基因流（也稱基因遷移）是指從一個物種的一個種群向另一個種群引入新的遺傳物質(zhì)，從而改變?nèi)后w“基因庫”的組成。通過基因交流向群體中引入新的等位基因，是遺傳變異一個非常重要的來源，...
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群體進(jìn)化分析--基因流及群體歷史分析——我愿稱之為史上最全 -
使用scanpy進(jìn)行高可變基因的篩選
作者：童蒙編輯：angelica 代碼解讀scanpy又來啦，不要錯過～～今天我們講的是：高可變基因的篩選。 函數(shù) scanpy.pp.highly_variable_gen...
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scATAC數(shù)據(jù)分析的正確打開方式-Signac
簡介 單細(xì)胞測序技術(shù)是近十年最偉大的科學(xué)進(jìn)展之一，其涵蓋多方面的內(nèi)容。scRNA-seq想必大家都較為熟悉，但是scATAC-seq出現(xiàn)在大家印象中的次數(shù)并不多，但是這種現(xiàn)象...
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單細(xì)胞筆記11-scATAC-seq上游數(shù)據(jù)處理一直以來都不是太清楚scATAC-seq中fragments文件、peak calling，以及counts矩陣的關(guān)系，本文就來梳理一下scATAC-seq的上游數(shù)據(jù)處理中的...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)處理小細(xì)節(jié)匯總1. Seurat對象查看當(dāng)前的Assay 在進(jìn)行了SCTransform操作后，矩陣默認(rèn)會變成SCT矩陣，如果不加設(shè)置，后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣。修改Defau...
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Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)（更新版）更多重要函數(shù)見：Seurat重要命令匯總[http://www.itdecent.cn/p/104f9290af8b] Seurat繪圖函數(shù)總結(jié) 在使用R語言進(jìn)行單細(xì)胞數(shù)據(jù)...
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SCTransform：單細(xì)胞樣本的標(biāo)準(zhǔn)化Seurat從3.0版本引進(jìn)了SCTransform這個函數(shù)用來對數(shù)據(jù)做標(biāo)準(zhǔn)化，并且這一個函數(shù)可以代替三個函數(shù)（NormalizeData, ScaleData, FindV...
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一網(wǎng)打盡scRNA矩陣格式讀取和轉(zhuǎn)化(h5 h5ad loom)??scRNA矩陣存儲的文件格式有10X單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)、h5、h5ad、loom：10X單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)經(jīng)過cellranger處理后會得到矩陣的三個文件：matrix.mtx...
