在R發(fā)布了3.6.1之后，我在我的CentOS服務(wù)器上編譯了這個版本的R語言，隨后就是開始安裝各種R包。在安裝clusterProfiler時，其中的一個R包igraph安裝...
IP屬地：上海
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CentOS上由libgfortran.so.4引起的R包igraph安裝問題
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生信~一天學(xué)會Perl，你相信嗎？劉小澤開始寫于19.7.31寫這個是因?yàn)榭吹烬埿墙坛淌褂昧舜罅康膒erl腳本，動輒4、5千行，例如https://github.com/WGLab/PennCNV/blob/...
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轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)四（參考基因組及gtf注釋探究）
轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)一（軟件安裝） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)二（數(shù)據(jù)下載） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)三（數(shù)據(jù)質(zhì)控） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)四（參考基因組及gtf注釋探究） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)五（reads的比對與samtoo...
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RNA-seq練習(xí) 第二部分（基因組序列下載，注釋文件下載，索引下載，比對，比對質(zhì)控,HTseq-count計數(shù)，輸出count矩陣文件）參考基因組下載有三大全文網(wǎng)站提供參考基因組下載，它們分別是：1.NCBI （https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc）2.UCSC (http://h...
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2019-06-27 scenic: single-cell regulatory network inference and clustering
title：scenic: single-cell regulatory network inference and clustering journal：Nature me...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)處理小細(xì)節(jié)匯總1. Seurat對象查看當(dāng)前的Assay 在進(jìn)行了SCTransform操作后，矩陣默認(rèn)會變成SCT矩陣，如果不加設(shè)置，后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣。修改Defau...
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生信 | ATAC-Seq基礎(chǔ)分析+高級分析+多組學(xué)分析寫在前面 其實(shí)很多作者已經(jīng)探索的差不多了，相關(guān)腳本、教程也很多，但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧。有時候感覺是浪費(fèi)時間，但是在寫的時候能發(fā)現(xiàn)并學(xué)習(xí)到很多新的知識，不斷記錄反思，也...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析||Garnett細(xì)胞類型注釋工具Garnett是一個從單細(xì)胞表達(dá)數(shù)據(jù)中實(shí)現(xiàn)自動細(xì)胞類型分類的軟件包。Garnett的工作方式是獲取單細(xì)胞數(shù)據(jù)和細(xì)胞類型定義(marker)文件，并訓(xùn)練一個基于回歸的分類器。一...
