前言:進(jìn)行bulk RNA-seq入門(mén)實(shí)戰(zhàn)首先需要linux環(huán)境與R環(huán)境配置,Linux環(huán)境主要進(jìn)行RNA-seq上游分析將原始數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為基因表達(dá)矩陣,R環(huán)境則進(jìn)行RNAse...
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Anaconda | A Faster Solver for Conda: Libmamba[https://www.anaconda.com/blog/a-faster-c...
有時(shí)候進(jìn)行比對(duì)的物種沒(méi)有GTF文件,需要轉(zhuǎn)化GFF為GTF文件才能用于featureCounts計(jì)數(shù),這時(shí)需要用到gffread這個(gè)軟件,進(jìn)行以下操作:
1.1. 制備樣品: 1.1.1. 裂解組織: (1)RIPA(組織裂解液)+蛋白酶抑制劑(二者比例:100:1),根據(jù)組織大小加入裂解混合液。(以大腦海馬和皮層舉例,最后總...
設(shè)計(jì)qPCR引物是一件耗時(shí)的事,設(shè)計(jì)后還得進(jìn)行實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證,結(jié)果不行的話又要從頭再來(lái)。其實(shí),很多物種的基因都有現(xiàn)成的、經(jīng)過(guò)驗(yàn)證的引物對(duì),直接就能用,大大減少了工作量~今天整理了幾...
在分子實(shí)驗(yàn)中,RNA提取是RT-qPCR、RNA-seq等眾多下游應(yīng)用的“第一道關(guān)”。然而,提取RNA的方法五花八門(mén),選錯(cuò)了不僅浪費(fèi)時(shí)間,還可能導(dǎo)致樣品降解、得率低下或DNA...
劉小澤寫(xiě)于19.12.29 + 2020.1.1這一篇不扯別的,只列我認(rèn)為比較重點(diǎn)的limma包的知識(shí),所以代碼部分可能比較多。但也會(huì)用不同的知識(shí)點(diǎn)來(lái)區(qū)分 前言 limma的...
如何使用deeptools處理BAM數(shù)據(jù) 總體介紹 deeptools是基于Python開(kāi)發(fā)的一套工具,用于處理諸如RNA-seq, ChIP-seq, MNase-seq,...