假設(shè)檢驗(yàn)： 一般步驟： 1.設(shè)定假設(shè)后需要驗(yàn)證：假設(shè)0一般都是“處理組和對(duì)照組無區(qū)別” 2.構(gòu)建檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)量：根據(jù)樣本數(shù)據(jù)計(jì)算統(tǒng)計(jì)量和檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)量 3.設(shè)定置信區(qū)間：根據(jù)檢驗(yàn)統(tǒng)計(jì)...
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【點(diǎn)】p value、FDR、q value
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p.value和FDR最近用limma作差異分析，接觸p.value和adj.p.value比較多，今天就重點(diǎn)解釋下p.value和FDR吧： 在topTable函數(shù)的結(jié)果里，我們都會(huì)看到p.va...
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R錯(cuò)誤 Shadow graphics device error: r error 4
我的R在版本由4.2.2更新4.3.1后使用remotes::install_github("YuLab-SMU/HPO.db") BiocManager::install(...
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KEGG注釋：KEGG富集可視化柱狀圖很久很久以前，看到過文章中的KEGG富集可視化結(jié)果圖。是對(duì)KEGG通路進(jìn)行注釋的。后來在一些測(cè)序公司的宣傳頁上也見到過類似的圖： 其實(shí)這個(gè)圖就是多了一個(gè)KEGG通路注釋，近期...
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【R語言】卡方檢驗(yàn)和Fisher精確檢驗(yàn)，復(fù)現(xiàn)臨床paper做臨床數(shù)據(jù)分析的時(shí)候我們經(jīng)常會(huì)用卡方檢驗(yàn)或者Fisher精確檢驗(yàn)去看看不同的臨床特征在兩組里面有沒有顯著差異。今天小編就帶大家來重現(xiàn)一下下面這篇paper的Table2 Ta...
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老大醒腦題-我卻迷糊了
問題鏈接看http://www.bio-info-trainee.com/4458.html 我碰到的問題 1.要不要把每個(gè)list變成data.frame,我給變成了，我首...
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GEO數(shù)據(jù)庫 mRNA芯片分析全流程GEO數(shù)據(jù)庫 mRNA芯片分析全流程 我們演示的數(shù)據(jù)集是GSE19136，樣本可分為三組（對(duì)照組，支架組，紫杉醇組），具體實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)情況請(qǐng)查看鏈接。本篇文章主要對(duì)對(duì)照組和支架組...
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GEO芯片數(shù)據(jù)差異表達(dá)分析前面簡(jiǎn)單給大家介紹過 GEO數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)檢索方法（一）[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4ODE0NTE3OA==&mid=2649210...
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一個(gè)GSE有兩個(gè)GPL該怎么辦莎莎寫于2020.5.7?今天上午10點(diǎn)鐘準(zhǔn)時(shí)就醒了，然后和室友磨嘰半天去實(shí)驗(yàn)室打掃衛(wèi)生，然后簽了字就偷偷溜了??然后回到中校區(qū)買了超級(jí)甜的哈密瓜??還有火龍果，沃柑，一共是30...
