Rstudio有很多方便編輯的小技巧 1. Tab鍵自動(dòng)補(bǔ)全 之前看大神的視頻課的時(shí)候，總覺得好NB，今天才找到怎么辦 1.1 函數(shù)、變量名自動(dòng)補(bǔ)全 與linux類似，可以使...
發(fā)簡(jiǎn)信
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RStudio使用的小技巧
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單細(xì)胞測(cè)序（scRNA-seq）通關(guān)||數(shù)據(jù)處理必知必會(huì)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析系列教程 sc-RAN-seq 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[https://www.jians...
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bedtools----getfasta
getfasta可以根據(jù)BED/GFF/VCF文件提供的feature在染色體上的位置信息，從fasta中提取feature的堿基序列 bedtools getfasta [...
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RNA-seq的標(biāo)準(zhǔn)化方法羅列
RNA-seq的標(biāo)準(zhǔn)化方法 對(duì)于RNA-seq而言，由于 技術(shù)誤差， 測(cè)序深度不同， 基因長(zhǎng)度不同，為了能夠比較不同的樣本，比較不同的基因的表達(dá)量，以及使表達(dá)水品分布符合統(tǒng)計(jì)...
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TCGA下載RNA-seq數(shù)據(jù)的區(qū)別
現(xiàn)UCSC xena已經(jīng)將TCGA數(shù)據(jù)匯總整理得很好了，連表達(dá)矩陣都已轉(zhuǎn)換完成。但如果有心就會(huì)發(fā)現(xiàn)，UCSC上的RNAseq數(shù)據(jù)有3個(gè)下載鏈接，以下將以cohort: TCG...
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利用R包TCGAbiolinks進(jìn)行各種數(shù)據(jù)下載下載TCGA數(shù)據(jù)的方法有很多，上一篇介紹了如何用gdc-client批量下載數(shù)據(jù)，基于網(wǎng)上有很多用TCGAbiolinks包下載數(shù)據(jù)的教程，所以也想學(xué)習(xí)一下這個(gè)方法。TCGA...
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R語(yǔ)言機(jī)器學(xué)習(xí)-caret介紹 caret包（Classification and Regression Training）是一系列函數(shù)的集合，它試圖對(duì)創(chuàng)建預(yù)測(cè)模型的過(guò)程進(jìn)行流程化。本系列將就數(shù)據(jù)預(yù)處...
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limma
limma的輸入表達(dá)矩陣要求是經(jīng)過(guò)log2處理之后的GEO中的Series Matrix File(s)通常是經(jīng)過(guò)了標(biāo)準(zhǔn)化和對(duì)數(shù)轉(zhuǎn)換的數(shù)據(jù)。但不全是。在實(shí)際應(yīng)用的時(shí)候需要根據(jù)...
