開門見山，直接上圖 TCGA barcode 是TCGA項目中生物樣本數(shù)據(jù)的主要標識符，接觸過TCGA數(shù)據(jù)的人想必對這一串由數(shù)字、字母和短橫線所組成的字符并不陌生，那么這一串...
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TCGA barcode -- TCGA ID 中每段字符代表什么？ -
《R數(shù)據(jù)科學》箱式圖之按中位數(shù)進行排序擺列首先畫一個箱式圖 這圖明顯的看著很別扭，考慮是否能將箱式圖，按照從小到大或者從大到小進行排序呢？在看《R數(shù)據(jù)科學》的第五章時候，就有這樣一個范例，我們可以通過reorder這...
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TCGA / 癌癥簡稱 / 縮寫 / TCGA癌癥中英文對照
TCGA數(shù)據(jù)庫中含有的癌癥名稱，簡寫和中文名稱 Abbr英文名稱中文名稱ACCAdrenocortical carcinoma腎上腺皮質(zhì)癌BLCABladder Urothe...
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從GEO數(shù)據(jù)庫下載數(shù)據(jù)并處理
rm(list=ls()) Version info: R 3.2.3, Biobase 2.30.0, GEOquery 2.40.0, limma 3.26.8 R sc...
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R語言-數(shù)據(jù)清洗-缺失值處理
當對數(shù)據(jù)庫中的芯片進行id轉(zhuǎn)換后有許多NA值，這時候需要將這些數(shù)據(jù)值刪掉。 缺失值處理包括兩個步驟，即缺失數(shù)據(jù)的識別和缺失值處理。在R語言總缺失值以NA表示，可以使...
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read.table函數(shù)
read.table()函數(shù)是R最基本函數(shù)之一，主要用來讀取矩形表格數(shù)據(jù)。 我之前處理出來的數(shù)據(jù)直接就是用的save函數(shù)來保存的，結果都是一些亂碼，經(jīng)過高人指點以后，發(fā)現(xiàn)直接...
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firehose網(wǎng)頁工具
該網(wǎng)頁并不提供一個點對點的分析，而是把一些顯著相關的基因顯示出來提供參考。它是從整個癌癥系列來進行分析的。在這個網(wǎng)頁得到的數(shù)據(jù)可到前面介紹的xena網(wǎng)站重復一下。可以作...
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一個實用的利用TCGA數(shù)據(jù)的網(wǎng)頁工具
如果你不懂代碼，不懂網(wǎng)站規(guī)則，那么最簡單的就是UCSC+xena+瀏覽器啦?。?！https://xenabrowser.net/全部根據(jù)癌癥種類整理好了，直接點擊鏈接即可下載...
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生信小技術（雙重高斯分布）
我寫的這些東西并不代表我已經(jīng)完全理解了，只是從別的地方看到的可能會用到的知識點mark一下，以后回想起來可能會用得到。 高斯分布就是正態(tài)分布 高斯分布在自然界非常常見，中心極...
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R語言小技巧，解決應用小痛點！共同分享，共同進步！
