)習(xí)的同時(shí)也伴隨著記錄，如有錯(cuò)誤的，歡迎大家指正~~~~ 1.數(shù)據(jù)下載 Ⅰ、R代碼直接下載數(shù)據(jù) 建議以Rdata形式...
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