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發(fā)簡信
IP屬地：浙江
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deseq2篩選結果-20190804
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GSEA
參考文章：GSEA的分析匯總 - 簡書；https://blog.csdn.net/qazplm12_3/article/details/78561937；GSEA-基因集富...
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WGCNA
WGCNA（加權基因共表達網(wǎng)絡分析） - 簡書 WGCNA分析，簡單全面的最新教程 - 簡書 http://pages.stat.wisc.edu/~yandell/stat...
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生成htseq-count的input文件
參考文章：RNA-seq(6): reads計數(shù)，合并矩陣并進行注釋 - 簡書；RNA-seq分析htseq-count的使用 - 望著小月亮 - 博客園 htseq-cou...
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分子模擬和基因組學大雜燴，我們是生物信息愛好者，開源，共享盡在生信雜談~ 請關注微信公眾號生信雜談（xiaoddrz）獲取更多原創(chuàng)精彩內容！<br>若您只是做基因的可以通過右側文集篩選文章
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使用 R 語言 DESeq2 對 RNA-seq 數(shù)據(jù)的下游分析
參考文章：使用 R 語言 DESeq2 對 RNA-seq 數(shù)據(jù)的下游分析 — 小小羊 最后作heatmap圖時報錯： 解決方法： 報錯時，紅框中為1，2，3......數(shù)字...
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安裝GSEA
參考文章Window安裝基因集富集分析軟件GSEA | Public Library of Bioinformatics 上面的文章很詳細，但是在最后啟動的時候會出現(xiàn)被Jav...
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將stringtie的輸出結果轉換為Deseq2的input參考實現(xiàn)Stingtie與DEseq2的無縫連接 - 簡書 StringTie 10samples-List.txt： 生成以下文件： 16samples-List.tx...
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rnaseq-R
library(ballgown) library(RSkittleBrewer) library(genefilter) library(dplyr) library(de...
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第七步-ballgown的相關參數(shù)
轉自轉錄組差異表達分析工具Ballgown | Biochen生物 Ballgown的輸入文件 StringTie使用-B參數(shù)直接生成Ballgown的輸入文件，Cuffli...
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第六步-stringtie-to-ballgowm的input文件
第五步為optional 5| Examine how the transcripts compare with the reference annotation (opti...
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第四步-stringtie-merge-得到一個merged.gtf文件
第四步：Merge transcripts from all samples: warning: 此處的mergelist.txt是自己創(chuàng)建的，需要包含之前output.gt...
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第三步-StringTie-assemble-得到.gtf文件
Assemble and quantify expressed genes and transcripts 第三步：Assemble transcripts for each...
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RNAseq分析流程-hisat2-samtools-stringtie參考文章Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie a...
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2019-07-10-conda安裝cufflinks時出現(xiàn)UnsatisfiableError問題并沒有解決。。。。 參考文章Mac anaconda下安裝庫出現(xiàn)UnsatisfiableError問題的解決辦法 - u010795408的博客 - CSDN博客
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第一步-hisat2-得到.sam文件hisat2 -t --dta -x grch38/genome -1 CRC/10samples/105TRA/105TRA_1.fq.gz -2 CRC/10sample...
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HTseq-2019-07-09參考htseq-count的用法-Bluesky's blog 在進行htseq前，要先將.bam文件用samtools sort一下： sorted.bam文件進行hts...
