是的，本篇不講解軟件的安裝使用，因為網(wǎng)上的教程已經(jīng)非常多了。 但是有關(guān)rMATS的輸出結(jié)果，網(wǎng)上的教程都很少提到，結(jié)果應(yīng)該怎么看？各文件各列代表了什么信息？很多老師或同學(xué)們拿...
發(fā)簡信
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可變剪接鑒定軟件rMATS的結(jié)果文件內(nèi)容說明 -
本人目前從事生信分析相關(guān)領(lǐng)域， 記錄一些常見的坑，也希望能幫助到類似經(jīng)歷的人。
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RNAseq-踩坑02 -- Aligment 比對率低RNAseq的第二步就是Aligment, 一般都是有參考基因組的比對，據(jù)同事介紹，比對這一步，比對率再80%以上才算是正常的，很多樣本的比對結(jié)果都能達到90%以上。 然而，...
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點點點，KEGG Pathway 通路富集分析寫在前面 前段時間，推過兩個教程，分別是：1.《零基礎(chǔ)快速完成基因功能注釋 / GO / KEGG / PFAM...》2.《「GO富集分析」從原理到實踐 ~ 零基礎(chǔ)掌握》 ...
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BLASTp outfmt 6輸出格式的解讀跑了blastp發(fā)現(xiàn)輸出格式?jīng)]有標題： 查找了一下，列名分別為： qseqid query (e.g., unknown gene) sequence id sseqid s...
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差異剪接分析軟件rMATS結(jié)果文件解讀(v4.1.2)第一次做差異剪接分析，rMATS做完后一頭霧水，查閱資料整理了一下結(jié)果文件。 我使用的版本是v4.1.2，用conda安裝的，軟件的安裝和使用就不細說了，網(wǎng)上已經(jīng)有很多帖子，...
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喜歡就好
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GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析：TASSEL 5.0 Windows版軟件使用教程TASSEL的官方網(wǎng)站：https://tassel.bitbucket.io/[https://tassel.bitbucket.io/]在TASSEL的下載文件夾中......
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我很懶，但是我很可愛~~
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全基因組關(guān)聯(lián)分析 (GWAS) - 簡介在碩士就讀期間，就已經(jīng)做過 GWAS 相關(guān)的分析。當(dāng)時標記量非常少， windows 系統(tǒng)分析就足夠了，作圖方面涉及的腳本也基本是蔡師兄幫寫的。后來，隨著高通量測序成本的降低...
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傳說中的 “bio生物信息” 首席編輯
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最全Bedtools使用說明--只看本文就夠了1 Bedtools:一個強大的基因組算法工具集 Bedtools是由猶他大學(xué)昆蘭實驗室開發(fā)的基因組算法工具集，它堪稱是基因組分析工具中的瑞士軍刀。Bedtools可以對基因...
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分子生物學(xué)1生物信息的傳遞- 從DNA到RNA 轉(zhuǎn)錄是基因表達的核心步驟 因為只有mRNA所攜帶的遺傳信息才能被用來指導(dǎo)蛋白質(zhì)的生物合成，所以人們一般用U,C,A,G這四種核苷酸的組合來...
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snpEff
當(dāng)使用snpEff創(chuàng)建數(shù)據(jù)庫的時候使用以下命令 突然報錯 如果發(fā)現(xiàn)此錯誤，則意味著gtf文件中有一些基因，而fasta文件中沒有因此，我們只需要在gtf文件中刪除該基因即可 ...
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如何使用snpEff創(chuàng)建本地數(shù)據(jù)庫snpEff的使用是在Linux系統(tǒng)中Java運行環(huán)境下。 一、下載snpEff 方法一： 直接在家目錄下載使用命令 wgethttp://sourceforge.net/p...
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EMBOSS命令行使用
EMBOSS 序列提取程序 extractseq 雙序列比對 needle water stretcher: 改進的Needleman-Wunsch動態(tài)規(guī)劃算法局相似性雙序列...
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使用pfam-scan進行預(yù)測一、 安裝 使用conda安裝Pfam_scan pfam_scan依賴bioperl，因此，通過conda安裝簡單快捷. 安裝hmmer3 , 使用以下命令安裝： 數(shù)據(jù)庫下...
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