公眾號：誤入BioInfor的大黃鴨
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10X空間轉(zhuǎn)錄組軌跡分析之SPATA大家好，這一次我們來分享一下有關(guān)做10X空間轉(zhuǎn)錄組的分析軟件SPATA，其實(shí)關(guān)于10X空間轉(zhuǎn)錄組做軌跡分析的文章之前分享過一個(gè)，文章在10X空間轉(zhuǎn)錄組的軌跡分析[https:...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組的軌跡分析我們做過單細(xì)胞的童鞋們來說，軌跡分析并不陌生，然而如果將單細(xì)胞的軌跡分析結(jié)果運(yùn)用到空間轉(zhuǎn)錄組上，就可以幫助我們了解到細(xì)胞隨著時(shí)間進(jìn)行的過程中，細(xì)胞位置的遷移。其中最常用的方式...
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時(shí)空軌跡分析導(dǎo)論作者，追風(fēng)少年i 時(shí)間很快，轉(zhuǎn)眼就周四了，怎能因昨天的苦難而選擇停留。 今天我們來分享一下關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組的軌跡分析問題。 在最開始，空間轉(zhuǎn)錄組分析還不是那么成熟的時(shí)候，對空間...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之空間細(xì)胞密度hello，大家好，今天禮拜天，天津霧霾嚴(yán)重，呆在家里學(xué)習(xí)一下吧。今天給大家分享的是空間轉(zhuǎn)錄組的空間細(xì)胞密度的分析，這個(gè)分析非常重要，下面是一張展示圖。 大家應(yīng)該都有基本的常...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析梳理hello，周四了，時(shí)間怎么過的這么快呢？？我的記憶還停留在剛過完年拔充電線的那一刻，時(shí)間啊，慢些吧，想靜靜的感受一下生活的美好，雖然生活總是打擊我們，但我們還是要擁抱生活，...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組分析之空間模式與共定位hello，大家好，又是周五，一周又將過去了，時(shí)間總是匆匆，片刻不停留，我們唯一能做的，就是在時(shí)間流逝的過程中，留下點(diǎn)印記，雖然我們窮，找不下對象，但是過的開心也是成功~~~...
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超全總結(jié)--單細(xì)胞+空間轉(zhuǎn)錄組的整合分析方法總結(jié)這一篇我們做一個(gè)詳細(xì)的總結(jié)，周五了，疫情還沒結(jié)束，父母也都老了，有時(shí)候真的感覺身為兒子實(shí)在不孝，常年在外，回家很少，家里有點(diǎn)事父母也不會(huì)跟我這個(gè)兒子說，小病小災(zāi)的也舍不得去醫(yī)...
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10X單細(xì)胞空間聯(lián)合分析方法論hello，又是一周，周二了，最近事情很多，所以祝大家生活快樂，我們來繼續(xù)看一下10X單細(xì)胞空間聯(lián)合分析的內(nèi)容，參考文獻(xiàn)在Benchmarking spatial and s...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組的注釋流派作者，追風(fēng)少年i~ 高考第二天，去看了一下在今天高考的數(shù)學(xué)卷子，驚奇的發(fā)現(xiàn)最后的壓軸題自己還會(huì)做，?? ，大家不妨試一試，題在下面 以前學(xué)數(shù)學(xué)的時(shí)候總是覺得生活中根本用不到，買...
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時(shí)空通訊分析導(dǎo)論作者，追風(fēng)少年i~ 時(shí)間已經(jīng)來到了2022年的下半頁，單細(xì)胞空間的研究仍然在如火如荼地進(jìn)行中，從上游的儀器制造，試劑研發(fā)，再到下游的數(shù)據(jù)分析，國內(nèi)外都展開了激烈的競爭，足以說...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之細(xì)胞的空間依賴性作者，追風(fēng)少年i hello，大家好，周五了，馬上大家就可以過一個(gè)美好的禮拜天了，不過現(xiàn)在還是工作的時(shí)間，今天分享一個(gè)分析細(xì)胞類型空間依賴性的代碼，分析的結(jié)果如下圖所示： 談...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)推斷基因拷貝數(shù)畸變（copy number aberrations）CNA在空間轉(zhuǎn)錄組之前，我們可以利用單細(xì)胞數(shù)據(jù)進(jìn)行推斷CNA，用到的軟件就是inferCNV，至于inferCNV的原理，我們這里就不詳細(xì)敘說了，大家可以看文章InferCNV: ...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之CNV事件的spatial landscapehello，大家好，今天我們來分享一個(gè)新的內(nèi)容，CNV事件的空間圖譜，其中關(guān)于10X空間轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行CNV事件分析的內(nèi)容，之前都分享過，文章在10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之思路總結(jié)...
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時(shí)空CNV分析導(dǎo)論作者，追風(fēng)少年i~~ hello，周四了，已經(jīng)7月下旬了，有些難道真的是命中注定？？再怎么努力也沒用？？ 最近有人問我為什么開始收費(fèi)了，我真的是被別人抄襲害怕了，沒辦法，被老...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）腫瘤數(shù)據(jù)分析之腫瘤進(jìn)化樹作者，追風(fēng)少年i hello，大家好，新的一周，新的開始，腦海里浮現(xiàn)周星馳的一句臺詞，只有越來越強(qiáng)大，才能越來越童話。 今天我們簡單來學(xué)習(xí)一個(gè)簡單的內(nèi)容，腫瘤進(jìn)化樹，先看示例...
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利用空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)揭示良性和惡性組織中的細(xì)胞拷貝數(shù)變異作者，Evil_Genius 隔離的第三天，真的是讓人無語，沒事非要隔離干什么。 今天我們繼續(xù)回顧有關(guān)空間CNV的分析，CNV的分析我寫了很多，包括原理，方法與可視化，列在下...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組的文獻(xiàn)思路簡單分析作者，追風(fēng)少年i 七夕馬上就要到了，古人描寫七夕的詩句很多，不過小時(shí)候背的就記得一首 迢迢牽牛星，皎皎河漢女。纖纖擢素手，札札弄機(jī)杼。終日不成章，泣涕零如雨。河漢清且淺，相去...
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不想上課，進(jìn)群找你玩兒可以嗎，學(xué)習(xí)學(xué)的頭禿??
空間轉(zhuǎn)錄組課表
經(jīng)過上次課，發(fā)現(xiàn)大多數(shù)人還是需要帶著跑一跑代碼和講解代碼分析過程的注意事項(xiàng)，吸取上次的教訓(xùn)，空轉(zhuǎn)課表，對課程進(jìn)行細(xì)化，帶大家分析空間轉(zhuǎn)錄組和分析代碼，以及代碼過程中的注意事項(xiàng)...
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細(xì)胞注釋之marker列表
最近一段時(shí)間更新的少，是因?yàn)樽约核鸭?jīng)典marker的工作接近尾聲了，所以花了比較長的時(shí)間整理和總結(jié)，我自己拿了幾個(gè)數(shù)據(jù)測試了一下，基本上效果不錯(cuò)，用搜集到的marker配合...