LIANA+ 是一個可擴展的框架，能夠根據(jù)需要對現(xiàn)有方法和知識進行調(diào)整和拓展，以研究單細胞、空間分辨率以及多模態(tài)組學數(shù)據(jù)中的細胞間通訊。它是 scverse 生態(tài)系統(tǒng)的一部分...
發(fā)簡信
IP屬地：上海
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liana+ | 整合多種細胞通訊方法和數(shù)據(jù)庫，這樣的軟件確實好用 -
scverse | 單細胞組學分析工具任意選，不容錯過的python生態(tài)社區(qū)scverse是一個更廣泛的軟件包生態(tài)系統(tǒng)，建立在scverse核心軟件包的基礎上。這些工具實現(xiàn)了模型和分析方法，以解決空間組學、調(diào)控基因組學、軌跡推斷、可視化等方面的問題。...
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moscot | scanpy團隊再發(fā)力，解決多時間點和空間限制下的細胞軌跡推斷單細胞基因組技術能夠?qū)缭綍r間和空間維度的數(shù)百萬個細胞進行多模態(tài)分析。然而，實驗限制阻礙了對細胞在其天然時間動態(tài)和空間組織生態(tài)位中的全面測量。最優(yōu)傳輸 (Optimal tr...
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腳本的關鍵詞應該這么獲取
有些帖子里面預留了腳本的獲取方式，在后臺回復對應的關鍵詞即可獲取，而相應的關鍵詞也在內(nèi)容里面，大部分讀者都可以得到關鍵詞，但還是有些粉絲不清楚，這里統(tǒng)一說明下。 比如在下面的...
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你的打工龍蝦上線了么？最近這段時間“養(yǎng)龍蝦”很火，聽說龍蝦可以接管一切，可以幫忙干活，聊聊天就把活干了，這誰能忍住不嘗試一下。不過，聽說好像龍蝦并不好安裝，對初學者并不友好，因此有人提供付費安裝服...
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anndata2ri | seurat與scanpy對象轉換的萬能鑰匙單細胞數(shù)據(jù)分析經(jīng)常需要在R與python之間切換，前面介紹過不少工具可以用來將seurat與scanpy對象互轉。雖然這些工具也可以轉換格式，但跟今天介紹的工具比起來還是遜色...
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scdiffeq | 建模多時間點單細胞數(shù)據(jù)的發(fā)育軌跡單細胞測序技術通過捕獲單個細胞的瞬時分子圖譜，為重建動態(tài)生物學過程提供了可能。在發(fā)育和疾病過程中，細胞命運決定是由確定性調(diào)控事件和隨機性調(diào)控事件之間復雜的平衡所協(xié)調(diào)的。漂移-...
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LEMUR | 多條件單細胞數(shù)據(jù)的cluster-free更精細差異基因分析在異質(zhì)性組織中識別不同條件下的基因表達差異是一項基礎的生物學任務，多條件RNA-seq技術使這一任務成為可能。當前的數(shù)據(jù)分析方法將組成細胞劃分為代表細胞類型的聚類，但這種離散...
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easySCFr | 一行代碼讀取空間轉錄組h5為seurat對象前面一篇分享了一個讀取單細胞數(shù)據(jù)的工具，有人提到空間轉錄組是否可用。那么，今天就來分享一個可以快速讀取空間轉錄組h5文件為seurat對象的工具，過程也是相當簡單。 將h5文...
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