準(zhǔn)備 1.基因組序列下載與注釋?zhuān)褂胮rokka進(jìn)行注釋?zhuān)@得gff文件。參考我前一篇：autoprokka:使用prokka批量注釋 - 簡(jiǎn)書(shū) (jianshu.com)[...
發(fā)簡(jiǎn)信
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利用泛基因組挖掘目標(biāo)細(xì)菌的靶標(biāo)基因-Roary,gbksplit和TBtools -
MetaPhlAn4 Meta taxonGithub: https://github.com/biobakery/MetaPhlAn/wiki/MetaPhlAn-4[https://github.com/biob...
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Eggnog-mapper（2.1.7）使用記錄文章僅是記錄自己的學(xué)習(xí)使用，有錯(cuò)誤請(qǐng)指出，我立刻改正！ 官方說(shuō)明：https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper/wiki/eggNOG-...
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CRISPR/Spacer/Cas有關(guān)預(yù)測(cè)方法：集錦規(guī)律間隔成簇短回文重復(fù)序列 (Clustered regularly interspaced short palindromic repeats, CRISPR)是細(xì)菌，古菌...
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轉(zhuǎn)錄組DEGs聚類(lèi)熱圖和功能富集分析寫(xiě)在前面：經(jīng)常做轉(zhuǎn)錄組分析，就是把差異基因搞個(gè)火山圖和Venn圖看各組差異基因的共有和特有情況?？匆?jiàn)有個(gè)比較好的選擇，能直觀比較各種處理帶來(lái)的影響，如下： 來(lái)自Nature ...
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比較基因組學(xué)在細(xì)菌基因組中的應(yīng)用
更多案例分享： 基因組測(cè)序在細(xì)菌基因組中的應(yīng)用[https://link.zhihu.com/?target=https%3A//mp.weixin.qq.com/s/R4u...
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移動(dòng)遺傳元件常用分析數(shù)據(jù)庫(kù)（轉(zhuǎn)載）移動(dòng)遺傳元件 (Mobile genetic elements, MGEs) 如質(zhì)粒、噬菌體[https://www.biomart.cn/supply/1001013206...
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PlasFlow預(yù)測(cè)質(zhì)粒標(biāo)題：PlasFlow: predicting plasmid sequences in metagenomic data using genome signatures[h...
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核心基因提?。簆rokka、roary和TBtools的聯(lián)合運(yùn)用首先，下載好基因組的完成圖（自己的也行，只要確保測(cè)序質(zhì)量夠好），先用prokka注釋完獲得*.gff文件（批量可以參考我之前的文章用autoprokka執(zhí)行），將gff文件放...
