基因流(也稱基因遷移)是指從一個物種的一個種群向另一個種群引入新的遺傳物質(zhì),從而改變?nèi)后w“基因庫”的組成。通過基因交流向群體中引入新的等位基因,是遺傳變異一個非常重要的來源,...
基因流(也稱基因遷移)是指從一個物種的一個種群向另一個種群引入新的遺傳物質(zhì),從而改變?nèi)后w“基因庫”的組成。通過基因交流向群體中引入新的等位基因,是遺傳變異一個非常重要的來源,...
作者:童蒙編輯:angelica 代碼解讀scanpy又來啦,不要錯過~~今天我們講的是:高可變基因的篩選。 函數(shù) scanpy.pp.highly_variable_gen...
簡介 單細(xì)胞測序技術(shù)是近十年最偉大的科學(xué)進(jìn)展之一,其涵蓋多方面的內(nèi)容。scRNA-seq想必大家都較為熟悉,但是scATAC-seq出現(xiàn)在大家印象中的次數(shù)并不多,但是這種現(xiàn)象...
一直以來都不是太清楚scATAC-seq中fragments文件、peak calling,以及counts矩陣的關(guān)系,本文就來梳理一下scATAC-seq的上游數(shù)據(jù)處理中的...
1. Seurat對象查看當(dāng)前的Assay 在進(jìn)行了SCTransform操作后,矩陣默認(rèn)會變成SCT矩陣,如果不加設(shè)置,后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣。修改Defau...
更多重要函數(shù)見:Seurat重要命令匯總[http://www.itdecent.cn/p/104f9290af8b] Seurat繪圖函數(shù)總結(jié) 在使用R語言進(jìn)行單細(xì)胞數(shù)據(jù)...
Seurat從3.0版本引進(jìn)了SCTransform這個函數(shù)用來對數(shù)據(jù)做標(biāo)準(zhǔn)化,并且這一個函數(shù)可以代替三個函數(shù)(NormalizeData, ScaleData, FindV...
??scRNA矩陣存儲的文件格式有10X單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)、h5、h5ad、loom:10X單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)經(jīng)過cellranger處理后會得到矩陣的三個文件:matrix.mtx...