在使用FeaturePlot畫圖的時候會因為細胞太多存在一些細胞被覆蓋的現(xiàn)象，導致表達某基因的細胞由于處于底層而展示不出來。我們?nèi)绻胍尡磉_特定基因的細胞都展示在上層，從而...
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FeaturePlot畫圖讓有表達的點展示在上方 -
RNA速率：細胞內(nèi)部的指南針博文名稱：RNA Velocity: The Cell’s Internal Compass博文鏈接：https://towardsdatascience.com/rna-v...
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Conda設置虛擬環(huán)境
軟件源碼安裝堪比套娃，要是在遇上python寫的程序那更“雪上加霜”了。。。。。。該用conda還是要用的，不要倔（sha）強（子），哈哈哈哈 conda在指定目錄下創(chuàng)建虛擬...
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如何給Seurat對象的基因重命名？【基因名轉換】2022-07-27
適用背景 在單細胞分析中，必要的一步是對每個細胞進行注釋，這相當于給每個細胞打個標簽，或者說起個別名，這些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改細胞名字，S...
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玩轉單細胞(7)：修改Seurat對象基因名稱玩轉單細胞(2):Seurat批量做圖修飾[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYzMzY5Ng==&mid=2247486164&i...
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如何優(yōu)雅的閱讀Seurat包20211109（周二）1.今天準備學習scanpy單細胞分析包，走在路上想，我用seurat和scanpy的意義在哪里，多學一個軟件嗎？學習軟件后面的代碼邏輯 遠遠大于學會...
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Seurat單細胞分析常見代碼-01
1.如何通過Seurat對象獲取細胞對應的坐標? 2.如何通過Seurat對象獲取原始表達數(shù)據(jù)? 3.提取特定基因陽性表達的細胞？ 4.修改tsne/umap圖的配色 5.查...
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GeneOverlap: 用于基因Overlap的檢驗及可視化R包參考學習資料：https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GeneOverlap/inst/do...
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NCBI下載SRA數(shù)據(jù)的4種方法??作為生命科學的從事者，不論是老師或者學生都應該用過NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...
