發(fā)簡信
IP屬地：上海
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liana+ | 整合多種細(xì)胞通訊方法和數(shù)據(jù)庫，這樣的軟件確實好用LIANA+ 是一個可擴展的框架，能夠根據(jù)需要對現(xiàn)有方法和知識進行調(diào)整和拓展，以研究單細(xì)胞、空間分辨率以及多模態(tài)組學(xué)數(shù)據(jù)中的細(xì)胞間通訊。它是 s...
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scdiffeq | 建模多時間點單細(xì)胞數(shù)據(jù)的發(fā)育軌跡單細(xì)胞測序技術(shù)通過捕獲單個細(xì)胞的瞬時分子圖譜，為重建動態(tài)生物學(xué)過程提供了可能。在發(fā)育和疾病過程中，細(xì)胞命運決定是由確定性調(diào)控事件和隨機性調(diào)控事件...
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anndata2ri | seurat與scanpy對象轉(zhuǎn)換的萬能鑰匙單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析經(jīng)常需要在R與python之間切換，前面介紹過不少工具可以用來將seurat與scanpy對象互轉(zhuǎn)。雖然這些工具也可以轉(zhuǎn)換格式，但...
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你的打工龍蝦上線了么？最近這段時間“養(yǎng)龍蝦”很火，聽說龍蝦可以接管一切，可以幫忙干活，聊聊天就把活干了，這誰能忍住不嘗試一下。不過，聽說好像龍蝦并不好安裝，對初學(xué)者并...
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腳本的關(guān)鍵詞應(yīng)該這么獲取有些帖子里面預(yù)留了腳本的獲取方式，在后臺回復(fù)對應(yīng)的關(guān)鍵詞即可獲取，而相應(yīng)的關(guān)鍵詞也在內(nèi)容里面，大部分讀者都可以得到關(guān)鍵詞，但還是有些粉絲不清楚，...
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moscot | scanpy團隊再發(fā)力，解決多時間點和空間限制下的細(xì)胞軌跡推斷單細(xì)胞基因組技術(shù)能夠?qū)缭綍r間和空間維度的數(shù)百萬個細(xì)胞進行多模態(tài)分析。然而，實驗限制阻礙了對細(xì)胞在其天然時間動態(tài)和空間組織生態(tài)位中的全面測量。最...
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LEMUR | 多條件單細(xì)胞數(shù)據(jù)的cluster-free更精細(xì)差異基因分析在異質(zhì)性組織中識別不同條件下的基因表達(dá)差異是一項基礎(chǔ)的生物學(xué)任務(wù)，多條件RNA-seq技術(shù)使這一任務(wù)成為可能。當(dāng)前的數(shù)據(jù)分析方法將組成細(xì)胞劃分為...
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scverse | 單細(xì)胞組學(xué)分析工具任意選，不容錯過的python生態(tài)社區(qū)scverse是一個更廣泛的軟件包生態(tài)系統(tǒng)，建立在scverse核心軟件包的基礎(chǔ)上。這些工具實現(xiàn)了模型和分析方法，以解決空間組學(xué)、調(diào)控基因組學(xué)、...
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easySCFr | 一行代碼讀取空間轉(zhuǎn)錄組h5為seurat對象前面一篇分享了一個讀取單細(xì)胞數(shù)據(jù)的工具，有人提到空間轉(zhuǎn)錄組是否可用。那么，今天就來分享一個可以快速讀取空間轉(zhuǎn)錄組h5文件為seurat對象的工具...
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