提取特定長(zhǎng)度的reads,初始版本,只適合小文件,25000條reads需要十幾分鐘:
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在GWAS研究中,Manhattan plot和QQ plot是最常畫的兩類圖,它們可以把跟研究的性狀(比如,基因型和身高)顯著相關(guān)的基因位點(diǎn)清晰地展現(xiàn)出來(lái),不少讀者朋友應(yīng)該...
先把GWAS系列課程看一遍,后面再把不懂的東西再補(bǔ)充上來(lái) 一、概念和理論基礎(chǔ) 全基因組關(guān)聯(lián)分析定義 是對(duì)多個(gè)個(gè)體在全基因組范圍的遺傳變異(標(biāo)記)多態(tài)性進(jìn)行檢測(cè),獲得基因型,進(jìn)...
在拿到一組snp數(shù)據(jù)時(shí),首先應(yīng)該想到要對(duì)snp數(shù)據(jù)的質(zhì)量進(jìn)行檢測(cè)和控制。然后再考慮這組數(shù)據(jù)該怎么分析,如何分析。snp的質(zhì)控是非常重要的,如果snp數(shù)據(jù)的質(zhì)量不佳,那么計(jì)算的...
y一、認(rèn)識(shí)文件名 五大格式文件:ped&mapbed&fam&bim 各自存儲(chǔ)何種數(shù)據(jù) 五種格式 ①ped(pedigree,家系):包含樣本的譜系信息和基因型信息,必須與f...
轉(zhuǎn)載自-----http://www.itdecent.cn/p/963343b5e135 核酸數(shù)據(jù)庫(kù) NCBI [https://www.ncbi.nlm.nih.gov...
Pfam 數(shù)據(jù)庫(kù) http://pfam.xfam.org/是一個(gè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域家族的集合。蛋白質(zhì)一般由一個(gè)或多個(gè)功能區(qū)域組成,這些功能區(qū)域通常被稱為結(jié)構(gòu)域(domain)。在...