概念 PCA（principal components analysis）即主成分分析。主成分分析也稱主分量分析，旨在利用降維的思想，把多指標(biāo)轉(zhuǎn)化為少數(shù)幾個(gè)綜合指標(biāo)。 在統(tǒng)計(jì)...
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群體結(jié)構(gòu)——PCA分析 -
跑通GWAS，用這些腳本就夠了最近跑通了一遍GWAS分析，全程在linux操作，雖然具體還有好多需要微調(diào)的地方，先把代碼整理分享出來(lái)mark一下 前期準(zhǔn)備 1.理論知識(shí) 強(qiáng)烈推薦百邁客云課堂課程GWAS生...
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如何構(gòu)建SNPs-based phylogenetic tree
如果根據(jù)SNP或者Indel 構(gòu)建其系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)，可以展示群體中不同個(gè)體的相互關(guān)系，基因變異相似的往往會(huì)在同一個(gè)樹(shù)的cluster中，一顆好的樹(shù)可以給你一個(gè)群體大概的分類(你這...
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動(dòng)植物重測(cè)序--BSABSA（Bulk Segregant Analysis） 針對(duì)目標(biāo)性狀，選擇表型極端差異的親本構(gòu)建家系，對(duì)該家系目標(biāo)性狀表型極端的子代分別混合得到的兩個(gè)樣本池進(jìn)行全基因組重測(cè)...
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全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）-群體結(jié)構(gòu)與親緣關(guān)系1、群體結(jié)構(gòu)及其對(duì) GWAS 的影響 群體結(jié)構(gòu)的來(lái)源image.png群體結(jié)構(gòu)對(duì)GWAS的影響--混淆變量Ancestry可以導(dǎo)致混淆變量（confounding varia...
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繪制 SNP 密度圖一般使用 CMplot 繪制SNP密度圖：包鏈接：https://github.com/YinLiLin/R-CMplot 要繪制 SNP 密度圖，僅僅需要三列即可：a. 第...
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GWAS基本分析內(nèi)容之前給大家大致介紹了GWAS在臨床生信分析中的概況，包括一些基本概念，原理和注意事項(xiàng)（出門左手邊—>臨床生物信息學(xué)中的GWAS分析），這次具體講講GWAS基本分析內(nèi)容及結(jié)果解...
