公眾號：誤入BioInfor的大黃鴨
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10X空間轉(zhuǎn)錄組軌跡分析之SPATA大家好，這一次我們來分享一下有關(guān)做10X空間轉(zhuǎn)錄組的分析軟件SPATA，其實關(guān)于10X空間轉(zhuǎn)錄組做軌跡分析的文章之前分享過一個，文章在10X空間轉(zhuǎn)錄組的軌跡分析[https:...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組的軌跡分析我們做過單細胞的童鞋們來說，軌跡分析并不陌生，然而如果將單細胞的軌跡分析結(jié)果運用到空間轉(zhuǎn)錄組上，就可以幫助我們了解到細胞隨著時間進行的過程中，細胞位置的遷移。其中最常用的方式...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之空間細胞密度hello，大家好，今天禮拜天，天津霧霾嚴重，呆在家里學習一下吧。今天給大家分享的是空間轉(zhuǎn)錄組的空間細胞密度的分析，這個分析非常重要，下面是一張展示圖。 大家應(yīng)該都有基本的常...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析梳理hello，周四了，時間怎么過的這么快呢？？我的記憶還停留在剛過完年拔充電線的那一刻，時間啊，慢些吧，想靜靜的感受一下生活的美好，雖然生活總是打擊我們，但我們還是要擁抱生活，...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組分析之空間模式與共定位hello，大家好，又是周五，一周又將過去了，時間總是匆匆，片刻不停留，我們唯一能做的，就是在時間流逝的過程中，留下點印記，雖然我們窮，找不下對象，但是過的開心也是成功~~~...
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超全總結(jié)--單細胞+空間轉(zhuǎn)錄組的整合分析方法總結(jié)這一篇我們做一個詳細的總結(jié)，周五了，疫情還沒結(jié)束，父母也都老了，有時候真的感覺身為兒子實在不孝，常年在外，回家很少，家里有點事父母也不會跟我這個兒子說，小病小災(zāi)的也舍不得去醫(yī)...
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10X單細胞空間聯(lián)合分析方法論hello，又是一周，周二了，最近事情很多，所以祝大家生活快樂，我們來繼續(xù)看一下10X單細胞空間聯(lián)合分析的內(nèi)容，參考文獻在Benchmarking spatial and s...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組的注釋流派作者，追風少年i~ 高考第二天，去看了一下在今天高考的數(shù)學卷子，驚奇的發(fā)現(xiàn)最后的壓軸題自己還會做，?? ，大家不妨試一試，題在下面 以前學數(shù)學的時候總是覺得生活中根本用不到，買...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之細胞的空間依賴性作者，追風少年i hello，大家好，周五了，馬上大家就可以過一個美好的禮拜天了，不過現(xiàn)在還是工作的時間，今天分享一個分析細胞類型空間依賴性的代碼，分析的結(jié)果如下圖所示： 談...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)推斷基因拷貝數(shù)畸變（copy number aberrations）CNA在空間轉(zhuǎn)錄組之前，我們可以利用單細胞數(shù)據(jù)進行推斷CNA，用到的軟件就是inferCNV，至于inferCNV的原理，我們這里就不詳細敘說了，大家可以看文章InferCNV: ...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之CNV事件的spatial landscapehello，大家好，今天我們來分享一個新的內(nèi)容，CNV事件的空間圖譜，其中關(guān)于10X空間轉(zhuǎn)錄組進行CNV事件分析的內(nèi)容，之前都分享過，文章在10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之思路總結(jié)...
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10X單細胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）腫瘤數(shù)據(jù)分析之腫瘤進化樹作者，追風少年i hello，大家好，新的一周，新的開始，腦海里浮現(xiàn)周星馳的一句臺詞，只有越來越強大，才能越來越童話。 今天我們簡單來學習一個簡單的內(nèi)容，腫瘤進化樹，先看示例...
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利用空間轉(zhuǎn)錄組學揭示良性和惡性組織中的細胞拷貝數(shù)變異作者，Evil_Genius 隔離的第三天，真的是讓人無語，沒事非要隔離干什么。 今天我們繼續(xù)回顧有關(guān)空間CNV的分析，CNV的分析我寫了很多，包括原理，方法與可視化，列在下...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組的文獻思路簡單分析作者，追風少年i 七夕馬上就要到了，古人描寫七夕的詩句很多，不過小時候背的就記得一首 迢迢牽牛星，皎皎河漢女。纖纖擢素手，札札弄機杼。終日不成章，泣涕零如雨。河漢清且淺，相去...
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不想上課，進群找你玩兒可以嗎，學習學的頭禿??
空間轉(zhuǎn)錄組課表
經(jīng)過上次課，發(fā)現(xiàn)大多數(shù)人還是需要帶著跑一跑代碼和講解代碼分析過程的注意事項，吸取上次的教訓，空轉(zhuǎn)課表，對課程進行細化，帶大家分析空間轉(zhuǎn)錄組和分析代碼，以及代碼過程中的注意事項...
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細胞注釋之marker列表
最近一段時間更新的少，是因為自己搜集經(jīng)典marker的工作接近尾聲了，所以花了比較長的時間整理和總結(jié)，我自己拿了幾個數(shù)據(jù)測試了一下，基本上效果不錯，用搜集到的marker配合...