1. GitHub https://github.com/aertslab/SCENIC[https://github.com/aertslab/SCENIC] https:...
發(fā)簡信
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SCENIC: 結(jié)果解讀 -
scRNA-Seq | Seurat 包原理解析seurat 涉及的數(shù)據(jù)分析包括很多步驟。之前只顧著干活兒，也沒有系統(tǒng)的整理過分析中的具體內(nèi)容。這里就參照網(wǎng)上大神們分享的帖子，來梳理一下。 一、讀入數(shù)據(jù)。 Read10X(...
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hdWGCNA：單細胞WGCNA分析方法WGCNA原理和分析流程[http://www.itdecent.cn/p/9331eb5377d1] 單細胞WGCNA分析方法+隨機森林[https://www.jian...
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細胞通訊-2單個數(shù)據(jù)集進行細胞間通訊分析單個數(shù)據(jù)集分析，多個數(shù)據(jù)集比較分析，具有較大成分差異的數(shù)據(jù)集比較分析。本教程是單個數(shù)據(jù)集分析流程 此教程概述了使用 CellChat 的單個數(shù)據(jù)集對細胞通信網(wǎng)絡(luò)進行推斷、分析...
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單細胞分析：marker鑒定（11）導(dǎo)讀 前面我們已經(jīng)確定了我們想要的簇，我們可以繼續(xù)進行標(biāo)記識別，這將使我們能夠驗證某些簇的身份并幫助推測任何未知簇的身份。 1. 學(xué)習(xí)目標(biāo) 學(xué)會確定單個簇的marker 學(xué)會...
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文獻(8): 單細胞和空間分析揭示FAP+成纖維細胞和SPP1+巨噬細胞在結(jié)直腸癌中的相互作用
今天分享的這篇文獻上個月剛發(fā)表在Nature Communications，主要內(nèi)容是結(jié)合單細胞轉(zhuǎn)錄組和空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)，揭示了FAP+成纖維細胞和SPP1+巨噬細胞的互作，及...
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TCGA泛癌TMB計算在前面系列教程中分享了如何下載TCGA表達矩陣（2022新版TCGA數(shù)據(jù)下載與整理[http://www.itdecent.cn/p/98902a1bfb21])，通過R進...
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膠質(zhì)母細胞瘤免疫亞型分析+免疫組化發(fā)8+分SCI今天給大家介紹一篇2022年1月發(fā)表在OncoImmunology（IF:8.110）上的一篇文章。本研究作者對單細胞轉(zhuǎn)錄組和bulk轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集進行分析，鑒定到了一個新的G...
