寫在前面 性別被稱為“進(jìn)化生物學(xué)問(wèn)題的皇后”，一直是生命科學(xué)領(lǐng)域中最具吸引力和最熱門研究方向之一。而有性生物其性染色體的解析是性別研究的基礎(chǔ)，這篇文章主要介紹一套鑒定性染色體...
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性染色體的鑒定（GATK4） -
計(jì)算分子進(jìn)化-搞懂PAML的正選擇分析許多基因組的文章里都會(huì)提到使用PAML進(jìn)行基因的正選擇分析(positive selection), 網(wǎng)上也有一些教程介紹如何用PAML進(jìn)行分析。無(wú)論是文章，還是教程，大多只...
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預(yù)測(cè)氨基酸替換有害性摘要 在單核苷酸多態(tài)性(SNP)數(shù)據(jù)和大規(guī)模隨機(jī)突變項(xiàng)目中發(fā)現(xiàn)了許多錯(cuò)義替換。每一種氨基酸的替換都可能影響蛋白質(zhì)的功能。我們已經(jīng)構(gòu)建了一個(gè)工具，利用序列同源性來(lái)預(yù)測(cè)替換是否影...
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基因組文章 | 南美白對(duì)蝦《Nature communications》2019
南美白對(duì)蝦，不僅做為一種重要的水產(chǎn)經(jīng)濟(jì)動(dòng)物被廣泛養(yǎng)殖，因其生態(tài)學(xué)意義及對(duì)環(huán)境的適應(yīng)性也受到廣泛研究。今天跟大家分享一下最近刊登在Nature Communications的南...
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【基因組——天麻】天麻基因組揭露植物適應(yīng)異養(yǎng)
Mycoheterotrophs（真菌異養(yǎng)型植物）：植物和真菌的共生大概開始于450百萬(wàn)年前。真菌異養(yǎng)是一種特殊的植物-真菌共生類型，植物從共生真菌獲得固定碳和其他營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)，...
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煙草轉(zhuǎn)錄因子WRKY70的啟動(dòng)子分析這是我替同事做的一個(gè)啟動(dòng)子順式元件預(yù)測(cè)，簡(jiǎn)單介紹下流程。 目的：從同事的描述中，我大概確定客戶想研究WRKY70轉(zhuǎn)錄因子對(duì)煙草抗逆性的調(diào)控，并且想對(duì)自己的啟動(dòng)子做一個(gè)順式元件...
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啟動(dòng)子預(yù)測(cè)軟件匯總
啟動(dòng)子預(yù)測(cè)軟件 Softberry：http://linux1.softberry.com/all.htm UCSC: http://genome.ucsc.edu/ EP...
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生物基礎(chǔ)知識(shí)-CDS、ORF、啟動(dòng)子、終止子、轉(zhuǎn)錄因子、UTR劉小澤寫于2020.2.8大概回顧一下基礎(chǔ)知識(shí) 一：ORF與CDS ORF：open reading frame（開放閱讀框） 它是理論上的蛋白編碼區(qū)，一般是先在DNA序列中...
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2020年轉(zhuǎn)錄組文章到底有多難發(fā)？一文說(shuō)明白！轉(zhuǎn)錄組是一類讓人既愛又恨的項(xiàng)目，實(shí)驗(yàn)門檻低，卻是文章泛濫的重災(zāi)區(qū)，總有人問(wèn)小編，現(xiàn)在轉(zhuǎn)錄組還能發(fā)文章嗎？下面小編就借一篇2020年5月4日發(fā)表在BMC Genomics上題為...
