曼哈頓圖的名字來(lái)源是因?yàn)槠湫稳缏D的天際線：高聳在較低高度的“建筑物”上方的摩天大樓的輪廓。主要用于GWAS結(jié)果的展示，今天讓我們來(lái)看看如何繪制曼哈頓圖。 什么是曼哈頓圖 ...
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R數(shù)據(jù)可視化12:曼哈頓圖 -
使用CMplot包繪制環(huán)形曼哈度圖安裝并加載所需R包 基本用法 常用參數(shù) 加載并查看示例數(shù)據(jù) 基本數(shù)據(jù)格式： 前三列分別為SNP的名稱(chēng)，所在染色體，SNP的位置，后面每列為不同性狀的P值，每個(gè)性狀單獨(dú)一列 默...
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你這不是一個(gè)snp對(duì)全表型吧？怎么曼哈頓圖橫軸是染色體呢？不應(yīng)該是表型嗎？
PheWAS(全表型組關(guān)聯(lián)分析)----PheWAS實(shí)戰(zhàn)(三)
介紹完P(guān)heWAS與GWAS的概念及其對(duì)比以及PheWAS的R包后，相信大家對(duì)對(duì)PheWAS原理以及相關(guān)R包有了初步認(rèn)知。下面我以我做的一個(gè)項(xiàng)目的數(shù)據(jù)為例跑PheWAS。 1...
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2020-05-01 多基因風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分PRS分析參考學(xué)習(xí)資料： https://mp.weixin.qq.com/s/ou9MfogMJJV00S6lZpNGqQ 多基因風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分PRS分析 目前的主流的 GWAS 分析使用...
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@lz_d74b 測(cè)序得到的呀，或者是公共數(shù)據(jù)下載得到的
plink各種格式轉(zhuǎn)換及簡(jiǎn)單命令
PLINK軟件輸入文件的常見(jiàn)格式類(lèi)型： 1，一般格式：PED/MAP2，轉(zhuǎn)置格式：TPED/TFAM3，二進(jìn)制格式：BED/BIM/FAM幾種格式之間可以相互轉(zhuǎn)換。推薦使用B...
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GWAS 總體流程理解版
自己找了一些文章和視頻，先總結(jié)了一部分，后面再做補(bǔ)充和實(shí)操 一. 相關(guān)概念理解 （1）GWAS： 全稱(chēng)“全基因組關(guān)聯(lián)分析”，使用統(tǒng)計(jì)模型找到與性狀關(guān)聯(lián)的位點(diǎn)，用于分子標(biāo)記選擇...
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基因型數(shù)據(jù)與1000G merge后做PCA看人群分布
寫(xiě)在前面，對(duì)于生信新手來(lái)說(shuō)，不熟悉代碼的基礎(chǔ)，總是空中樓閣一般，想搜一條代碼、做一些適合自己數(shù)據(jù)的運(yùn)算更是難上加難，踩過(guò)的坑總要填，為了新手們不要像我一樣浪費(fèi)時(shí)間在這苦惱的代...
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mediation analysis（中介分析）二之前整理過(guò)一篇中介分析http://www.itdecent.cn/p/a8912fcf5910的筆記，那只是初步理論，等到真正做時(shí)會(huì)出現(xiàn)各種情況，這個(gè)不顯著啦，那個(gè)顯著，...
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1.4-雙生子數(shù)據(jù)中結(jié)構(gòu)方程模型的應(yīng)用
來(lái)源網(wǎng)站：http://dbtemp.blogspot.com/2011/08/sem-approach-to-twin-data.html 這個(gè)簡(jiǎn)單模型中最重要的假設(shè)是：雙...
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全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）的計(jì)算原理前言 關(guān)于全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）原理的資料，網(wǎng)上有很多。 這也是我寫(xiě)了這么多GWAS的軟件教程，卻從來(lái)沒(méi)有寫(xiě)過(guò)GWAS計(jì)算原理的原因。 恰巧之前微博上某位小可愛(ài)提問(wèn)能否...
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全基因組重測(cè)序基礎(chǔ)及高級(jí)分析知識(shí)匯總
轉(zhuǎn)自：http://www.360doc.com/content/18/0208/11/19913717_728563847.shtml 全基因組重測(cè)序是通過(guò)對(duì)已有參考序列（...
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請(qǐng)問(wèn)allele行如何選擇哪列是effect allele，哪列是non-effect?默認(rèn)gwas中第一列和第二列嗎？就是minor和major？
一行命令學(xué)會(huì)全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)的meta分析
為什么需要做meta分析 群體分層是GWAS研究中一個(gè)比較常見(jiàn)的假陽(yáng)性來(lái)源. 也就是說(shuō)，如果數(shù)據(jù)存在群體分層，卻不加以控制，那么很容易得到一堆假陽(yáng)性位點(diǎn)。 當(dāng)群體出現(xiàn)分層時(shí)，...
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VCF格式的學(xué)習(xí)及對(duì)VCF文件的統(tǒng)計(jì)
部分摘自# VincentLuo91的博客 Part 1 VCF格式的學(xué)習(xí) 1.什么是vcf？VCF是用于描述SNP，INDEL和SV結(jié)果的文本文件。在GATK軟件中得到最好...
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matlab簡(jiǎn)單命令
matlab -nodesktop -nosplash -r matlabfilelinux下啟動(dòng)非界面版matlab程序并運(yùn)行matlabfile.mat文件； load(...
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人類(lèi)基因組的Phasing原理是什么？
人類(lèi)基因組的Phasing原理是什么？什么是Phasing？ Phasing，或者說(shuō)Genotype Phasing，它的中文名有很多：基因定相、基因分型、單倍體分型、單倍體...
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變異信息那些事（上）劉小澤寫(xiě)于18.12.31再次知識(shí)迭代：打算以上中下三篇來(lái)認(rèn)識(shí)一個(gè)新事物上篇：主要了解VCF的背景知識(shí)；一般我們會(huì)從WES的上游得到SNP、InDel等信息，這些重要的信息都...
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GCTA計(jì)算親緣關(guān)系矩陣（兩種不同方法）親緣關(guān)系矩陣 親緣關(guān)系矩陣被廣泛用于全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）和全基因組選擇（GS）中，當(dāng)然主要是混合線性模型。在GWAS中親緣關(guān)系矩陣主要用于校正遺傳背景，因?yàn)镚...
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全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）-群體結(jié)構(gòu)與親緣關(guān)系1、群體結(jié)構(gòu)及其對(duì) GWAS 的影響 群體結(jié)構(gòu)的來(lái)源image.png群體結(jié)構(gòu)對(duì)GWAS的影響--混淆變量Ancestry可以導(dǎo)致混淆變量（confounding varia...