picard安裝最新的，但是應(yīng)用時(shí)出現(xiàn)報(bào)錯(cuò) 解決方法： 下載2.27.5版本的picard
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2023-05-24 picard報(bào)錯(cuò) -
跟著PNAS學(xué)作圖 | 提供全文數(shù)據(jù)和代碼論文 題目：Death rates at specific life stages mold the sex gap in life expectancy 網(wǎng)址： https...
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R語言繪制臨床三線表臨床模型的構(gòu)建所需的第一個(gè)表就是基線表，基線表的制作有很多種方法，今天試試R。制作三線表所需的包table1,安裝完畢后使用使用boot包中的自帶數(shù)據(jù) 可以發(fā)現(xiàn)數(shù)據(jù)集中sta...
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R語言中如何更改R包安裝路徑
R中包的安裝位置默認(rèn)是在C盤，經(jīng)常出現(xiàn)C盤不夠用，那我們就需要吧軟件安裝在其他盤中，包括R語言中R。 第一步：首先查看一下自己的安裝位置,一般默認(rèn)都是在C盤，我們就可以給他的...
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[R Tips] 多個(gè)向量取交集
假如有 3 個(gè)基因列表存儲(chǔ)在 R 的向量，此時(shí) intersect(intersect(A, B), C) 可以取三者交集；假如 10 個(gè)基因列表呢？ 9 層嵌套 inter...
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關(guān)于NGS數(shù)據(jù)處理中的PCR Duplicate
最近在學(xué)ChIP-seq數(shù)據(jù)分析，遇到一個(gè)之前沒遇到過的問題，關(guān)于PCR Duplicates的問題，記錄一下自己搜索的答案和思考 在做轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析質(zhì)控那一項(xiàng)的過程中，利用...
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差異可變剪接軟件哪家強(qiáng)？
作者： 童 蒙編輯：amethyst 可變剪接作為轉(zhuǎn)錄后修飾的重要環(huán)節(jié)，對細(xì)胞的活性和疾病的發(fā)生發(fā)展都有廣泛的作用。盡管目前軟件很多，但是軟件間的比較卻比較少。作者系統(tǒng)地...
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2023-03-02 新bing跳轉(zhuǎn)試過網(wǎng)上用Modheader更改設(shè)置，無效。試了這種方法親測有效。無需下載新版的edge dev，但是要獲得申請資格。 首先要科學(xué)上網(wǎng)，代理國內(nèi)或者全局都可以。打開bing，...
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生信＋實(shí)驗(yàn)：最全單基因研究套路總結(jié)
隨著測序技術(shù)的發(fā)展，每年測序數(shù)據(jù)量以PB級增長。隨著海量測序數(shù)據(jù)的增長，越來越多的研究人員開始挖掘公共數(shù)據(jù)庫中的測序數(shù)據(jù)的意義。已有很多研究表明，某個(gè)基因可能參與了某種腫瘤的...
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一個(gè)完整的WGS變異檢測snakemake流程詳解
寫在前邊的話 ??在此要感謝堿基礦工[http://www.itdecent.cn/u/47e9e401869f]，第一次做全外顯子測序的變異檢測時(shí)便是參考了他寫的教程，當(dāng)...
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個(gè)性化生信分析
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WGCNA原理簡介網(wǎng)絡(luò)圖 在傳統(tǒng)的網(wǎng)絡(luò)圖里面，一般分為非權(quán)重網(wǎng)絡(luò)和權(quán)重網(wǎng)絡(luò)對于非權(quán)重網(wǎng)絡(luò)： 非權(quán)重網(wǎng)絡(luò)的特點(diǎn)是只能表示兩個(gè)點(diǎn)之間是否有關(guān)系，單純的“一刀切”，即只有“有關(guān)系”和“無關(guān)系”這兩種...
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risk_score_table[,eachsig gene] * (summary(cox report)$coefficients [each_sig_gene,1]). 如果risk_score_table 里每列代表基因的話，應(yīng)該是乘錯(cuò)了，需要對數(shù)據(jù)框進(jìn)行倒置。
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TCGA+biomarker——Cox回歸森林圖
森林圖簡介 森林圖（forest plot），從定義上講，它一般是在平面直角坐標(biāo)系中，以一條垂直于X軸的無效線（通常坐標(biāo)X=1或0）為中心，用若干條平行于X軸的線段，來表示每...
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【張勇】ChIP-seq 講習(xí)班參考： 本講 PPT 下載鏈接為：http://pan.baidu.com/s/1skJAaAx，密碼：ga2l視頻鏈接：https://mp.weixin.qq.com/s...
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測多少數(shù)據(jù)量？幾個(gè)G？多少reads？如何換算
| lncRNA表達(dá)量低，所以要看lncRNA的表達(dá)量變化，就要比普通RNA-seq多測一些。 要兼顧SNP和低表達(dá)量的lncRNA，要測得更深一些~ 到底需要測多少數(shù)據(jù)量呢...
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deepTools 使用指南deepTools 是一套基于python開發(fā)的工具，適用于有效處理分析高通量測序數(shù)據(jù)，可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase-seq。 #1. deepT...
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ChIP-seq基礎(chǔ)入門理解ChIP-Seq 到了目前這個(gè)水平，我學(xué)習(xí)新的高通量數(shù)據(jù)分析流程時(shí)已經(jīng)不再考慮代碼應(yīng)該如何寫的問題了。我更多要去考慮一個(gè)技術(shù)的目的和意義。 轉(zhuǎn)錄組主要研究的問題是基因在不...
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2022-03-19 macs2 安裝報(bào)錯(cuò)看很多教程說macs2需要python2的環(huán)境,但是建立了python2.7的小環(huán)境,安裝后一直報(bào)錯(cuò).pip或者conda安裝方式試過了都不行. 現(xiàn)在macs2已經(jīng)支持pyt...
