在R發(fā)布了3.6.1之后,我在我的CentOS服務(wù)器上編譯了這個版本的R語言,隨后就是開始安裝各種R包。在安裝clusterProfiler時,其中的一個R包igraph安裝...
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劉小澤開始寫于19.7.31寫這個是因?yàn)榭吹烬埿墙坛淌褂昧舜罅康膒erl腳本,動輒4、5千行,例如https://github.com/WGLab/PennCNV/blob/...
轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)一(軟件安裝) 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)二(數(shù)據(jù)下載) 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)三(數(shù)據(jù)質(zhì)控) 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)四(參考基因組及gtf注釋探究) 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)五(reads的比對與samtoo...
參考基因組下載有三大全文網(wǎng)站提供參考基因組下載,它們分別是:1.NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc)2.UCSC (http://h...
title:scenic: single-cell regulatory network inference and clustering journal:Nature me...
1. Seurat對象查看當(dāng)前的Assay 在進(jìn)行了SCTransform操作后,矩陣默認(rèn)會變成SCT矩陣,如果不加設(shè)置,后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣。修改Defau...
寫在前面 其實(shí)很多作者已經(jīng)探索的差不多了,相關(guān)腳本、教程也很多,但我還是自己系統(tǒng)的總結(jié)一下吧。有時候感覺是浪費(fèi)時間,但是在寫的時候能發(fā)現(xiàn)并學(xué)習(xí)到很多新的知識,不斷記錄反思,也...
Garnett是一個從單細(xì)胞表達(dá)數(shù)據(jù)中實(shí)現(xiàn)自動細(xì)胞類型分類的軟件包。Garnett的工作方式是獲取單細(xì)胞數(shù)據(jù)和細(xì)胞類型定義(marker)文件,并訓(xùn)練一個基于回歸的分類器。一...