生而孤獨(dú) 活而精彩
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@楊康yanking 寫(xiě)錯(cuò)了，應(yīng)該是hka，類(lèi)似的另一個(gè)test是mk test，都是非常經(jīng)典的中性檢驗(yàn)，都考慮了突變率跟multi loci，比單純用kaks科學(xué)很多
從參考基因組(序列)和SNPs(位點(diǎn))入手的Ka/Ks（dN/dS）選擇分析的基本思路流程
Update Mar 9, 2023: 多物種尋找orthologs可以用OrthoFinder： https://github.com/davidemms/OrthoFin...
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其實(shí)吧，如果要做群體水平的，一般用hkd test，單純用kaks不太合適
從參考基因組(序列)和SNPs(位點(diǎn))入手的Ka/Ks（dN/dS）選擇分析的基本思路流程
Update Mar 9, 2023: 多物種尋找orthologs可以用OrthoFinder： https://github.com/davidemms/OrthoFin...
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@push_c9de 建議不做gwas，你這樣scaffold的錯(cuò)誤率極高，如果要選基因，建議用清除選擇或者平衡選擇去做，也就是用sweed或者說(shuō)結(jié)合fst，tajima，pi這些去做，一般gwas能跑到的地方，fst也可以選到，后期結(jié)合物種特點(diǎn)去闡述即可，不一定要gwas
【PCA】scaffold等級(jí)的群體重測(cè)序可能遇到的坑
這陣子在做紅樹(shù)的群體重測(cè)序分析，一開(kāi)始在PCA這個(gè)坎上遇到了一個(gè)網(wǎng)上普遍的教程都沒(méi)有怎么提及的坑，加之下午有人發(fā)郵件給我，問(wèn)了類(lèi)似的問(wèn)題，所以在這里寫(xiě)下這篇可能對(duì)大部分只有s...
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生信小撰 ·請(qǐng)問(wèn)一下您后續(xù)有做GWAS嗎，我在用一個(gè)scaffold水平的群體做重測(cè)序，卡到了GWAS這一步，找不到合適的軟件來(lái)進(jìn)行。
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用的可以用，但需要過(guò)濾一下，根據(jù)你基因組大小，還有拼接效果去過(guò)濾，一般小基因組過(guò)濾掉1kbp的scaffold，大一些的可以過(guò)濾掉10kbp的，盡量控制在scaffold數(shù)量不要太多，但又要能代表整個(gè)基因組，gatk運(yùn)行的時(shí)候記得分scaffold（1/30一組或者更多）去call，不然速度會(huì)懷疑人生，或者直接用samtools+bcftools去call
【PCA】scaffold等級(jí)的群體重測(cè)序可能遇到的坑
這陣子在做紅樹(shù)的群體重測(cè)序分析，一開(kāi)始在PCA這個(gè)坎上遇到了一個(gè)網(wǎng)上普遍的教程都沒(méi)有怎么提及的坑，加之下午有人發(fā)郵件給我，問(wèn)了類(lèi)似的問(wèn)題，所以在這里寫(xiě)下這篇可能對(duì)大部分只有s...
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【orthofinder】在被限制進(jìn)程的服務(wù)器中使用注意事項(xiàng)這陣子開(kāi)始做比較基因組的項(xiàng)目，由于沒(méi)有root而且也不想折騰orthomcl，所以首選orthofinder，故而先是安裝，這次使用conda安裝 安裝完成之后，本來(lái)打算用r...
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如果要對(duì)bam文件進(jìn)行質(zhì)檢，其實(shí)老牌的軟件有一個(gè)qualimap的也蠻方便的
比對(duì)文件BAM/CAM深度檢測(cè)好用工具：Mosdepth
做完比對(duì)后，最直接的一個(gè)問(wèn)題就是想知道：你的reads比對(duì)上了哪些區(qū)域沒(méi)比對(duì)上哪些區(qū)域，有多少reads比對(duì)上特定的區(qū)域(該區(qū)域比對(duì)深度)。傳統(tǒng)手藝一般可以使用bedtool...
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@lakeseafly ??今天認(rèn)真看了gcta的說(shuō)明書(shū)，發(fā)現(xiàn)其實(shí)是可以的，有個(gè)參數(shù)--autosome-num，這個(gè)參數(shù)可以設(shè)置染色體數(shù)目，這樣就可以避免報(bào)錯(cuò)了
PCA的分析
常用的工具 PCA分析中常用的工具有GCTA中的PCA模塊，老牌的軟件EIGENSOFT中的smartpca，還有很多最近推出的R包都能夠做PCA分析。然后分析完后，可視化的...
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【PCA】scaffold等級(jí)的群體重測(cè)序可能遇到的坑
這陣子在做紅樹(shù)的群體重測(cè)序分析，一開(kāi)始在PCA這個(gè)坎上遇到了一個(gè)網(wǎng)上普遍的教程都沒(méi)有怎么提及的坑，加之下午有人發(fā)郵件給我，問(wèn)了類(lèi)似的問(wèn)題，所以在這里寫(xiě)下這篇可能對(duì)大部分只有s...
