文章僅是記錄自己的學(xué)習(xí)使用,有錯(cuò)誤請(qǐng)指出,我立刻改正! 官方說明:https://github.com/FelixKrueger/Bismark[https://github...
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TRF軟件是基因組注釋中常用于檢測(cè)序列中串聯(lián)重復(fù)序列的軟件,無需安裝,使用簡單方便。 1. 重復(fù)序列分為串聯(lián)重復(fù)序列和散在重復(fù)序列(轉(zhuǎn)座子); 串聯(lián)重復(fù)序列又包含衛(wèi)星序列 >...
1. 組裝基因組質(zhì)控 得到組裝好的基因組序列之后,首先要使用多種方法評(píng)估組裝質(zhì)量。這里用到2款可用于基因組組裝質(zhì)量評(píng)估的軟件——QUAST和BUSCO。 1.1 quast—...
參考:1.Package ‘RCircos’[https://cran.r-project.org/web/packages/RCircos/RCircos.pdf]2.Us...
cafe自帶的程序,只能單獨(dú)標(biāo)注擴(kuò)增或者收縮的基因家族數(shù)。手工標(biāo)注又很麻煩,所以我寫了一個(gè)R程序,雖然圖不夠精致,不過基本解決問題。 cafe_node_filename: ...
基因家族的擴(kuò)張收縮分析中,基于單個(gè)物種的的擴(kuò)張收縮基因家族可使用該物種的基因集作為背景基因集;但如果分析某個(gè)祖先節(jié)點(diǎn)的擴(kuò)張收縮分析情況,背景基因集的選擇很重要:CAFE分析時(shí)...
比較基因組學(xué)分析目錄 1:單拷貝基因構(gòu)建物種樹以及計(jì)算分化時(shí)間[http://www.itdecent.cn/p/10bb4410ae3d]2:基因家族收縮與擴(kuò)張分析[ht...
在線GO功能注釋分析——私人經(jīng)典總結(jié)三 原創(chuàng)生物醬生物醬2020-03-12 14:48 今天給大家介紹第三個(gè)GO在線分析網(wǎng)站:PANTHER 我感覺這是一個(gè)神奇的網(wǎng)站,昵稱...