一 基礎(chǔ)知識 1、什么是富集分析？ 富集分析的原理一個生物過程通常是由一組基因共同參與，而不是由單個基因獨自完成。富集分析的基本前提假設(shè)是，如果一個生物學(xué)過程在已知的研究中發(fā)...
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clustree ： 聚類可視化利器我們知道在研究問題時，分組是很重要的，有分組才有故事可講。比如，兩塊田一塊施肥一塊不施肥，可以做比較嘛。在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中用到較多的數(shù)據(jù)分組技術(shù)是聚類（clustering）...
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暫別簡書，后會有期
我不是老師，也不是大神，更不是前輩。我只是個普通的科研工作者，一個只想努力變得更好的人。 來到簡書快3年了，期間寫了不少的筆記。很多的筆記是在疫情嚴(yán)重時wfh的時候?qū)懙摹Ｖ两?..
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count normalization的方法
count normalization的方法 這應(yīng)該會是一個小系列，我會簡單介紹下現(xiàn)在的一些count normaliztion的方法，以及對應(yīng)的代碼解釋、思考，從而最后得出...
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Python黑科技系列11-自動化工具破解VIP付費文章下載數(shù)據(jù)序言 不要懼怕還未到來的結(jié)果，要堅信，人生那么長，執(zhí)著努力的人，一定會被時光溫柔以待。愿一切為之努力的事情，都有浪漫的結(jié)果。不動聲色地變好，每一天都要比昨天更加好。僅此一生，...
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單細(xì)胞的GO KEGG GSEA GSVA分析今天抽個空把單細(xì)胞領(lǐng)域的GO KEGG GSEA GSVA都做了一遍，跑完以后的感覺就是有這樣的理解，就是單細(xì)胞我首先會選擇做GSVA，但是我還會順便做下kegg或者GSEA...
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Read count、CPM、 RPKM、FPKM和TPM的區(qū)別1. 為什么我們要進行Normalization 測序深度：某些低表達(dá)量的基因只有在較高的測序深度時才能檢測到。一般而言，隨著測序深度的增加，基因種類以及可變剪接體的數(shù)目也會...
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跟著Science Advances學(xué)畫圖：R語言ggplot2畫圖如何讓坐標(biāo)軸以科學(xué)計數(shù)法顯示今天的推文是昨天推文的延續(xù)。在昨天的推文中模仿了論文 Landscapes of bacterial and metabolic signatures and their i...
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ANOVA組間比較方法有十多種，到底該選哪個呢？
兩組或多組間的單因素方差比較可算是科研最常用的統(tǒng)計方法了。 大家都耳熟能詳，在SPSS中操作也非常6了。但你會發(fā)現(xiàn)，當(dāng)數(shù)據(jù)正態(tài)且方差齊時，SPSS中存在十幾種組間差異比較方法...
