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發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：江蘇
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5.1.1 edgeR
樣本無(wú)重復(fù)與DESeq2的對(duì)比如下參考文章： http://www.itdecent.cn/p/517167c50a5f[http://www.itdecent.cn/p...
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miRNA Realtime引物設(shè)計(jì)（莖環(huán)法）
成熟miRNA長(zhǎng)度在20bp左右，realtime合適的檢測(cè)長(zhǎng)度在80~150bp，因此需要在原有序列中增加莖環(huán)結(jié)構(gòu)，以延長(zhǎng)miRNA. 實(shí)驗(yàn)步驟：提取總RNA，反轉(zhuǎn)錄成cD...
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4.0 編碼能力鑒定參考文章： http://rna-cpat.sourceforge.net/[http://rna-cpat.sourceforge.net/]http://blog.bio...
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3.0 轉(zhuǎn)錄本比對(duì)組裝HISAT2+StringTie+cuffcompareHISAT2 下載參考基因組：Sbicolor_454_v3.0.1.fa sbi301（Phytozome） StringTie 參考文章： https://www.bio...
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中山大學(xué)中山醫(yī)學(xué)院-基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)博士在讀<br>歡迎關(guān)注個(gè)人公眾號(hào)<br><br>公眾號(hào)：bioinfomics<br>博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fdongwei1220.github.io%2F" target="_blank">https://dongwei1220.github.io/</a><br>
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你好，在GSEA富集分析那里，id后面有小數(shù)是因?yàn)槭褂昧宿D(zhuǎn)錄本的表達(dá)矩陣進(jìn)行DESeq分析，我認(rèn)為直接取整數(shù)是不合適的，應(yīng)該使用基因count矩陣，重新計(jì)算logFC
R包c(diǎn)lusterProfiler: 轉(zhuǎn)換ID、GO/KEGG富集分析
參考這篇ID轉(zhuǎn)換不用怕，clusterProfiler幫你忙這篇詳細(xì)講了無(wú)參考基因組該怎么辦，值得一看 簡(jiǎn)單介紹一下幾種常用的ID：Ensemble id：一般以ENSG開(kāi)頭...
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數(shù)據(jù)過(guò)濾
步驟：（0）perl 手動(dòng)去除第一行index六個(gè)堿基（1）去除低質(zhì)量的reads（質(zhì)量值Q≤19的堿基占總堿基的50%以上）；（2）默認(rèn)參數(shù)滑窗去掉質(zhì)量低的堿基，最終去除長(zhǎng)...
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環(huán)境準(zhǔn)備
更換系統(tǒng)：WSL+Ubuntu 替換鏡像源： 更新 安裝bioconda https://zhuanlan.zhihu.com/p/25085567[https://zhua...
