前言：進(jìn)行bulk RNA-seq入門(mén)實(shí)戰(zhàn)首先需要linux環(huán)境與R環(huán)境配置，Linux環(huán)境主要進(jìn)行RNA-seq上游分析將原始數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為基因表達(dá)矩陣，R環(huán)境則進(jìn)行RNAse...
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2026版RNA-seq入門(mén)實(shí)戰(zhàn)（零）：RNA-seq上游流程前的準(zhǔn)備——Linux環(huán)境創(chuàng)建 -
加速你的Conda——LibmambaAnaconda | A Faster Solver for Conda: Libmamba[https://www.anaconda.com/blog/a-faster-c...
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GFF文件轉(zhuǎn)化為GTF并用于featureCounts計(jì)數(shù)
有時(shí)候進(jìn)行比對(duì)的物種沒(méi)有GTF文件，需要轉(zhuǎn)化GFF為GTF文件才能用于featureCounts計(jì)數(shù)，這時(shí)需要用到gffread這個(gè)軟件，進(jìn)行以下操作：
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Western blot(WB)滾蛋吧條帶君 | 從入門(mén)到“精通”，這一篇就夠了1.1. 制備樣品： 1.1.1. 裂解組織： （1）RIPA（組織裂解液）+蛋白酶抑制劑（二者比例：100:1），根據(jù)組織大小加入裂解混合液。（以大腦海馬和皮層舉例，最后總...
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搞定qPCR引物：直接“抄作業(yè)”的網(wǎng)站匯總設(shè)計(jì)qPCR引物是一件耗時(shí)的事，設(shè)計(jì)后還得進(jìn)行實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證，結(jié)果不行的話又要從頭再來(lái)。其實(shí)，很多物種的基因都有現(xiàn)成的、經(jīng)過(guò)驗(yàn)證的引物對(duì)，直接就能用，大大減少了工作量~今天整理了幾...
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兩種RNA提取流程，新手也能輕松上手
在分子實(shí)驗(yàn)中，RNA提取是RT-qPCR、RNA-seq等眾多下游應(yīng)用的“第一道關(guān)”。然而，提取RNA的方法五花八門(mén)，選錯(cuò)了不僅浪費(fèi)時(shí)間，還可能導(dǎo)致樣品降解、得率低下或DNA...
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那些常用的limma操作劉小澤寫(xiě)于19.12.29 + 2020.1.1這一篇不扯別的，只列我認(rèn)為比較重點(diǎn)的limma包的知識(shí)，所以代碼部分可能比較多。但也會(huì)用不同的知識(shí)點(diǎn)來(lái)區(qū)分 前言 limma的...
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如何使用deeptools處理BAM數(shù)據(jù)如何使用deeptools處理BAM數(shù)據(jù) 總體介紹 deeptools是基于Python開(kāi)發(fā)的一套工具，用于處理諸如RNA-seq, ChIP-seq, MNase-seq,...
