是的,本篇不講解軟件的安裝使用,因為網(wǎng)上的教程已經(jīng)非常多了。 但是有關(guān)rMATS的輸出結(jié)果,網(wǎng)上的教程都很少提到,結(jié)果應(yīng)該怎么看?各文件各列代表了什么信息?很多老師或同學(xué)們拿...
是的,本篇不講解軟件的安裝使用,因為網(wǎng)上的教程已經(jīng)非常多了。 但是有關(guān)rMATS的輸出結(jié)果,網(wǎng)上的教程都很少提到,結(jié)果應(yīng)該怎么看?各文件各列代表了什么信息?很多老師或同學(xué)們拿...
RNAseq的第二步就是Aligment, 一般都是有參考基因組的比對,據(jù)同事介紹,比對這一步,比對率再80%以上才算是正常的,很多樣本的比對結(jié)果都能達到90%以上。 然而,...
寫在前面 前段時間,推過兩個教程,分別是:1.《零基礎(chǔ)快速完成基因功能注釋 / GO / KEGG / PFAM...》2.《「GO富集分析」從原理到實踐 ~ 零基礎(chǔ)掌握》 ...
跑了blastp發(fā)現(xiàn)輸出格式?jīng)]有標題: 查找了一下,列名分別為: qseqid query (e.g., unknown gene) sequence id sseqid s...
第一次做差異剪接分析,rMATS做完后一頭霧水,查閱資料整理了一下結(jié)果文件。 我使用的版本是v4.1.2,用conda安裝的,軟件的安裝和使用就不細說了,網(wǎng)上已經(jīng)有很多帖子,...
TASSEL的官方網(wǎng)站:https://tassel.bitbucket.io/[https://tassel.bitbucket.io/]在TASSEL的下載文件夾中......
在碩士就讀期間,就已經(jīng)做過 GWAS 相關(guān)的分析。當(dāng)時標記量非常少, windows 系統(tǒng)分析就足夠了,作圖方面涉及的腳本也基本是蔡師兄幫寫的。后來,隨著高通量測序成本的降低...
1 Bedtools:一個強大的基因組算法工具集 Bedtools是由猶他大學(xué)昆蘭實驗室開發(fā)的基因組算法工具集,它堪稱是基因組分析工具中的瑞士軍刀。Bedtools可以對基因...
生物信息的傳遞- 從DNA到RNA 轉(zhuǎn)錄是基因表達的核心步驟 因為只有mRNA所攜帶的遺傳信息才能被用來指導(dǎo)蛋白質(zhì)的生物合成,所以人們一般用U,C,A,G這四種核苷酸的組合來...
當(dāng)使用snpEff創(chuàng)建數(shù)據(jù)庫的時候使用以下命令 突然報錯 如果發(fā)現(xiàn)此錯誤,則意味著gtf文件中有一些基因,而fasta文件中沒有因此,我們只需要在gtf文件中刪除該基因即可 ...
snpEff的使用是在Linux系統(tǒng)中Java運行環(huán)境下。 一、下載snpEff 方法一: 直接在家目錄下載使用命令 wgethttp://sourceforge.net/p...
EMBOSS 序列提取程序 extractseq 雙序列比對 needle water stretcher: 改進的Needleman-Wunsch動態(tài)規(guī)劃算法局相似性雙序列...
一、 安裝 使用conda安裝Pfam_scan pfam_scan依賴bioperl,因此,通過conda安裝簡單快捷. 安裝hmmer3 , 使用以下命令安裝: 數(shù)據(jù)庫下...