LIANA+ 是一個(gè)可擴(kuò)展的框架,能夠根據(jù)需要對(duì)現(xiàn)有方法和知識(shí)進(jìn)行調(diào)整和拓展,以研究單細(xì)胞、空間分辨率以及多模態(tài)組學(xué)數(shù)據(jù)中的細(xì)胞間通訊。它是 scverse 生態(tài)系統(tǒng)的一部分...
LIANA+ 是一個(gè)可擴(kuò)展的框架,能夠根據(jù)需要對(duì)現(xiàn)有方法和知識(shí)進(jìn)行調(diào)整和拓展,以研究單細(xì)胞、空間分辨率以及多模態(tài)組學(xué)數(shù)據(jù)中的細(xì)胞間通訊。它是 scverse 生態(tài)系統(tǒng)的一部分...
單細(xì)胞測序技術(shù)通過捕獲單個(gè)細(xì)胞的瞬時(shí)分子圖譜,為重建動(dòng)態(tài)生物學(xué)過程提供了可能。在發(fā)育和疾病過程中,細(xì)胞命運(yùn)決定是由確定性調(diào)控事件和隨機(jī)性調(diào)控事件之間復(fù)雜的平衡所協(xié)調(diào)的。漂移-...
單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析經(jīng)常需要在R與python之間切換,前面介紹過不少工具可以用來將seurat與scanpy對(duì)象互轉(zhuǎn)。雖然這些工具也可以轉(zhuǎn)換格式,但跟今天介紹的工具比起來還是遜色...
最近這段時(shí)間“養(yǎng)龍蝦”很火,聽說龍蝦可以接管一切,可以幫忙干活,聊聊天就把活干了,這誰能忍住不嘗試一下。不過,聽說好像龍蝦并不好安裝,對(duì)初學(xué)者并不友好,因此有人提供付費(fèi)安裝服...
有些帖子里面預(yù)留了腳本的獲取方式,在后臺(tái)回復(fù)對(duì)應(yīng)的關(guān)鍵詞即可獲取,而相應(yīng)的關(guān)鍵詞也在內(nèi)容里面,大部分讀者都可以得到關(guān)鍵詞,但還是有些粉絲不清楚,這里統(tǒng)一說明下。 比如在下面的...
單細(xì)胞基因組技術(shù)能夠?qū)缭綍r(shí)間和空間維度的數(shù)百萬個(gè)細(xì)胞進(jìn)行多模態(tài)分析。然而,實(shí)驗(yàn)限制阻礙了對(duì)細(xì)胞在其天然時(shí)間動(dòng)態(tài)和空間組織生態(tài)位中的全面測量。最優(yōu)傳輸 (Optimal tr...
在異質(zhì)性組織中識(shí)別不同條件下的基因表達(dá)差異是一項(xiàng)基礎(chǔ)的生物學(xué)任務(wù),多條件RNA-seq技術(shù)使這一任務(wù)成為可能。當(dāng)前的數(shù)據(jù)分析方法將組成細(xì)胞劃分為代表細(xì)胞類型的聚類,但這種離散...
scverse是一個(gè)更廣泛的軟件包生態(tài)系統(tǒng),建立在scverse核心軟件包的基礎(chǔ)上。這些工具實(shí)現(xiàn)了模型和分析方法,以解決空間組學(xué)、調(diào)控基因組學(xué)、軌跡推斷、可視化等方面的問題。...
前面一篇分享了一個(gè)讀取單細(xì)胞數(shù)據(jù)的工具,有人提到空間轉(zhuǎn)錄組是否可用。那么,今天就來分享一個(gè)可以快速讀取空間轉(zhuǎn)錄組h5文件為seurat對(duì)象的工具,過程也是相當(dāng)簡單。 將h5文...
軟件的專業(yè)性最直接的體現(xiàn)方式就是使用起來是否簡單高效。單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析多了就會(huì)遇到一個(gè)問題,需要在R與python之間切換,而兩種語言常用的保存格式卻不一樣,讀寫起來就顯得不是...
Squidpy讓空間基因表達(dá)與組織影像在同一套Python對(duì)象里互操作,提供從建圖、統(tǒng)計(jì)、特征提取、交互式可視化到細(xì)胞通訊的端到端工作流。核心功能可概括為一個(gè)框架、兩類數(shù)據(jù)、...
moments步驟的目的是計(jì)算Ms、Mu,也就是對(duì)每個(gè)細(xì)胞中各基因的spliced、unspliced根據(jù)鄰域圖求均值,即細(xì)胞里的spliced/unspliced會(huì)替換為其...
RNA velocity基于細(xì)胞中spliced和unspliced的mRNA比例,來計(jì)算基因表達(dá)變化的速率,以此來預(yù)測細(xì)胞的發(fā)育軌跡。由于基于mRNA的剪切信息,所以分析前...
fgsea包做GSEA分析很好用,奈何結(jié)果可視化真的有些潦草。既然,自帶的可視化不好看,那就借助其他包來展示吧,比如enrichplot、GseaVis兩個(gè)包的GSEA可視化...
STAMP (Spatial Transcriptomics Analysis with topic Modeling to uncover spatial Patterns...
耶魯大學(xué)和Google的團(tuán)隊(duì)推出的大語言模型C2S-Scale (Cell2Sentence),模型參數(shù)規(guī)模擴(kuò)展至 270 億個(gè),能夠顯著提升其預(yù)測和生成能力,并為需要在多細(xì)...
從大型數(shù)據(jù)隊(duì)列中推斷分泌蛋白的信號(hào)活性,并計(jì)算它們與臨床信息的相關(guān)性。輸入的表達(dá)值應(yīng)來自 RNAseq或MicroArray數(shù)據(jù),并需經(jīng)過log2(x+1) 轉(zhuǎn)換,其中x可以...
推斷兩種表型之間 (如處理 vs 對(duì)照、腫瘤 vs 正常、應(yīng)答者 vs 非應(yīng)答者) 分泌蛋白活性的變化。輸入的表達(dá)值應(yīng)來自RNAseq或MicroArray數(shù)據(jù),需經(jīng)過log...
從不同細(xì)胞狀態(tài)中推斷分泌蛋白的信號(hào)活性,使用一個(gè)卵巢癌單細(xì)胞RNA測序 (scRNA-seq) 研究作為演示數(shù)據(jù)。利用SecAct評(píng)估CD4+ T細(xì)胞不同狀態(tài)中分泌蛋白的信號(hào)...
從scRNA-seq數(shù)據(jù)中推斷由分泌蛋白介導(dǎo)的細(xì)胞間通訊。分析需要包含兩種不同條件的scRNA-seq數(shù)據(jù)集。SecAct通過兩條關(guān)鍵標(biāo)準(zhǔn)來識(shí)別條件特異性的細(xì)胞間通訊:1) ...