相信很多專題應(yīng)該已經(jīng)講過(guò)SCENIC的使用，這兒，針對(duì)我自己對(duì)SCENIC的學(xué)習(xí)使用，遇到的問(wèn)題做一個(gè)詳細(xì)的講解說(shuō)明，希望能對(duì)大家理解學(xué)習(xí)應(yīng)用SCENIC起到一些幫助。 SC...
IP屬地：廣東
-
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析工具（TF，motifs）-SCENIC -
【ATAC-Seq 實(shí)戰(zhàn)】四、計(jì)算插入片段長(zhǎng)度，F(xiàn)RiP，IDR值與deeptools可視化這里是佳奧！ 2022年的最后一天，讓我們繼續(xù)ATAC-Seq的學(xué)習(xí)！ 1 計(jì)算插入片段長(zhǎng)度 非冗余非線粒體能夠比對(duì)的fragment、比對(duì)率、NRF、PBC1、PBC2、p...
-
protocol-使用CRISPR-Cas9系統(tǒng)進(jìn)行基因編輯（一）Genome engineering using the CRISPR-Cas9 system 最近要開始學(xué)習(xí)CRISPR-Cas9實(shí)驗(yàn)，對(duì)著動(dòng)輒幾十頁(yè)的說(shuō)明，實(shí)在是看不下去...
-
ATACseq 分析流程ATACseq 基本原理如下圖所示。真核生物 DNA 與核小體結(jié)合形成染色質(zhì)，結(jié)合的緊密程度是動(dòng)態(tài)變化的。當(dāng) DNA 需要復(fù)制或轉(zhuǎn)錄時(shí)，結(jié)合變得松散讓 DNA 暴露。暴露的 ...
-
Trimmomatic 安裝及初步使用
mkdir Trimmomatic#新建文件夾 cd Trimmomatic#進(jìn)入文件夾 wget http://www.usadellab.org/cms/uploads/...
-
SRA Toolkit - prefetch 快速下載NCBI SRA數(shù)據(jù)sratoolkit 是NCBI提供的用于處理來(lái)自SRA 數(shù)據(jù)庫(kù)測(cè)序數(shù)據(jù)的一個(gè)工具包。 #1. sratoolkit 配置 #1.1 sratoolkit 下載 首先，下載最...
-
NGS 數(shù)據(jù)過(guò)濾之 Trimmomatic 詳細(xì)說(shuō)明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始數(shù)據(jù)過(guò)濾對(duì)后續(xù)分析至關(guān)重要，去除一些無(wú)用的序列也可以提高后續(xù)分析的準(zhǔn)確率和效率。Trimmomatic 是...
-
UCSC官網(wǎng)下載TSS.bed文件1.進(jìn)入U(xiǎn)CSC官網(wǎng)（ 2.進(jìn)入table browser工具后進(jìn)行選擇： track里可以選擇NCBI RefSeq或者UCSC gene，這里選了NCBI group一般...
-
scCancer包：自動(dòng)分析腫瘤單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組利器scCancer包是2020年 清華大學(xué)Jin Gu團(tuán)隊(duì)開發(fā)的一個(gè)專門用于分析腫瘤單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的工具包。它集成了單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的基本流程(Seurat)，增添若干適合腫瘤數(shù)據(jù)...
