對(duì)于二代測(cè)序，可以使用fastQC[https://github.com/s-andrews/FastQC]軟件對(duì)原始下機(jī)數(shù)據(jù)質(zhì)量進(jìn)行全面的統(tǒng)計(jì)及繪圖，多樣本時(shí)可進(jìn)一步結(jié)合使...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：廣東
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三代測(cè)序 - Oxford Nanopore (ONT) 數(shù)據(jù)分析 - 數(shù)據(jù)質(zhì)控和過濾 -
山東第一醫(yī)科大學(xué)， 青年教師一枚，三代測(cè)序技術(shù)愛好者。
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fastx_toolkit
fastx_toolkit由一系列的命令組成，每個(gè)命令提供一個(gè)實(shí)用的小功能。在使用時(shí)需要注意以下幾點(diǎn) 不支持壓縮格式的輸入文件 不允許序列中存在N堿基，這樣的序列會(huì)自動(dòng)去除 ...
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fatal error: ft2build.h: No such file or directory
遇到在編譯 R 包時(shí)報(bào)錯(cuò)找不到 ft2build.h 這類文件的問題，通常是因?yàn)橄嚓P(guān)的開發(fā)庫沒有正確安裝或者安裝路徑?jīng)]有被編譯器正確識(shí)別。針對(duì)你提供的命令和錯(cuò)誤，這里有幾個(gè)步...
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基于Conda 安裝配置 Jupyter，Mac遠(yuǎn)程連接
1. Conda 安裝及配置 安裝文件下載 Linux 下推薦安裝 Miniconda3 (基于 Python3)。 Miniconda3 下載鏈接[https://mirr...
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按列合并
join函數(shù) 經(jīng)常會(huì)碰到需要把兩個(gè)數(shù)據(jù)進(jìn)行合并，大的方向有按“列”和按"行"合并兩種方式，這里主要講下按“列”進(jìn)行合并，如下圖，假設(shè)有a、b兩個(gè)數(shù)據(jù)，注意共有的列是”chr"...
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Trim_galore
Trim_galore自動(dòng)化過濾數(shù)據(jù)，十分適合小白，具體來說的話，trim_galore分幾步處理數(shù)據(jù)： Quality trimming; Adaptor trimming...
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echo、tail和重定向符
1.echo命令 在命令行內(nèi)輸出指定內(nèi)容，輸出內(nèi)容比較復(fù)雜的時(shí)候，用雙引號(hào)包括 反引號(hào) 反引號(hào)包圍的是命令，而不是簡(jiǎn)單輸出echo后面的內(nèi)容 重定向符 重定向符：>和>>（1...
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grep-wc管道符
1.grep命令 可以通過grep命令，從文件中通過關(guān)鍵字過濾文件行語法：grep [-n] 關(guān)鍵字 文件路徑 -n可選，表是在結(jié)果中顯示匹配的行的行號(hào) 關(guān)鍵詞，建議用""包...
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which-find命令
which 查找所使用的一系列命令的程序文件存放在哪里 find 搜索指定文件find命令 - 按照文件名查找find 起始路徑 -name “被查找文件名” find命令 ...
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整個(gè)文件生成md5文件
find ./ -type f -print0 | xargs[https://so.csdn.net/so/search?q=xargs&spm=1001.2101.300...
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你好,麻煩請(qǐng)教下bedtools_matrix2是對(duì)bedtools_matrix做了什么修改呀
【HiC】繪制TAD邊界強(qiáng)度
背景 經(jīng)常在HiC文章中看到TAD邊界強(qiáng)度變化圖，大體上可以反映TAD之間隔絕情況,絕緣系數(shù)越低，TAD之間交互越弱。如下圖： 畫圖的方法： 有點(diǎn)類似ChIP-seq pe...
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不同基因組版本切換
?? 安裝CrossMap ?? 下載liftOver文件Index of /goldenPath/hg19/liftOver (ucsc.edu)[http://hgdownl...
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從UCSC獲得CpG island信息從UCSC主頁進(jìn)去，點(diǎn)擊tools，選擇table browser，按照下圖選擇參數(shù)，最后導(dǎo)出數(shù)據(jù)即可。
