@aquaculture_man 不好意思剛看到你的留言。我后來(lái)用的是DESeq2做差異分析。ballgown做完之后是不是也產(chǎn)生了差異基因列表呢？如果是，從這些基因著手分析？
轉(zhuǎn)錄組全記錄：從rawdata到DEG功能富集寫在前面：本文是新手學(xué)習(xí)全記錄，僅供參考，歡迎交流！ 1. rawdata 1.1 QC 1.2 數(shù)據(jù)量統(tǒng)計(jì) 調(diào)用工具：iTools使用： 2. cleandata 2.1 ...
統(tǒng)一回復(fù)，希望能幫到大家：query時(shí)2) Query parameters選擇數(shù)據(jù)庫(kù)latest就會(huì)出現(xiàn)detailed list和heatmap不對(duì)的情況，但是選擇1.0就沒(méi)問(wèn)題！
廣而告之！
cMAP新版clue的使用——query之前在Connectivity Map(cMap)的探索應(yīng)用（二）中提到了兩種cmap在線分析網(wǎng)站，一個(gè)是build2 ；另一個(gè)是CLUE平臺(tái)。bulid2在cMAP在線分析...
同問(wèn) help！??
cMAP新版clue的使用——Touchstone之前在Connectivity Map(cMap)的探索應(yīng)用（二）中提到了兩種cmap在線分析網(wǎng)站，一個(gè)是build2 ；另一個(gè)是CLUE平臺(tái)。bulid2在cMAP在線分析...
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我的也是這樣 而且heatmap一欄并沒(méi)有熱圖
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之前Connectivity Map(cMap)的探索應(yīng)用（一）和Connectivity Map(cMap)的探索應(yīng)用（二）簡(jiǎn)單介紹了下分析平臺(tái)，展示形式等內(nèi)容。同時(shí)還介紹...
上篇Connectivity Map(cMap)的探索應(yīng)用（一）中簡(jiǎn)單提及以下兩種做法：一是提供了cMAP的在線分析網(wǎng)站：www.broad.mit.edu/cmap （需要...
ggsci是R中的一個(gè)包，提供了一系列顏色給ggplot2調(diào)色。里面包括了一些知名雜志期刊或者軟件（甚至是知名科幻電影、動(dòng)畫等）的經(jīng)典配色風(fēng)格，對(duì)于科研繪圖是相當(dāng)有幫助的。下...
導(dǎo)讀 以前總是借助PS來(lái)為新鮮出爐的R圖添加統(tǒng)計(jì)顯著標(biāo)識(shí)，但是現(xiàn)在可以不用了，因?yàn)間gbubr可以一站式解決，而且畫的圖堪比SCI級(jí)別。話不多說(shuō)，擼起袖子搞起來(lái) 工作流程 包...
1.Tidy data原則 當(dāng)我們進(jìn)行數(shù)據(jù)整理時(shí)，同樣的數(shù)據(jù)，可以整理成不同的形式，在下面的例子中，我們可以把GeneId作為行，樣品名稱作為列，也可以顛倒過(guò)來(lái)，以樣品名稱為...
你好感謝分享！請(qǐng)問(wèn)identifyCommunicationPatterns這一步展示的通路條目太多如何篩選一下？最開(kāi)始subsetCommunication之后的結(jié)果，pval大部分都是0如何解釋？（我都是按照默認(rèn)的代碼）
CellChat三部曲1：使用CellChat對(duì)單個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析CellChat三部曲1：使用CellChat對(duì)單個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析 自從周運(yùn)來(lái)在簡(jiǎn)書寫了一篇cellchat的中文介紹教程，然后R包作者也在B站做了直播介紹，cel...
CellChat三部曲1：使用CellChat對(duì)單個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析 自從周運(yùn)來(lái)在簡(jiǎn)書寫了一篇cellchat的中文介紹教程，然后R包作者也在B站做了直播介紹，cel...
CellChat 三部曲3：具有不同細(xì)胞類型成分的多個(gè)數(shù)據(jù)集的細(xì)胞通訊比較分析 加載所需的包[#load-the-required-libraries] 第一部分：比較分析具...
厲害?(???????)?
CellChat 三部曲2：使用CellChat 對(duì)多個(gè)數(shù)據(jù)集細(xì)胞通訊進(jìn)行比較分析CellChat 三部曲2：使用CellChat 對(duì)多個(gè)數(shù)據(jù)集細(xì)胞通訊進(jìn)行比較分析 加載所需的包[#load-the-required-libraries] 創(chuàng)建目錄以保存圖...
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@Hayley筆記 嗯吶謝謝！仔細(xì)看了seurat的subset函數(shù) 已解決！
單細(xì)胞數(shù)據(jù)處理小細(xì)節(jié)匯總1. Seurat對(duì)象查看當(dāng)前的Assay 在進(jìn)行了SCTransform操作后，矩陣默認(rèn)會(huì)變成SCT矩陣，如果不加設(shè)置，后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣。修改Defau...
你好請(qǐng)問(wèn)雙細(xì)胞DoubletFinder預(yù)測(cè)之后怎樣去除？應(yīng)該是存儲(chǔ)在metadata$DF.classifications里面，但是沒(méi)想到怎樣去除、或者過(guò)濾掉。。謝謝！
單細(xì)胞數(shù)據(jù)處理小細(xì)節(jié)匯總1. Seurat對(duì)象查看當(dāng)前的Assay 在進(jìn)行了SCTransform操作后，矩陣默認(rèn)會(huì)變成SCT矩陣，如果不加設(shè)置，后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣。修改Defau...
1. Seurat對(duì)象查看當(dāng)前的Assay 在進(jìn)行了SCTransform操作后，矩陣默認(rèn)會(huì)變成SCT矩陣，如果不加設(shè)置，后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣。修改Defau...
