在使用FeaturePlot畫圖的時候會因為細胞太多存在一些細胞被覆蓋的現(xiàn)象,導致表達某基因的細胞由于處于底層而展示不出來。我們?nèi)绻胍尡磉_特定基因的細胞都展示在上層,從而...
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博文名稱:RNA Velocity: The Cell’s Internal Compass博文鏈接:https://towardsdatascience.com/rna-v...
軟件源碼安裝堪比套娃,要是在遇上python寫的程序那更“雪上加霜”了。。。。。。該用conda還是要用的,不要倔(sha)強(子),哈哈哈哈 conda在指定目錄下創(chuàng)建虛擬...
適用背景 在單細胞分析中,必要的一步是對每個細胞進行注釋,這相當于給每個細胞打個標簽,或者說起個別名,這些信息都存在@meta.data信息里,所以不用特意去更改細胞名字,S...
玩轉單細胞(2):Seurat批量做圖修飾[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYzMzY5Ng==&mid=2247486164&i...
20211109(周二)1.今天準備學習scanpy單細胞分析包,走在路上想,我用seurat和scanpy的意義在哪里,多學一個軟件嗎?學習軟件后面的代碼邏輯 遠遠大于學會...
1.如何通過Seurat對象獲取細胞對應的坐標? 2.如何通過Seurat對象獲取原始表達數(shù)據(jù)? 3.提取特定基因陽性表達的細胞? 4.修改tsne/umap圖的配色 5.查...
參考學習資料:https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GeneOverlap/inst/do...
??作為生命科學的從事者,不論是老師或者學生都應該用過NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...