關(guān)于16S擴(kuò)增子的分析流程，深圳基因組所的劉永鑫老師已編寫了十分詳盡的教程，讓人人都能上手16S分析，而代謝組分析結(jié)果一般都由送樣公司直接交付。通過16S+代謝組學(xué)的聯(lián)合分析...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：湖南
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微生物組代謝組聯(lián)合分析學(xué)習(xí)筆記（一） -
3K水稻SNP數(shù)據(jù)集的簡(jiǎn)單利用3010份亞洲稻群體重測(cè)序項(xiàng)目是由中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所牽頭，聯(lián)合國際水稻研究所、華大基因等16家單位共同完成。該研究對(duì)來自89個(gè)國家的3,010份水稻品種進(jìn)行了重測(cè)序...
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大佬你好!想請(qǐng)教一下vcffilter命令中過濾的AB值代表什么,為什么在vcf文件表頭中沒有說明
關(guān)于SNP的過濾（2）：如何使用vcftools進(jìn)行SNP過濾
繼續(xù)上一節(jié)課教程的下半節(jié)，繼續(xù)介紹一些其他過濾SNP的工具，歡迎大家跟著學(xué)習(xí)。 從現(xiàn)在開始，過濾步驟假定vcf文件是由FreeBayes生成的。（但是其他的vcf也是類似的，...
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想請(qǐng)教的是，我有多個(gè)居群，想看每個(gè)居群的歷史有效種群大小的變化，如何把它們放在一起做，疊加生成一張圖呢？
PSMC 分析
參考路徑： /public/home/yangjie/hudie/Pb_project/04.evolution/06.psmc/02.psmc/test4/bootstra...
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Dsuite: 從VCF文件中快速計(jì)算D-統(tǒng)計(jì)量和親緣相關(guān)性的工具
工具背景介紹 D統(tǒng)計(jì)量（也稱為ABBA-BABA統(tǒng)計(jì)量）和相關(guān)統(tǒng)計(jì)量通常用于評(píng)估種群或緊密相關(guān)物種之間的是否存在基因流。當(dāng)前計(jì)算D統(tǒng)計(jì)量的工具大多數(shù)都需要該工具自定義特定的文...
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Tajima's D 中性檢測(cè)的指標(biāo)
Tajima's D - Wikipedia[https://en.wikipedia.org/wiki/Tajima%27s_D] Tajima's D是由日本研究員田田文...
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個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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「博客翻譯」SNP過濾教程（一）原文地址: SNP Filtering Tutorial 感覺文章寫的真棒，于是就翻譯了一遍 目標(biāo) 學(xué)習(xí)如何使用VCFtools根據(jù)缺失信息，基因型深度(genotype d...
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帶零食來二號(hào)樓411，好好認(rèn)識(shí)一下
群體遺傳筆記（一）：群體間選擇信號(hào)的檢測(cè)及GO注釋
從獲取下機(jī)數(shù)據(jù)做質(zhì)控、比對(duì)，到calling snp獲得vcf文件這一步，網(wǎng)上已經(jīng)有非常詳細(xì)的教程，有GATK4.0和全基因組數(shù)據(jù)分析實(shí)踐（上），還有Samtools+bcf...
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群體遺傳筆記（一）：群體間選擇信號(hào)的檢測(cè)及GO注釋從獲取下機(jī)數(shù)據(jù)做質(zhì)控、比對(duì)，到calling snp獲得vcf文件這一步，網(wǎng)上已經(jīng)有非常詳細(xì)的教程，有GATK4.0和全基因組數(shù)據(jù)分析實(shí)踐（上），還有Samtools+bcf...
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群體遺傳學(xué)習(xí)筆記-基因型缺失數(shù)據(jù)的填充
Genotype Imputation是在高通量測(cè)序中常出現(xiàn)的定義，按照義譯就是基因型填充。要真正理解imputation這個(gè)概念，我們就需要先理解基因型缺失（genotyp...
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初入職場(chǎng)的生信猿，喜歡折騰代碼整點(diǎn)有意思的東西
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全基因組重測(cè)序基礎(chǔ)及高級(jí)分析知識(shí)匯總
轉(zhuǎn)自：http://www.360doc.com/content/18/0208/11/19913717_728563847.shtml 全基因組重測(cè)序是通過對(duì)已有參考序列（...
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西澳大學(xué)生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因組與群體基因組學(xué)的挖掘<br><br>簡(jiǎn)信不回答問題，有問題發(fā)至<br>lakeseafly50@gmail.com
