@楊康yanking 寫(xiě)錯(cuò)了,應(yīng)該是hka,類(lèi)似的另一個(gè)test是mk test,都是非常經(jīng)典的中性檢驗(yàn),都考慮了突變率跟multi loci,比單純用kaks科學(xué)很多
從參考基因組(序列)和SNPs(位點(diǎn))入手的Ka/Ks(dN/dS)選擇分析的基本思路流程Update Mar 9, 2023: 多物種尋找orthologs可以用OrthoFinder: https://github.com/davidemms/OrthoFin...
其實(shí)吧,如果要做群體水平的,一般用hkd test,單純用kaks不太合適
從參考基因組(序列)和SNPs(位點(diǎn))入手的Ka/Ks(dN/dS)選擇分析的基本思路流程Update Mar 9, 2023: 多物種尋找orthologs可以用OrthoFinder: https://github.com/davidemms/OrthoFin...
@push_c9de 建議不做gwas,你這樣scaffold的錯(cuò)誤率極高,如果要選基因,建議用清除選擇或者平衡選擇去做,也就是用sweed或者說(shuō)結(jié)合fst,tajima,pi這些去做,一般gwas能跑到的地方,fst也可以選到,后期結(jié)合物種特點(diǎn)去闡述即可,不一定要gwas
【PCA】scaffold等級(jí)的群體重測(cè)序可能遇到的坑這陣子在做紅樹(shù)的群體重測(cè)序分析,一開(kāi)始在PCA這個(gè)坎上遇到了一個(gè)網(wǎng)上普遍的教程都沒(méi)有怎么提及的坑,加之下午有人發(fā)郵件給我,問(wèn)了類(lèi)似的問(wèn)題,所以在這里寫(xiě)下這篇可能對(duì)大部分只有s...
請(qǐng)問(wèn)一下您后續(xù)有做GWAS嗎,我在用一個(gè)scaffold水平的群體做重測(cè)序,卡到了GWAS這一步,找不到合適的軟件來(lái)進(jìn)行。
用的可以用,但需要過(guò)濾一下,根據(jù)你基因組大小,還有拼接效果去過(guò)濾,一般小基因組過(guò)濾掉1kbp的scaffold,大一些的可以過(guò)濾掉10kbp的,盡量控制在scaffold數(shù)量不要太多,但又要能代表整個(gè)基因組,gatk運(yùn)行的時(shí)候記得分scaffold(1/30一組或者更多)去call,不然速度會(huì)懷疑人生,或者直接用samtools+bcftools去call
【PCA】scaffold等級(jí)的群體重測(cè)序可能遇到的坑這陣子在做紅樹(shù)的群體重測(cè)序分析,一開(kāi)始在PCA這個(gè)坎上遇到了一個(gè)網(wǎng)上普遍的教程都沒(méi)有怎么提及的坑,加之下午有人發(fā)郵件給我,問(wèn)了類(lèi)似的問(wèn)題,所以在這里寫(xiě)下這篇可能對(duì)大部分只有s...
這陣子開(kāi)始做比較基因組的項(xiàng)目,由于沒(méi)有root而且也不想折騰orthomcl,所以首選orthofinder,故而先是安裝,這次使用conda安裝 安裝完成之后,本來(lái)打算用r...
如果要對(duì)bam文件進(jìn)行質(zhì)檢,其實(shí)老牌的軟件有一個(gè)qualimap的也蠻方便的
比對(duì)文件BAM/CAM深度檢測(cè)好用工具:Mosdepth做完比對(duì)后,最直接的一個(gè)問(wèn)題就是想知道:你的reads比對(duì)上了哪些區(qū)域沒(méi)比對(duì)上哪些區(qū)域,有多少reads比對(duì)上特定的區(qū)域(該區(qū)域比對(duì)深度)。傳統(tǒng)手藝一般可以使用bedtool...
@lakeseafly ??今天認(rèn)真看了gcta的說(shuō)明書(shū),發(fā)現(xiàn)其實(shí)是可以的,有個(gè)參數(shù)--autosome-num,這個(gè)參數(shù)可以設(shè)置染色體數(shù)目,這樣就可以避免報(bào)錯(cuò)了
PCA的分析常用的工具 PCA分析中常用的工具有GCTA中的PCA模塊,老牌的軟件EIGENSOFT中的smartpca,還有很多最近推出的R包都能夠做PCA分析。然后分析完后,可視化的...
這陣子在做紅樹(shù)的群體重測(cè)序分析,一開(kāi)始在PCA這個(gè)坎上遇到了一個(gè)網(wǎng)上普遍的教程都沒(méi)有怎么提及的坑,加之下午有人發(fā)郵件給我,問(wèn)了類(lèi)似的問(wèn)題,所以在這里寫(xiě)下這篇可能對(duì)大部分只有s...