發(fā)簡信
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安裝R包devtools遇到的報錯及解決
記錄一下，也許能幫到一些人 今天安裝devtools包時總是報錯，提示gert包配置錯誤ERROR: configuration failed ...
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轉(zhuǎn)錄組全記錄：從rawdata到DEG功能富集
寫在前面：本文是新手學(xué)習(xí)全記錄，僅供參考，歡迎交流！ 1. rawdata 1.1 QC 1.2 數(shù)據(jù)量統(tǒng)計 調(diào)用工具：iTools使用： 2....
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DESeq2差異分析十全大補(bǔ)使用筆記寫在前面：新手老菜鳥，個人心得，不足之處歡迎交流指正；寫作不易，轉(zhuǎn)載前請聯(lián)系我征得同意，謝謝。 1.基本原理 1.1 概述 全稱：DESeq2 ...
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ggplot2一頁多圖Rmisc-multiplot功能新手排雷
哈，三月是適合寫簡書的月份~這只是一篇短的心得，記錄自己剛剛遇到的問題，供大家參考。 背景：在用DESeq2做轉(zhuǎn)錄組差異基因，有幾個關(guān)注的mar...
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Duplication rate：NGS測序重復(fù)率計算
寫在前面：最近很糾結(jié)于測序數(shù)據(jù)的重復(fù)率，雖然是單細(xì)胞會難免有bias，但是fastqc和fastp兩款軟件計算出來的dup%簡直差太大了，琢磨了...
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我的RNA-Seq（1）hisat和bowtie比對結(jié)果解讀
轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)比對，選用了hisat2，比對之后發(fā)現(xiàn)結(jié)果不太懂，于是整理了這篇筆記與大家分享，歡迎交流。 此處是一個轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)hisat2比對結(jié)果，...
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MEGAN6安裝及使用的問題
最近接手了一個宏基因組項目，做了一段時間，已構(gòu)建群體的基因豐度集，其間遇到的種種問題暫且不表。本以為接著就可以進(jìn)行結(jié)構(gòu)和功能注釋，忙活了半個月終...
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我的ChIP-Seq(5): peaks注釋
注釋一般有以下幾種方法，但是一般經(jīng)驗有： 1.比對時下載UCSC格式的參考基因組，后續(xù)操作障礙少2.數(shù)據(jù)準(zhǔn)備要嚴(yán)格按照軟件的說明，若遇到格式正確...
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我的ChIP-Seq(4):MAnorm差異分析哈哈，搜了一圈沒發(fā)現(xiàn)網(wǎng)上有關(guān)于MAnorm的中文教程或者是說明，本文將是第一篇~撒花??ヽ(°▽°)ノ?那就要用心寫了，感到鴨梨.jpg== 首...