緣起 最近在讀Hilary Glasman-Deal的Science Research Writing, 封面長(zhǎng)下面這樣: [圖片上傳失敗...(image-19672-17...
IP屬地：重慶
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Science Research writing 讀書(shū)筆記: introduction部分 I
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原始數(shù)據(jù)下載專(zhuān)題 | datasets——基因與基因組數(shù)據(jù)查詢(xún)和獲取的NCBI官方解決方案
背景 原始數(shù)據(jù)下載專(zhuān)題到最后一個(gè)工具啦，前面介紹的很多工具都是下載原始的測(cè)序數(shù)據(jù)的，而這個(gè)則不同，它是NCBI官方推出的用于查詢(xún)和獲取基因、基因組數(shù)據(jù)的工具。 NCBI的官方...
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原始數(shù)據(jù)下載專(zhuān)題 | 用iSeq下載原始測(cè)序數(shù)據(jù)
背景介紹 一句話介紹iSeq：Download sequencing data and metadata from GSA, SRA, ENA, and DDBJ datab...
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原始數(shù)據(jù)下載專(zhuān)題 | 用ffq下載原始測(cè)序數(shù)據(jù)
背景介紹 今天要介紹的ffq和昨天的gget是同一個(gè)lab出品的，都是加州理工學(xué)院的pachterlab，我研究了一下這個(gè)實(shí)驗(yàn)室的PI，Dr. Lior Pachter，不看...
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原始數(shù)據(jù)下載專(zhuān)題 | gget一個(gè)綜合性的生物信息查詢(xún)和下載工具
gget的功能跟之前介紹的fastq-dl不一樣，fastq-dl主要是下載測(cè)序的原始數(shù)據(jù)的，而gget的功能就非常豐富了： 從ensembl下載參考基因組， 獲取指定基因的...
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原始數(shù)據(jù)下載專(zhuān)題 | 用fasq-dl下載fastq數(shù)據(jù)
萌哥碎碎念 一直以來(lái)都想寫(xiě)一下下載數(shù)據(jù)的這些命令和工具，現(xiàn)在剛好收集了一些，可以寫(xiě)一整個(gè)專(zhuān)題。先分別寫(xiě)，也許之后還能出一個(gè)橫評(píng)。目前規(guī)劃的軟件有： fastq-dl gget...
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NCBI官方真核生物全基因組注釋流程首次開(kāi)源！嘗鮮體驗(yàn)踩坑貼奉上~萌哥碎碎念：NCBI的官方注釋流程一直都是出了名的效果拔群準(zhǔn)確度極高，但可惜一直都是非開(kāi)源的，看到這么好用的工具卻用不到自己的項(xiàng)目里，心里可太刺撓了。終于！最近NCBI開(kāi)源了...
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datasets使用實(shí)例 | 如何批量獲得特定物種的taxonomy信息？
工具 使用到的工具是： datasets jq datasets是NCBI官方的工具，可以直接調(diào)用NCBI的API進(jìn)行信息的查詢(xún)，返回的結(jié)果是json格式?，F(xiàn)在還在活躍開(kāi)發(fā)中...
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@球果假水晶藍(lán) 并沒(méi)有 但是想要往這個(gè)方向發(fā)展
機(jī)器學(xué)習(xí)/深度學(xué)習(xí)與基因組學(xué)資源搜羅
作為一個(gè)genomics方向的研究者，在AI的浪潮中總是避免不了焦慮。擔(dān)心被時(shí)代拋棄。 在以前，不識(shí)字的我們稱(chēng)之為文盲；再后來(lái)，英語(yǔ)不好是地球村的文盲；接著到了信息時(shí)代，不會(huì)...
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AI Python for Beginners之我見(jiàn)
作為一個(gè)十級(jí)互聯(lián)網(wǎng)沖浪選手，當(dāng)看到吳恩達(dá)老師出新課的時(shí)候就已經(jīng)無(wú)腦沖了。 傳送門(mén)：https://learn.deeplearning.ai/courses/ai-pytho...
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機(jī)器學(xué)習(xí)/深度學(xué)習(xí)與基因組學(xué)資源搜羅
作為一個(gè)genomics方向的研究者，在AI的浪潮中總是避免不了焦慮。擔(dān)心被時(shí)代拋棄。 在以前，不識(shí)字的我們稱(chēng)之為文盲；再后來(lái)，英語(yǔ)不好是地球村的文盲；接著到了信息時(shí)代，不會(huì)...
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萌哥修BUG | Ubuntu 22.04.3 LTS如何給根目錄擴(kuò)展空間
省流版 前提條件： 有root權(quán)限 不涉及分區(qū)的刪除增加重新分區(qū) 不需要重啟或者關(guān)機(jī) 不需要到服務(wù)器面前才能操作，遠(yuǎn)程也可以完成 step 1： 運(yùn)行一下df -h知道一下自...
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新手的R包安裝指南：一條命令就可以把任何來(lái)源的R包安裝上啦
太長(zhǎng)不看版 只需要使用BiocManager::install()就可以把CRAN、bioconductor、GitHub來(lái)源的包都安裝上了。 R包安裝的天下三分 安裝R包是...
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【讀者投稿】用Bypy直接下載百度云盤(pán)文件到服務(wù)器
背景介紹 組學(xué)數(shù)據(jù)越來(lái)越大，數(shù)據(jù)傳輸已經(jīng)成了一個(gè)組學(xué)合作研究中的重要限制因素。百度云盤(pán)是數(shù)據(jù)存儲(chǔ)和傳輸?shù)闹匾ぞ?，bypy是一個(gè)為了解決數(shù)據(jù)操作的工具。 它可以通過(guò)命令行上傳...
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【文獻(xiàn)速讀】Sequence basis of transcription initiation in human genome
要讀的文章太多了。實(shí)在是沒(méi)時(shí)間把所有的感興趣的文章都精讀一遍。那就借助GPT快速總結(jié)一下文章的內(nèi)容。 文章標(biāo)題：Sequence basis of transcription...
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用agat把embl格式轉(zhuǎn)換成gff格式
我最近在用YGAP (Yeast Genome Annotation Pipeline) 做yeast基因組的注釋。 YGAP生成的注釋結(jié)果默認(rèn)是bed格式不是gff格式，并...
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在Linux下用ftp和lftp從FTP站點(diǎn)下載文件
背景介紹 最近我需要通過(guò)FTP站點(diǎn)下載合作者提供的測(cè)序數(shù)據(jù)，因此研究了一下怎么快速地從FTP站點(diǎn)下載文件。 測(cè)試的工具主要是ftp和lftp 什么是FTP？ FTP，全稱(chēng)為“...
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10x scaffolding系列3：使用tigmint糾錯(cuò)并進(jìn)行基因組scaffolding
背景介紹 這篇應(yīng)該是10x genomics數(shù)據(jù)輔助基因組組裝的最后一篇，tigmint也是這些軟件之中效果最好的一個(gè)，屬于壓箱底的好工具。并且這個(gè)軟件是個(gè)活著的軟件，相比于...
個(gè)人介紹
PhD student in Biology | Genomics | Evolution | TSS | python | R | Machine Learning | R package develop