畫地圖 熱點(diǎn)圖 軟件 pyecharts 用python運(yùn)行 方法： （1）點(diǎn)熱力圖 >>>from pyecharts import Geo >>>hubei=["安陸市"...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：湖北
-
2021-06-12 pyecharts -
你好，請(qǐng)教下，snpEFF我用來注釋雞，結(jié)果發(fā)現(xiàn)基因間區(qū)的snp數(shù)量只有20％，比不上基因內(nèi)的數(shù)量，這結(jié)果不對(duì)，但不知道如何解釋
使用snpEff對(duì)VCF進(jìn)行注釋
使用snpEff分為兩種情況，一種是snpEff已經(jīng)構(gòu)建了相應(yīng)的數(shù)據(jù)集（例如人類和小鼠），另一種是則是snpEff未提供相應(yīng)的數(shù)據(jù)集（例如自己組裝的基因組） 情況1: 我們可...
-
基因間區(qū)的數(shù)量太少了，很不正常怎么解釋呢
SnpEff結(jié)果解讀
SnpEff結(jié)果文件的解讀 根據(jù)上一篇簡(jiǎn)書中SnpEff結(jié)果產(chǎn)生的4個(gè)文件進(jìn)行解讀 第一個(gè)文件：positive.snp.eff.vcf 其實(shí)positive.snp.eff...
-
2021-01-13 畫snp連鎖圖
library(LDheatmap) library(grid) CEUSNP2<-read.table("C:\\Users\\Administrator\\Desktop...
-
2021-01-05 雞樣品count計(jì)算fpkm
雞樣品進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序后，將count文件轉(zhuǎn)換成fpkm方法 featurecount得到all.id.txt（count數(shù)據(jù)）后， 計(jì)算要滿足3個(gè)參數(shù)： 1. 基因上的cou...
-
2020-11-21
conda安裝成功以后，安裝軟件出現(xiàn) HTTP網(wǎng)絡(luò)連接錯(cuò)誤，解決辦法就是： 首先打開 ~/.condarc, 將channels中最后一行 " 默認(rèn)” 刪掉 。完成！
-
2020-11-12
wget 下載方法 1. -O 下載 新建文件名 wget -O xxx.zip URL 2. -c 終斷重新下載 3. -b 后臺(tái)下載 4. -i 多個(gè)文件下載（創(chuàng)建文件，...
-
2020-11-10
chicken參考基因組下載網(wǎng)址：ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-101/fasta/gallus_gallus/dna/
-
基因組瀏覽器IGV實(shí)踐IGV( Integrative Genomics Viewer)是一款針對(duì)高通量測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行可視化的專業(yè)軟件。 軟件安裝軟件下載,運(yùn)行需要 Java 的運(yùn)行環(huán)境。 優(yōu)點(diǎn)滿足...
-
很棒，文中的近交系數(shù)公式計(jì)算有問題
群體中的Fst值-學(xué)習(xí)篇
這里有一份群體的學(xué)習(xí)課程，這篇推送主要基于這個(gè)作為參考，群體課程[http://www.uwyo.edu/dbmcd/popecol/index.html]Fst值[http...
-
FST主要用在兩個(gè)群體比較，多群體也可以用吧
群體遺傳學(xué)統(tǒng)計(jì)指標(biāo)——群體間分歧度檢驗(yàn)（Fst）
基本概念 Fst：群體間遺傳分化指數(shù)，是種群分化和遺傳距離的一種衡量方法，分化指數(shù)越大，差異越大。適用于亞群體間多樣性的比較。用于衡量種群分化程度，取值從0到1，為0則認(rèn)為兩...