結(jié)尾寫(xiě)了
【單細(xì)胞高級(jí)繪圖】11.marker展示_分組氣泡圖忙里偷閑，整理了一套繪圖代碼，代碼300行，效果如上圖所示：其實(shí)就是把單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組中常見(jiàn)的氣泡圖根據(jù)分組信息展開(kāi)了，代碼目前適用于分組后level數(shù)目為2/3/4這三種情況。...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：青海
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答讀者問(wèn)(8)：如何批量查詢marker基因(對(duì)應(yīng)的蛋白)會(huì)不會(huì)在膜上表達(dá)？做實(shí)驗(yàn)的朋友們對(duì)這個(gè)問(wèn)題應(yīng)該是很感興趣的，因?yàn)樯婕暗胶罄m(xù)能不能實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。 一般的做法是拿基因名或者蛋白名去查文獻(xiàn)，查網(wǎng)站。我知道的：uniprot、PDB、the human...
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【單細(xì)胞高級(jí)繪圖】11.marker展示_分組氣泡圖忙里偷閑，整理了一套繪圖代碼，代碼300行，效果如上圖所示：其實(shí)就是把單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組中常見(jiàn)的氣泡圖根據(jù)分組信息展開(kāi)了，代碼目前適用于分組后level數(shù)目為2/3/4這三種情況。...
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如何獲取kegg通路的基因列表
如何獲取kegg通路的基因列表？相信很多人都有這個(gè)疑惑。 哪些時(shí)候需要知道通路的基因列表？舉兩個(gè)例子： 在找差異基因這一步，只想針對(duì)特定通路的基因去找。可以在找完差異基因后，...
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一個(gè)對(duì)接CellPhoneDB的R包首先祝大家新年快樂(lè)！新的一年paper多多，順順利利！ cpplot:Visualize the results of cell-cell communication ana...
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CellPhoneDB三個(gè)版本（V2、V3、V4）之間的對(duì)比
上個(gè)月在小組會(huì)上做了一期細(xì)胞互作的分享，目前剪了一部分出來(lái)。后續(xù)還有cellchat、nichenet以及演示的部分，等剪輯好了再發(fā)。 視頻介紹了CellPhoneDB的： ...
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10套代碼讓你學(xué)會(huì)單細(xì)胞高級(jí)繪圖
4000+人次獲取代碼 高級(jí)繪圖這個(gè)系列已經(jīng)出了10期了，最開(kāi)始的出發(fā)點(diǎn)是想把用過(guò)的不錯(cuò)的代碼整理出來(lái)，方便自己也幫助大家。從第1篇300+小伙伴領(lǐng)取代碼，到第10篇500+...
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【單細(xì)胞高級(jí)繪圖】10.KEGG富集結(jié)果的圓圈圖本次教程的figure仍然是讀者求助的圖，算得上是kegg富集圖的新流派。據(jù)我的調(diào)查，該圖應(yīng)該是基迪奧云-平-臺(tái)首創(chuàng)(https://www.omicshare.com/to...
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【單細(xì)胞高級(jí)繪圖】09.細(xì)胞通訊_兩組比較_連線圖上周一位讀者聯(lián)系我，讓我?guī)兔Πl(fā)一個(gè)繪圖的單子。在朋友圈發(fā)單后，感興趣的朋友很多，有十幾位還私聊我讓我分享一下代碼，可見(jiàn)大家還是很感興趣的。不過(guò)等了兩天，依舊沒(méi)有勇士接單，可能...
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【單細(xì)胞高級(jí)繪圖】08.細(xì)胞通訊_兩組比較_氣泡圖細(xì)胞通訊分析，我很早之前就寫(xiě)過(guò)，當(dāng)時(shí)詳細(xì)介紹了CellPhoneDB的原理、實(shí)操、可視化。單細(xì)胞分析實(shí)錄(18): 基于CellPhoneDB的細(xì)胞通訊分析及可視化 (上篇)...
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【單細(xì)胞高級(jí)繪圖】06.feature展示這個(gè)圖是前兩天剛畫(huà)的。箱型圖、散點(diǎn)圖、小提琴圖組合在一起，檔次瞬間上去了。 最近修稿過(guò)程中，審稿人提了一個(gè)建議，說(shuō)是在某一張小提琴圖上添加點(diǎn)，可以更好反映數(shù)據(jù)的分布。我理解他...
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【代碼更新】01.marker展示_聚類(lèi)和熱圖組合之前寫(xiě)了4篇單細(xì)胞繪圖的進(jìn)階代碼，反響還不錯(cuò)，每篇都有三四五百人領(lǐng)取代碼： 01.marker展示_聚類(lèi)和熱圖組合[https://link.zhihu.com/?targe...
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文獻(xiàn)(8): 單細(xì)胞和空間分析揭示FAP+成纖維細(xì)胞和SPP1+巨噬細(xì)胞在結(jié)直腸癌中的相互作用
今天分享的這篇文獻(xiàn)上個(gè)月剛發(fā)表在Nature Communications，主要內(nèi)容是結(jié)合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)，揭示了FAP+成纖維細(xì)胞和SPP1+巨噬細(xì)胞的互作，及...
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推薦幾個(gè)細(xì)胞注釋網(wǎng)站細(xì)胞注釋是單細(xì)胞分析中很關(guān)鍵的環(huán)節(jié)，初期會(huì)比較痛苦，做多了才會(huì)悟出一些規(guī)律。 我公眾號(hào)早期寫(xiě)過(guò)幾篇細(xì)胞注釋相關(guān)的帖子： 單細(xì)胞分析實(shí)錄(7): 差異表達(dá)分析/細(xì)胞類(lèi)型注釋 S...
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@FanYang 公粽號(hào)回復(fù)
04.兩組比較_差異基因展示
上一節(jié)介紹了兩組比較中如何展示差異基因數(shù)目，這一節(jié)的內(nèi)容更進(jìn)了一步，我造了一種圖，可以用來(lái)表示具體的差異基因。 想象一下你的單細(xì)胞數(shù)據(jù)同時(shí)包含對(duì)照組和實(shí)驗(yàn)組，在做完前期的基礎(chǔ)...
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【空間轉(zhuǎn)錄組】MIA分析之前講過(guò)一篇空間轉(zhuǎn)錄組的文獻(xiàn)，里面首次提出了Multimodal intersection analysis(MIA)的空間轉(zhuǎn)錄組分析思路。 MIA分析可以用來(lái)評(píng)估空間上某個(gè)...
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@Refrain_9738 可以的
答讀者問(wèn)(7)：關(guān)于doublet
問(wèn)題 怎么去doublet？挑選出某一大類(lèi)做小類(lèi)降維聚類(lèi)的時(shí)候，有人仍然會(huì)檢查一下各種大類(lèi)marker的表達(dá)情況，這一步是否有必要？ 1 最有效的方法還是從上游入手，控制細(xì)胞...
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【單細(xì)胞高級(jí)繪圖】07.KEGG富集結(jié)果展示這一節(jié)畫(huà)的圖是比較新的，圖中我用紅色箭頭標(biāo)出的是pathway 注釋信息(big annotation，自己想的，非專(zhuān)有名詞)，縱軸花花綠綠的標(biāo)注是pathway的 注釋(s...
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KEGG通路的從屬/注釋信息如何獲取
富集分析經(jīng)常做，之前只知道GO term有從上到下的層次關(guān)系，今天才知道KEGG pathway也有類(lèi)似的分層關(guān)系。 起因是我準(zhǔn)備更新一下自己的kegg富集結(jié)果展示圖，之前一...
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答讀者問(wèn)(7)：關(guān)于doublet
問(wèn)題 怎么去doublet？挑選出某一大類(lèi)做小類(lèi)降維聚類(lèi)的時(shí)候，有人仍然會(huì)檢查一下各種大類(lèi)marker的表達(dá)情況，這一步是否有必要？ 1 最有效的方法還是從上游入手，控制細(xì)胞...
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B站：TOP菌
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top2讀研，學(xué)習(xí)方向：癌癥基因組、腫瘤免疫、單細(xì)胞組學(xué)
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