環(huán)境：R 4.2.2，Rstudio 2022.07.2，win111、gcta計算G矩陣gcta64 --bfile 20221115-393id --make-grm -...
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R繪制G矩陣聚類圖（環(huán)形、橫向、縱向）
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LD單倍型塊圖的繪制大家好，今天給大家分享一個軟件(LDBlockShow)用來繪制LD單倍型塊圖。在文獻中我們經?？吹絻深悎D會用到連鎖不平衡，一類是LD衰減圖，另一類就是LD單倍型塊圖。需要畫...
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RNA-seq(7): DEseq2篩選差異表達基因并注釋(bioMart)============================================寫在前面：可以參考另外一篇《得到差異基因后怎么做？[https://www.jians...
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vcf文件與vcftools（二）
vcftools是用來處理vcf和bcf文件的工具集，功能涵蓋了過濾，數據格式轉換，一些指標的統(tǒng)計計算，vcf文件之間變異信息的差異比較等等。 1.基本用法 2.使用 官網提...
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RNA-seq完整分析過程linux基本命令 第六章 Linux文件與目錄管理 極客學院服務器 高通量相關基礎知識 生信一百講 1、 Anaconda Anaconda是一個Python下和Canop...
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重測序數據（簡化基因組和非簡化基因組）的Clean data 到snp-indel的vcf步驟
最近有多個朋友問我關于二代重測序數據的分析問題（clean data 到vcf），我寫了一個完整的步驟如下，若你是多個樣品進行分析，最好是寫 循環(huán)語句，這里我僅舉一個例子“s...
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NGS 數據過濾之 Trimmomatic 詳細說明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始數據過濾對后續(xù)分析至關重要，去除一些無用的序列也可以提高后續(xù)分析的準確率和效率。Trimmomatic 是...
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測序數據比對和變異檢測全基因組重測序是對已知基因組序列的物種進行不同個體的基因組測序，并在此基礎上對個體或群體進行差異性分析。所以首先我們需要某個物種的全基因組序列和該物種的某個個體的基因組序列。...
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測序數據比對到參考基因組基因課FTP地址：ftp://http://gsx.genek.tv/2020-3-10%E7%9B%B4%E6%92%AD%E4%B8%80%E4%B8%AA%E5%AE%...
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GATK - Read groups
運行GATK時，報錯：java.lang.IllegalArgumentException: samples cannot be empty這個問題在GATK Forum有...
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R筆記之ggplot2畫圖ggplot2繪圖理念 圖形系統(tǒng)的核心理念是把繪圖與數據分離，把數據相關的繪圖與數據無關的繪圖分離，按圖層作圖。ggplot2可以把繪圖拆分成多個圖層，且能夠按照順序創(chuàng)建多重...
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組間差異檢驗，終于有人講清楚了!什么是組間差異檢驗？就是組間的差異分析以及顯著性檢驗，應用統(tǒng)計學上的假設檢驗方法，檢驗組間是否有差異及其差異程度。坦率地講，所有的差異檢驗都基于一個假設：組間沒有差異，變量之...
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WGS分析筆記（1）—— 原始數據以及質控更新于2020.10.27 二代測序方式分為三種：single read 單端測序paired-end read 雙端測序mate-pair read 配對測序 雖然有三種方...
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Genome-wide Complex Trait Analysis（GCTA）GCTA(全基因組復雜性狀分析)工具開發(fā)目的是針對復雜性狀的全基因組關聯分析，評估SNP解釋的表型方差所占的比例。(官網：http://cnsgenomics.com/sof...
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群體進化-GWAS分析
群體進化-gwas分析 群體進化基礎分析 PCA 分析原理PCA(Principal Component Analysis)，即主成分分析方法，是一種使用最廣泛的數據...
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BOX-COX 變換
Author: 杜七 一、為什么要做正態(tài)變換 統(tǒng)計分析中，基礎數據的分布可能比較特別，不符合所謂的“正態(tài)分布”。日常的數據都是什么樣子，離正態(tài)分布差距有多少，看看Dealin...