緣起 最近在讀Hilary Glasman-Deal的Science Research Writing, 封面長下面這樣: [圖片上傳失敗...(image-19672-17...
緣起 最近在讀Hilary Glasman-Deal的Science Research Writing, 封面長下面這樣: [圖片上傳失敗...(image-19672-17...
背景 原始數(shù)據下載專題到最后一個工具啦,前面介紹的很多工具都是下載原始的測序數(shù)據的,而這個則不同,它是NCBI官方推出的用于查詢和獲取基因、基因組數(shù)據的工具。 NCBI的官方...
背景介紹 一句話介紹iSeq:Download sequencing data and metadata from GSA, SRA, ENA, and DDBJ datab...
背景介紹 今天要介紹的ffq和昨天的gget是同一個lab出品的,都是加州理工學院的pachterlab,我研究了一下這個實驗室的PI,Dr. Lior Pachter,不看...
gget的功能跟之前介紹的fastq-dl不一樣,fastq-dl主要是下載測序的原始數(shù)據的,而gget的功能就非常豐富了: 從ensembl下載參考基因組, 獲取指定基因的...
萌哥碎碎念 一直以來都想寫一下下載數(shù)據的這些命令和工具,現(xiàn)在剛好收集了一些,可以寫一整個專題。先分別寫,也許之后還能出一個橫評。目前規(guī)劃的軟件有: fastq-dl gget...
萌哥碎碎念:NCBI的官方注釋流程一直都是出了名的效果拔群準確度極高,但可惜一直都是非開源的,看到這么好用的工具卻用不到自己的項目里,心里可太刺撓了。終于!最近NCBI開源了...
工具 使用到的工具是: datasets jq datasets是NCBI官方的工具,可以直接調用NCBI的API進行信息的查詢,返回的結果是json格式。現(xiàn)在還在活躍開發(fā)中...
@球果假水晶藍 并沒有 但是想要往這個方向發(fā)展
機器學習/深度學習與基因組學資源搜羅作為一個genomics方向的研究者,在AI的浪潮中總是避免不了焦慮。擔心被時代拋棄。 在以前,不識字的我們稱之為文盲;再后來,英語不好是地球村的文盲;接著到了信息時代,不會...
作為一個十級互聯(lián)網沖浪選手,當看到吳恩達老師出新課的時候就已經無腦沖了。 傳送門:https://learn.deeplearning.ai/courses/ai-pytho...
作為一個genomics方向的研究者,在AI的浪潮中總是避免不了焦慮。擔心被時代拋棄。 在以前,不識字的我們稱之為文盲;再后來,英語不好是地球村的文盲;接著到了信息時代,不會...
省流版 前提條件: 有root權限 不涉及分區(qū)的刪除增加重新分區(qū) 不需要重啟或者關機 不需要到服務器面前才能操作,遠程也可以完成 step 1: 運行一下df -h知道一下自...
太長不看版 只需要使用BiocManager::install()就可以把CRAN、bioconductor、GitHub來源的包都安裝上了。 R包安裝的天下三分 安裝R包是...
背景介紹 組學數(shù)據越來越大,數(shù)據傳輸已經成了一個組學合作研究中的重要限制因素。百度云盤是數(shù)據存儲和傳輸?shù)闹匾ぞ撸琤ypy是一個為了解決數(shù)據操作的工具。 它可以通過命令行上傳...
要讀的文章太多了。實在是沒時間把所有的感興趣的文章都精讀一遍。那就借助GPT快速總結一下文章的內容。 文章標題:Sequence basis of transcription...
我最近在用YGAP (Yeast Genome Annotation Pipeline) 做yeast基因組的注釋。 YGAP生成的注釋結果默認是bed格式不是gff格式,并...
背景介紹 最近我需要通過FTP站點下載合作者提供的測序數(shù)據,因此研究了一下怎么快速地從FTP站點下載文件。 測試的工具主要是ftp和lftp 什么是FTP? FTP,全稱為“...
背景介紹 這篇應該是10x genomics數(shù)據輔助基因組組裝的最后一篇,tigmint也是這些軟件之中效果最好的一個,屬于壓箱底的好工具。并且這個軟件是個活著的軟件,相比于...