緣起 最近在讀Hilary Glasman-Deal的Science Research Writing, 封面長(zhǎng)下面這樣: [圖片上傳失敗...(image-19672-17...
緣起 最近在讀Hilary Glasman-Deal的Science Research Writing, 封面長(zhǎng)下面這樣: [圖片上傳失敗...(image-19672-17...
背景 原始數(shù)據(jù)下載專(zhuān)題到最后一個(gè)工具啦,前面介紹的很多工具都是下載原始的測(cè)序數(shù)據(jù)的,而這個(gè)則不同,它是NCBI官方推出的用于查詢(xún)和獲取基因、基因組數(shù)據(jù)的工具。 NCBI的官方...
背景介紹 一句話介紹iSeq:Download sequencing data and metadata from GSA, SRA, ENA, and DDBJ datab...
背景介紹 今天要介紹的ffq和昨天的gget是同一個(gè)lab出品的,都是加州理工學(xué)院的pachterlab,我研究了一下這個(gè)實(shí)驗(yàn)室的PI,Dr. Lior Pachter,不看...
gget的功能跟之前介紹的fastq-dl不一樣,fastq-dl主要是下載測(cè)序的原始數(shù)據(jù)的,而gget的功能就非常豐富了: 從ensembl下載參考基因組, 獲取指定基因的...
萌哥碎碎念 一直以來(lái)都想寫(xiě)一下下載數(shù)據(jù)的這些命令和工具,現(xiàn)在剛好收集了一些,可以寫(xiě)一整個(gè)專(zhuān)題。先分別寫(xiě),也許之后還能出一個(gè)橫評(píng)。目前規(guī)劃的軟件有: fastq-dl gget...
萌哥碎碎念:NCBI的官方注釋流程一直都是出了名的效果拔群準(zhǔn)確度極高,但可惜一直都是非開(kāi)源的,看到這么好用的工具卻用不到自己的項(xiàng)目里,心里可太刺撓了。終于!最近NCBI開(kāi)源了...
工具 使用到的工具是: datasets jq datasets是NCBI官方的工具,可以直接調(diào)用NCBI的API進(jìn)行信息的查詢(xún),返回的結(jié)果是json格式?,F(xiàn)在還在活躍開(kāi)發(fā)中...
@球果假水晶藍(lán) 并沒(méi)有 但是想要往這個(gè)方向發(fā)展
機(jī)器學(xué)習(xí)/深度學(xué)習(xí)與基因組學(xué)資源搜羅作為一個(gè)genomics方向的研究者,在AI的浪潮中總是避免不了焦慮。擔(dān)心被時(shí)代拋棄。 在以前,不識(shí)字的我們稱(chēng)之為文盲;再后來(lái),英語(yǔ)不好是地球村的文盲;接著到了信息時(shí)代,不會(huì)...
作為一個(gè)十級(jí)互聯(lián)網(wǎng)沖浪選手,當(dāng)看到吳恩達(dá)老師出新課的時(shí)候就已經(jīng)無(wú)腦沖了。 傳送門(mén):https://learn.deeplearning.ai/courses/ai-pytho...
作為一個(gè)genomics方向的研究者,在AI的浪潮中總是避免不了焦慮。擔(dān)心被時(shí)代拋棄。 在以前,不識(shí)字的我們稱(chēng)之為文盲;再后來(lái),英語(yǔ)不好是地球村的文盲;接著到了信息時(shí)代,不會(huì)...
省流版 前提條件: 有root權(quán)限 不涉及分區(qū)的刪除增加重新分區(qū) 不需要重啟或者關(guān)機(jī) 不需要到服務(wù)器面前才能操作,遠(yuǎn)程也可以完成 step 1: 運(yùn)行一下df -h知道一下自...
太長(zhǎng)不看版 只需要使用BiocManager::install()就可以把CRAN、bioconductor、GitHub來(lái)源的包都安裝上了。 R包安裝的天下三分 安裝R包是...
背景介紹 組學(xué)數(shù)據(jù)越來(lái)越大,數(shù)據(jù)傳輸已經(jīng)成了一個(gè)組學(xué)合作研究中的重要限制因素。百度云盤(pán)是數(shù)據(jù)存儲(chǔ)和傳輸?shù)闹匾ぞ?,bypy是一個(gè)為了解決數(shù)據(jù)操作的工具。 它可以通過(guò)命令行上傳...
要讀的文章太多了。實(shí)在是沒(méi)時(shí)間把所有的感興趣的文章都精讀一遍。那就借助GPT快速總結(jié)一下文章的內(nèi)容。 文章標(biāo)題:Sequence basis of transcription...
我最近在用YGAP (Yeast Genome Annotation Pipeline) 做yeast基因組的注釋。 YGAP生成的注釋結(jié)果默認(rèn)是bed格式不是gff格式,并...
背景介紹 最近我需要通過(guò)FTP站點(diǎn)下載合作者提供的測(cè)序數(shù)據(jù),因此研究了一下怎么快速地從FTP站點(diǎn)下載文件。 測(cè)試的工具主要是ftp和lftp 什么是FTP? FTP,全稱(chēng)為“...
背景介紹 這篇應(yīng)該是10x genomics數(shù)據(jù)輔助基因組組裝的最后一篇,tigmint也是這些軟件之中效果最好的一個(gè),屬于壓箱底的好工具。并且這個(gè)軟件是個(gè)活著的軟件,相比于...