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早睡早

peak_count進(jìn)行分析有推薦教程嗎？

單細(xì)胞筆記11-scATAC-seq上游數(shù)據(jù)處理

一直以來都不是太清楚scATAC-seq中fragments文件、peak calling，以及counts矩陣的關(guān)系，本文就來梳理一下scATAC-seq的上游數(shù)據(jù)處理中的...

江灣青年

8461 8 11

早睡早

請問博主，可以直接用peak_count進(jìn)行分析嗎？

單細(xì)胞筆記11-scATAC-seq上游數(shù)據(jù)處理

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江灣青年

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早睡早

請問博主，單細(xì)胞一個GSM（即一個生物學(xué)重復(fù)），雙端測序，有兩個SRR（即兩個copy），后續(xù)cellranger怎么處理？

判斷單雙端測序文件

在GEO或者SRA上下載數(shù)據(jù)時候，我們往往需要區(qū)分單雙端數(shù)據(jù)每一個GSM號代表一個生物學(xué)重復(fù)的樣本（該例子為GSM1664614） layout若是標(biāo)注了paired，則代表...

小潤澤

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早睡早

等博主更新后續(xù)可視化

四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06

適用背景 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析內(nèi)容的高級分析之一，本文將介紹SCENIC/pySCENIC的流程，具體原理和內(nèi)容不展開，主要展示代碼復(fù)現(xiàn)流程。R的SCE...

黃甫一

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