記錄下下載過(guò)程，為自己和后人避坑。 1.Conda連接不上鏡像源問(wèn)題 首先是anaconda安裝軟件或創(chuàng)建環(huán)境時(shí)遇到的問(wèn)題。即使換完清華源和其他鏡像源以后依舊報(bào)錯(cuò)。 嘗試了很...
IP屬地：福建
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2021-2-3-利用anaconda+prefetch+aspera從NCBI的SRA數(shù)據(jù)庫(kù)中下載原始測(cè)序數(shù)據(jù) -
190926【R語(yǔ)言作圖】實(shí)時(shí)定量PCR(RT_PCR)① 輸入ct值，直接導(dǎo)出帶誤差線(xiàn)的柱狀圖。② 使用到的R包，"pcr",官方包的安裝和使用教程詳見(jiàn)：https://www.rdocumentation.org/packag...
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stringtie merge與gene_id1.不進(jìn)行merge的pipeline stringtie官方說(shuō)明文檔中說(shuō)明如果對(duì)新的異構(gòu)體不感興趣，可以使用下面簡(jiǎn)單的pipeline進(jìn)行定量，而不進(jìn)行merge 也就是說(shuō)...
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STEP4: 得到表達(dá)矩陣的流程SRA—>FASTQ—>BAM—>COUNTS 這幾個(gè)步驟而已，中間穿插一些質(zhì)控的手段，每個(gè)步驟選擇好合適的軟件即可?？梢詤⒖迹阂粋€(gè)植物轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目的實(shí)戰(zhàn) http://www...
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48個(gè)實(shí)用的生信在線(xiàn)工具
在線(xiàn)工具一般具有“功能強(qiáng)大、操作簡(jiǎn)單、無(wú)需安裝、用完就走”的特點(diǎn)，輕松實(shí)現(xiàn)“用別人的服務(wù)器分析自己的數(shù)據(jù)”。 基因結(jié)構(gòu)繪制 1.Exon-Intron Graphic Mak...
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RNA-seq用hisat2、stringtie、DESeq2分析一、安裝軟件 1、HISAT2 將reads比對(duì)到基因組上 2、StringTie 將比對(duì)好的reads進(jìn)行拼裝并預(yù)計(jì)表達(dá)水平 3、SAM tools 課上已經(jīng)用sudo a...
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轉(zhuǎn)錄組全新學(xué)習(xí)之總篇
Y叔的RNA-seq workflow 強(qiáng)力推薦[https://github.com/twbattaglia/RNAseq-workflow]生信技能樹(shù)講解[https:/...
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2018-07-09（關(guān)于clusterProfiler的安裝）
昨天幾乎一整天都耗在了安裝clusterProfiler 的坑里，簡(jiǎn)單的總結(jié)下吧。 clusterProfiler 是Y叔寫(xiě)的一個(gè)R包，這個(gè)R包在R中用install.pac...
