臨床模型預(yù)測系列主要講解SCI文章中常用的方法，以及繪制高質(zhì)量圖表，方便大家分享和學(xué)習(xí)！
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自給的安全感才是一段感情的底氣？
馬薇薇在《奇葩說》中的一句話：“在愛你的過程中，有些人變成更強壯更智慧的自己，故而一念成佛，有些人變成更猥瑣更不堪的自己，一念成魔。在愛的過程中，是佛是魔，歷盡你給我...
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TCGA生存模型的構(gòu)建以及模型預(yù)測和評估生存模型的構(gòu)建方法包括：1. Lasso回歸；2. Cox多因素回歸；3. 隨機森林；4. 支持向量機 可以把log_rank_test或cox篩選出的基因單獨做模型構(gòu)建，也...
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TCGA數(shù)據(jù)差異分析后生存分析（批量單因素cox回歸/Lasso篩選，多因素cox建模，時間依賴ROC曲線及KM plot可視化）測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
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收集一些生物信息學(xué)的分析流程的文章。感謝這些簡友整理的生信分析流程！ 如果簡友投稿沒有被我收入專題，可能是我沒看到或者收入到其他針對性更強的專題中了。望見諒！ ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的，查看的時候請點擊“最新收錄”然后進行查看。 ?? 全基因組測序(WGS)分析 ?? 轉(zhuǎn)錄組分析RNA-seq的分析流程 ?? 染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)ATAC-Seq、ChIP-Seq分析 ?? 單細胞scRNA-seq分析 ?? 癌癥的預(yù)后標(biāo)志物查找 ?? 系統(tǒng)發(fā)育演化進化樹構(gòu)建與分析 ?? 群體遺傳學(xué)分析 ?? 全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS) ?? 基因家族的分析 ?? 甲基化測序與分析 ?? KEGG/GO功能富集分析 ?? 圖形繪制具體細節(jié)的比如熱圖、曼哈頓圖的繪制等 ?? python、perl、R的包的使用過程 ?? 具體工具的使用，比如GATK的使用過程 ?? 數(shù)據(jù)庫的挖掘方法，比如TCGA數(shù)據(jù)庫的使用 ?? 另外就是整個文章走下來的流程 ?? ?? ??
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R語言獲取 GO/KEGG 中某一通路的基因集
有時候我們想看某一特定通路的富集情況，這時就需要獲取該通路的基因集。 一、從 GO 中獲取 下載腳本 getGoTerm.R[https://github.com/Jiaha...
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技能帖 | 基因ID和基因名如何快速互換，三分鐘即可做到
在我們進行組學(xué)數(shù)據(jù)分析或者看別人給我們的數(shù)據(jù)報告的時候，經(jīng)常會看到諸如ENSG00000141738 之類的名稱，面對這樣的名稱，我們往往是得不到任何信息的，更不可能把這樣的...
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Nomogram(諾莫圖/列線圖)在R中的實現(xiàn)本筆記來源于CSDN論壇樓主 anshiquanshu[https://blog.csdn.net/anshiquanshu] 的帖子：R繪制Nomogram圖的學(xué)習(xí)筆記[h...
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R|ifelse、which、%in%的用法
轉(zhuǎn)載自藍迪的博客:R中ifelse、which、%in%的用法 在R學(xué)習(xí)過程中，遇到了ifelse、which、%in%，下面分別舉例，說明他們的用法。 1、ifelse i...
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R語言讀寫excel文件2021.2.241、讀取excel文件 1.1 讀取單個excel文件 直接用read.table()讀取excel文件, 讀取從excel復(fù)制的剪貼板數(shù)據(jù)，再用read.table()讀取...
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python
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語法，庫介紹，效率
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終于，我也出了篇R語言入門手冊！1 什么是R語言R語言是一個開源的數(shù)據(jù)分析環(huán)境，起初是由數(shù)位統(tǒng)計學(xué)家建立起來，以更好的進行統(tǒng)計計算和繪圖，這篇wiki中包含了一些基本情況的介紹。由于R可以通過安裝擴展包（P...
