推斷物種系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系以及分歧時間對探討物種起源與演化具有重要意義。通過最大似然法（ML）構(gòu)建物種進(jìn)化樹以及估算物種分化時間在比較基因組學(xué)的研究進(jìn)展中已經(jīng)成為了必不可少的“套路...
發(fā)簡信
IP屬地：甘肅
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mcmctree估算物種分歧時間 -
物種進(jìn)化樹構(gòu)建
使用單拷貝基因畫物種進(jìn)化樹 所需軟件： 步驟： python 腳本更改物種蛋白序列的ID 2)更改各個物種蛋白庫文件的名字，與序列ID的名字前半部分一致；例如Amborell...
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自己構(gòu)建物種包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析
利用clusterProfiler進(jìn)行富集分析時，發(fā)現(xiàn)網(wǎng)上沒有物種包OrgDb，利用網(wǎng)上教程構(gòu)建了一個。主要參考了劉小澤的簡書，特別感謝一下?。。?emapper首先得到注釋...
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水稻GO和KEGG分析首先，一般我們分析水稻的數(shù)據(jù)時候，選用的是MSU和RAPDB這兩個數(shù)據(jù)庫的genome和gtf文件，這里只介紹MSU的ID，RAPDB的同理。 水稻GO分析的網(wǎng)站很多（這里不...
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Super useful!! #實(shí)用的單行命令合集
周末閑著無聊在推特上閑逛，刷著刷著發(fā)現(xiàn)了Ming Tang大神的一條推文。他將他日常經(jīng)常使用的單行命令整理到其Github中，然后分享給各位推友。在點(diǎn)開它的網(wǎng)站后，我猶如發(fā)現(xiàn)...
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無參轉(zhuǎn)錄組序列組裝 — Trinity轉(zhuǎn)錄組分析策略 轉(zhuǎn)錄組分析策略根據(jù)有無參考轉(zhuǎn)錄組可以分為兩類： 有參比對—定量—差異分析—功能富集分析等 無參組裝—定量—差異分析—功能富集分析等image 無參考轉(zhuǎn)錄組序列...
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Linux 服務(wù)器性能出問題，排查下這些參數(shù)指標(biāo)taozj馬哥Linux運(yùn)維 一個基于 Linux 操作系統(tǒng)的服務(wù)器運(yùn)行的同時，也會表征出各種各樣參數(shù)信息。通常來說運(yùn)維人員、系統(tǒng)管理員會對這些數(shù)據(jù)會極為敏感，但是這些參數(shù)對...
