mkdir Trimmomatic#新建文件夾
cd Trimmomatic#進(jìn)入文件夾
wget http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.38.zip#下載軟件
unzip Trimmomatic-0.38.zip# 解壓文件
ll
cd Trimmomatic-0.38#進(jìn)入文件夾
which java#找java；返回值? ?/usr/java/jdk-15.0.2/bin/java
? pwd#目前位置：/root/Trimmomatic/Trimmomatic-0.38
?ls#trimmomatic-0.38.jar
/usr/java/jdk-15.0.2/bin/java -jar /root/Trimmomatic/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar -help
cd SRR1825955#轉(zhuǎn)移到存儲(chǔ)SSR文件位置
ll
/usr/java/jdk-15.0.2/bin/java -jar /root/Trimmomatic/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar PE -phred33 SRR1825955_1.fastq.gz SRR1825955_2.fastq.gz? output_forward_paired.fq.gz output_forward_unpaired.fq.gz output_reverse_paired.fq.gz output_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36
使用
單末端測序數(shù)據(jù)：
trimmomatic SE -phred33 input.fq.gz output.fq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-SE:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36
雙末端測序數(shù)據(jù)：
trimmomatic PE -phred33 input_forward.fq.gz input_reverse.fq.gz output_forward_paired.fq.gz output_forward_unpaired.fq.gz output_reverse_paired.fq.gz output_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36
常用參數(shù)：
-threads 線程數(shù)，最大是CPU核數(shù)
-trimlog 生成日志名，強(qiáng)烈建議不開這個(gè)參數(shù)，生成的log文件巨大且大多數(shù)情況下，你是不會(huì)看的
-quiet 靜默模式
與其他軟件命令不同，Trimmomatic提供了多種修整步驟：
ILLUMINACLIP：從reads中剪切adapter和其他Illumina特定序列。
SLIDINGWINDOW：執(zhí)行滑動(dòng)窗口修剪，一旦窗口內(nèi)的平均質(zhì)量低于閾值，則切割。
LEADING：如果低于閾值質(zhì)量，則在reads起始處剪切堿基
TRAILING：如果低于閾值質(zhì)量，則在reads末尾處剪切堿基
CROP：將reads從末尾切割為指定長度
HEADCROP：從reads剪切后低于指定長度，則刪除
MINLEN：如果reads低于指定長度，則刪除
TOPHRED33：將質(zhì)量得分轉(zhuǎn)換為Phred-33
TOPHRED64：將質(zhì)量得分轉(zhuǎn)換為Phred-64
USADELLAB.org - Trimmomatic: A flexible read trimming tool for Illumina NGS data
