2024年2月,來自Shyam Prabhakar?和Kok Hao Chen研究團(tuán)隊(duì)的Vipul Singhal、Nigel Chou和Joseph Lee等人在Natur...
2024年2月,來自Shyam Prabhakar?和Kok Hao Chen研究團(tuán)隊(duì)的Vipul Singhal、Nigel Chou和Joseph Lee等人在Natur...
方法一:在一個(gè)環(huán)境中安裝 JupyterLab,添加多個(gè)內(nèi)核 全局環(huán)境安裝jupyterlab 每個(gè)環(huán)境中安裝內(nèi)核 啟動(dòng)jupyterlab 方法二:在每個(gè)新環(huán)境中安裝 Ju...
mamba管理環(huán)境 聽洲更老師的服務(wù)器管理課安裝了mamba管理環(huán)境,發(fā)現(xiàn)之前miniconda3安裝的和mamba安裝的在不同的channel,不知道后面會(huì)不會(huì)出現(xiàn)環(huán)境的混...
介紹 可以加速conda 配置網(wǎng)絡(luò)安裝 在本地機(jī)器上創(chuàng)建socks代理ssh -N -f -D 8810 limh@10.193.79.000在服務(wù)器上配置curl使用soc...
生物信息分析中,接觸最多的莫過于基因富集分析,故在此基礎(chǔ)上目前已經(jīng)開發(fā)了很多種富集分析工具,如網(wǎng)頁版的DAVID、KOBAS、GOEAST,WebGestalt[http:/...
magick包安裝 先用conda 再install ComplexHeatmap安裝 ggdendro安裝 ggh4x安裝 scRNAtoolVis安裝 clusterPr...
ggh4x是ggplot2的擴(kuò)展包,其火星文發(fā)音為G-G-hacks。主要功能包括調(diào)整分面大小(adjusting the sizes of facets),mapping ...
to install R package "magick" , a dependency of R package "Giotto" check OSto be "CentO...
太長不看版 magick的安裝需要底層的imagemagick支持 Ubuntu16.04由于版本老舊,安裝的舊版imagemagick無法使用 使用spack自己安裝新版,...
該R包由國外友人Enblacar完成,目前處于預(yù)印本階段,旨在提供一種簡化的方式,為已知的單細(xì)胞可視化生成可發(fā)布的圖形。與“審美愉悅”一詞一樣主觀,這是一組跨不同情節(jié)類型實(shí)施...
Overview 由于在單細(xì)胞數(shù)據(jù)(如RNA-seq、ATAC-seq)中觀察到的稀疏性,細(xì)胞特征(如基因、峰)的可視化經(jīng)常受到影響和不清楚,特別是當(dāng)它與聚類重疊以注釋細(xì)胞類...
單細(xì)胞5端測(cè)序就是再在每一個(gè)單獨(dú)的GEM里,除了 Gel Bead表面攜帶的Barcode和UMI所在的核酸序列,還有游離的poly-dT作為引物來結(jié)合RNA 3'端 pol...
是這個(gè)錯(cuò)誤,但是RCpp版本解決不了??
Debug log - R - RunHarmony()起因 運(yùn)行以下RunHarmony()時(shí)報(bào)錯(cuò),可是代碼以前能跑的,唯一的不同就是換了服務(wù)器 報(bào)錯(cuò)內(nèi)容 處理過程 方案一 ?:重裝 該問題比較新,根據(jù)Github解決方案 [1...
起因 運(yùn)行以下RunHarmony()時(shí)報(bào)錯(cuò),可是代碼以前能跑的,唯一的不同就是換了服務(wù)器 報(bào)錯(cuò)內(nèi)容 處理過程 方案一 ?:重裝 該問題比較新,根據(jù)Github解決方案 [1...
ma <- matrix(c(1:4, 6, 9:15), nrow = 3) ###建立矩陣 ma # 給他一個(gè)名字 colnames(ma) <- c("A","B","...
前言 ??為什么單細(xì)胞數(shù)據(jù)要使用稀疏性矩陣?用一個(gè)實(shí)例來說明稀疏矩陣的效率用多好,且看下面的代碼: ??上面mat和smat分別是普通矩陣和稀疏矩陣dgCMatrix,都是1...
在mac上用su登錄root,輸入密碼,報(bào)錯(cuò):su:sorry,懷疑自己密碼輸入錯(cuò)誤 切換命令:sudo su - 輸入密碼就可以了 進(jìn)入的是root權(quán)限
舊號(hào)無故被封,小號(hào)再發(fā)一次 更多空間轉(zhuǎn)錄組文章: 1. 新版10X Visium 【10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium】(一)Space Ranger 1.0.0(更新于20191...
在學(xué)習(xí)seurat教程(Mapping and annotating query datasets)時(shí)報(bào)錯(cuò) 解決辦法 成功
SpatialDB:a database for spatially resolved transcriptomes, Nucleic Acids Research,gkz9...