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Bismark（0.22.3）使用記錄 -
TRF--Tandem Repeat FinderTRF軟件是基因組注釋中常用于檢測(cè)序列中串聯(lián)重復(fù)序列的軟件，無需安裝，使用簡單方便。 1. 重復(fù)序列分為串聯(lián)重復(fù)序列和散在重復(fù)序列（轉(zhuǎn)座子）； 串聯(lián)重復(fù)序列又包含衛(wèi)星序列 >...
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基因組結(jié)構(gòu)注釋1. 組裝基因組質(zhì)控 得到組裝好的基因組序列之后，首先要使用多種方法評(píng)估組裝質(zhì)量。這里用到2款可用于基因組組裝質(zhì)量評(píng)估的軟件——QUAST和BUSCO。 1.1 quast—...
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RCircos包的使用參考：1.Package ‘RCircos’[https://cran.r-project.org/web/packages/RCircos/RCircos.pdf]2.Us...
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基因家族擴(kuò)張收縮分析-cafe結(jié)果可視化-cafe4cafe自帶的程序，只能單獨(dú)標(biāo)注擴(kuò)增或者收縮的基因家族數(shù)。手工標(biāo)注又很麻煩，所以我寫了一個(gè)R程序，雖然圖不夠精致，不過基本解決問題。 cafe_node_filename: ...
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富集分析提取背景基因集序列基因家族的擴(kuò)張收縮分析中，基于單個(gè)物種的的擴(kuò)張收縮基因家族可使用該物種的基因集作為背景基因集；但如果分析某個(gè)祖先節(jié)點(diǎn)的擴(kuò)張收縮分析情況，背景基因集的選擇很重要：CAFE分析時(shí)...
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比較基因組學(xué)分析3：特異節(jié)點(diǎn)基因家族富集分析（非模式物種GO/KEEG富集分析）比較基因組學(xué)分析目錄 1：單拷貝基因構(gòu)建物種樹以及計(jì)算分化時(shí)間[http://www.itdecent.cn/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收縮與擴(kuò)張分析[ht...
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在線GO功能注釋分析
在線GO功能注釋分析——私人經(jīng)典總結(jié)三 原創(chuàng)生物醬生物醬2020-03-12 14:48 今天給大家介紹第三個(gè)GO在線分析網(wǎng)站：PANTHER 我感覺這是一個(gè)神奇的網(wǎng)站，昵稱...
