2022年4月份TCGA進(jìn)行了更新，測(cè)序數(shù)據(jù)變成了STAR-count文件。以往count文件是htseq.counts.gz格式，現(xiàn)在變成star_gene_counts....
IP屬地：寧夏
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2022新版TCGA數(shù)據(jù)下載與整理 -
Kraken使用手冊(cè)
Introduction Kraken 是可將分類標(biāo)簽分配給DNA序列的一種序列分類器，是基于k-mer精確比對(duì)，并采用最低公共祖先(lowest common ancest...
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conda的安裝與使用 2.0版（2022-08-12更新）有很多的生信軟件都可以通過(guò)conda安裝，省去了很多的安裝、修bug的煩惱。經(jīng)常是安裝到崩潰的軟件，conda一行命令就搞定了。前兩天有個(gè)胖友問(wèn)我gatk 3.8的版本在哪里...
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conda的安裝與使用（2021-04-27更新）存檔版
2021-04-27 update: 更新了提供conda鏡像的大學(xué)的列表2021-04-13 更新預(yù)告: 本來(lái)打算在閱讀量過(guò)40萬(wàn)的時(shí)候更新一遍新的內(nèi)容的. 但是時(shí)間精力實(shí)...
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conda的安裝與使用（2021-04-27更新）
轉(zhuǎn)自：賣萌哥[http://www.itdecent.cn/u/77fc519c6fa2] 2021-04-27 update: 更新了提供conda鏡像的大學(xué)的列表 20...
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組間差異檢驗(yàn)，終于有人講清楚了!什么是組間差異檢驗(yàn)？就是組間的差異分析以及顯著性檢驗(yàn)，應(yīng)用統(tǒng)計(jì)學(xué)上的假設(shè)檢驗(yàn)方法，檢驗(yàn)組間是否有差異及其差異程度。坦率地講，所有的差異檢驗(yàn)都基于一個(gè)假設(shè)：組間沒(méi)有差異，變量之...
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16S測(cè)序分析（四）用MaAsLin尋找組間差異細(xì)菌導(dǎo)讀 MaAsLin（Multivariate Analysis by Linear Models，多變量線性回歸模型）功能：相關(guān)性分析特點(diǎn)：多表型同時(shí)分析，矯正協(xié)變量數(shù)據(jù)輸...
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16S測(cè)序分析（三）用LEfSe尋找組間差異細(xì)菌導(dǎo)讀 前面已經(jīng)介紹了獲取菌屬相對(duì)豐度表的方法，以及多樣性分析中的基本概念和計(jì)算方法。接下來(lái)將開始介紹一種尋找組間差異細(xì)菌的常用方法LEfSe。LEfSe（Linear dis...
