2024年2月，來自Shyam Prabhakar?和Kok Hao Chen研究團(tuán)隊(duì)的Vipul Singhal、Nigel Chou和Joseph Lee等人在Natur...
IP屬地：寧夏
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空轉(zhuǎn)分析之生態(tài)位聚類算法Banksy
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服務(wù)器Jupyter
方法一：在一個(gè)環(huán)境中安裝 JupyterLab，添加多個(gè)內(nèi)核 全局環(huán)境安裝jupyterlab 每個(gè)環(huán)境中安裝內(nèi)核 啟動(dòng)jupyterlab 方法二：在每個(gè)新環(huán)境中安裝 Ju...
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環(huán)境管理
mamba管理環(huán)境 聽洲更老師的服務(wù)器管理課安裝了mamba管理環(huán)境，發(fā)現(xiàn)之前miniconda3安裝的和mamba安裝的在不同的channel，不知道后面會(huì)不會(huì)出現(xiàn)環(huán)境的混...
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mamba安裝
介紹 可以加速conda 配置網(wǎng)絡(luò)安裝 在本地機(jī)器上創(chuàng)建socks代理ssh -N -f -D 8810 limh@10.193.79.000在服務(wù)器上配置curl使用soc...
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R包 clusterProfiler 比較不同dataset富集結(jié)果生物信息分析中，接觸最多的莫過于基因富集分析，故在此基礎(chǔ)上目前已經(jīng)開發(fā)了很多種富集分析工具，如網(wǎng)頁版的DAVID、KOBAS、GOEAST，WebGestalt[http:/...
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裝包記錄magick包安裝 先用conda 再install ComplexHeatmap安裝 ggdendro安裝 ggh4x安裝 scRNAtoolVis安裝 clusterPr...
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【R>>ggh4x】ggplot2分面hacksggh4x是ggplot2的擴(kuò)展包，其火星文發(fā)音為G-G-hacks。主要功能包括調(diào)整分面大小(adjusting the sizes of facets)，mapping ...
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[R package] magick
to install R package "magick" , a dependency of R package "Giotto" check OSto be "CentO...
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Ubuntu16.04安裝R包magick出現(xiàn)的問題
太長不看版 magick的安裝需要底層的imagemagick支持 Ubuntu16.04由于版本老舊，安裝的舊版imagemagick無法使用 使用spack自己安裝新版，...
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SCpubr包：讓你的單細(xì)胞測(cè)序分析圖表更加高級(jí)好看，代碼實(shí)操分享該R包由國外友人Enblacar完成，目前處于預(yù)印本階段，旨在提供一種簡化的方式，為已知的單細(xì)胞可視化生成可發(fā)布的圖形。與“審美愉悅”一詞一樣主觀，這是一組跨不同情節(jié)類型實(shí)施...
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使用Nebulosa可視化scRNAseq,Featureplot的補(bǔ)充Overview 由于在單細(xì)胞數(shù)據(jù)（如RNA-seq、ATAC-seq）中觀察到的稀疏性，細(xì)胞特征（如基因、峰）的可視化經(jīng)常受到影響和不清楚，特別是當(dāng)它與聚類重疊以注釋細(xì)胞類...
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單細(xì)胞3端和5端測(cè)序的區(qū)別單細(xì)胞5端測(cè)序就是再在每一個(gè)單獨(dú)的GEM里，除了 Gel Bead表面攜帶的Barcode和UMI所在的核酸序列，還有游離的poly-dT作為引物來結(jié)合RNA 3'端 pol...
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是這個(gè)錯(cuò)誤，但是RCpp版本解決不了??
Debug log - R - RunHarmony()
起因 運(yùn)行以下RunHarmony()時(shí)報(bào)錯(cuò)，可是代碼以前能跑的，唯一的不同就是換了服務(wù)器 報(bào)錯(cuò)內(nèi)容 處理過程 方案一 ?：重裝 該問題比較新，根據(jù)Github解決方案 [1...
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Debug log - R - RunHarmony()
起因 運(yùn)行以下RunHarmony()時(shí)報(bào)錯(cuò)，可是代碼以前能跑的，唯一的不同就是換了服務(wù)器 報(bào)錯(cuò)內(nèi)容 處理過程 方案一 ?：重裝 該問題比較新，根據(jù)Github解決方案 [1...
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R語言雜談（六）---處理矩陣及因子
ma <- matrix(c(1:4, 6, 9:15), nrow = 3) ###建立矩陣 ma # 給他一個(gè)名字 colnames(ma) <- c("A","B","...
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scRNA-seq稀疏矩陣圖解，格式轉(zhuǎn)換的核心前言 ??為什么單細(xì)胞數(shù)據(jù)要使用稀疏性矩陣？用一個(gè)實(shí)例來說明稀疏矩陣的效率用多好，且看下面的代碼： ??上面mat和smat分別是普通矩陣和稀疏矩陣dgCMatrix，都是1...
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Mac下su命令報(bào)錯(cuò)su:Sorry的解決辦法
在mac上用su登錄root，輸入密碼，報(bào)錯(cuò)：su:sorry,懷疑自己密碼輸入錯(cuò)誤 切換命令：sudo su - 輸入密碼就可以了 進(jìn)入的是root權(quán)限
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【10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium】（七）思考新版Seurat V3.2作者在Github給予的回答舊號(hào)無故被封，小號(hào)再發(fā)一次 更多空間轉(zhuǎn)錄組文章： 1. 新版10X Visium 【10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium】（一）Space Ranger 1.0.0(更新于20191...
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已解決：Error in eval(call("@", object, slot)) :
在學(xué)習(xí)seurat教程(Mapping and annotating query datasets)時(shí)報(bào)錯(cuò) 解決辦法 成功
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SpatialDB:空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫SpatialDB:a database for spatially resolved transcriptomes, Nucleic Acids Research,gkz9...
個(gè)人介紹
我是臨床醫(yī)學(xué)生??知識(shí)的搬運(yùn)工+運(yùn)進(jìn)我們的腦子里
博士進(jìn)度1/5
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