一、原理 Gene Ontology（GO）是一個國際標準化的基因功能分類體系，提供了一套動態(tài)更新的標準詞匯表，用于全面描述生物體中基因和基因產(chǎn)物的屬性。 1）GO包含三個主...
IP屬地：臺灣
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測序數(shù)據(jù)的深度、覆蓋度等計算Coverage Depth 覆蓋深度 mapping depth 基因組被測序片段（短讀 short reads）“覆蓋”的強度有多大？ 每一堿基的覆蓋率是基因組堿基被測序...
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泛基因組(Pan-genome)研究思路與應(yīng)用—作物篇隨著基因組測序技術(shù)的不斷發(fā)展，越來越多的物種已完成全基因組密碼的破譯，在基因組信息全面解析的基礎(chǔ)上，對于某物種的功能基因定位，馴化等相關(guān)深入研究具有重要意義。然而在漫長的物種...
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De novo組裝#08 | 基因組組裝評估寫在前面 基因組組裝完成后，我們需要對我們組裝好的基因組進行一個質(zhì)量評估，質(zhì)量評估主要從連續(xù)性（continuity），完整性（completeness），準確性（ accu...
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群體中的Fst值-學(xué)習篇這里有一份群體的學(xué)習課程，這篇推送主要基于這個作為參考，群體課程[http://www.uwyo.edu/dbmcd/popecol/index.html]Fst值[http...
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VCFtools的使用(參數(shù)說明)
寫在前面：當學(xué)習某一重要文件格式時，更需要對此格式對應(yīng)軟件工具進行全面的學(xué)習（如sam/bam——samtools）。在多次花時間寫腳本處理文件之后發(fā)現(xiàn)，80%左右的任務(wù)其實...
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ABBA-BABA遺傳滲入分析（Dsuite軟件）ABBA-BABA分析方法最早發(fā)布于2012年NATURE的文章：Butterfly genome reveals promiscuous exchange of mimic...
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Hi-C技術(shù)的初步了解最近的一次組會上看到實驗室的同學(xué)匯報的結(jié)果里有Hi-C的圖，所以我就悄咪咪的去了解了一下Hi-C技術(shù)的原理。整理一下。 Q1: Hi-C的全稱是什么？ A: 高通量染色體構(gòu)象...
