前面我們介紹過GO富集分析和結(jié)果可視化 1.GO和KEGG富集分析視頻講解[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin...
發(fā)簡(jiǎn)信
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【R語言】dplyr對(duì)數(shù)據(jù)分組取各組前幾行 -
富集分析的原理與實(shí)現(xiàn)
一般做完差異分析都會(huì)做這一步，目的是找到差異基因富集到的通路，進(jìn)而與生物學(xué)意義聯(lián)系起來。具體的統(tǒng)計(jì)方法很簡(jiǎn)單，這篇筆記里面的代碼可以從零搭建一個(gè)富集分析工具。 后臺(tái)回復(fù)202...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組繪圖視頻教程
我在B站發(fā)布了“單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組繪圖”系列視頻教程，一共分了9集，共計(jì)57分鐘，適合入門single cell和想進(jìn)階的小伙伴。 1. 數(shù)據(jù)預(yù)處理and腫瘤樣本去不去批次 （這個(gè)...
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單細(xì)胞分析實(shí)錄(5): Seurat標(biāo)準(zhǔn)流程【在公粽號(hào)回復(fù)20210105就能看到示例數(shù)據(jù)了】 前面我們已經(jīng)學(xué)習(xí)了單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析的：使用Cell Ranger得到表達(dá)矩陣[https://www.jianshu.co...
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【代碼更新】單細(xì)胞分析實(shí)錄(21): 非負(fù)矩陣分解(NMF)的R代碼實(shí)現(xiàn)，只需兩步，啥圖都有1. 起因 之前的代碼(單細(xì)胞分析實(shí)錄(17): 非負(fù)矩陣分解(NMF)代碼演示[http://www.itdecent.cn/p/aebb5437e01f])沒有涉及到p...
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【代碼更新】單細(xì)胞分析實(shí)錄(20): 將多個(gè)樣本的CNV定位到染色體臂，并畫熱圖
之前寫過三篇和CNV相關(guān)的帖子，如果你做腫瘤單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組，大概率看過： 單細(xì)胞分析實(shí)錄(11): inferCNV的基本用法[http://www.itdecent.cn/...
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SCENIC: 單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)推斷基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和細(xì)胞功能聚類作者：ahworld鏈接：SCENIC | 以single-cell RNA-seq數(shù)據(jù)推斷基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和細(xì)胞功能聚類)來源：微信公眾號(hào)著作權(quán)歸作者所有，任何形式的轉(zhuǎn)載都請(qǐng)聯(lián)...
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SCENIC單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子分析1. 簡(jiǎn)介 SCENIC（single-cell regulatory network inference and clustering）是一個(gè)基于共表達(dá)和motif分析，計(jì)...
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單細(xì)胞分析實(shí)錄(13): inferCNV結(jié)合UPhyloplot2分析腫瘤進(jìn)化
這一個(gè)分析，我目前只在Nature Communications上面看到過兩篇文章，都是2020年發(fā)表的。腫瘤進(jìn)化是單細(xì)胞里面做腫瘤內(nèi)部異質(zhì)性一個(gè)比較創(chuàng)新的角度，我參與的課題...
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公眾號(hào)：TOP生物信息
B站：TOP菌
WeChat：TOPJUN996
top2讀研，學(xué)習(xí)方向：癌癥基因組、腫瘤免疫、單細(xì)胞組學(xué)
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