空間信息在空間轉(zhuǎn)錄組中的運(yùn)用[http://www.itdecent.cn/p/4804574c7838]Giotto|| 空間表達(dá)數(shù)據(jù)分析工具箱[https://www....
空間信息在空間轉(zhuǎn)錄組中的運(yùn)用[http://www.itdecent.cn/p/4804574c7838]Giotto|| 空間表達(dá)數(shù)據(jù)分析工具箱[https://www....
軌跡分析系列: 單細(xì)胞之軌跡分析-1:RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析(Pseudot...
WGCNA原理和分析流程[http://www.itdecent.cn/p/9331eb5377d1] 單細(xì)胞WGCNA分析方法+隨機(jī)森林[https://www.jian...
hello,大家好,之前呢,分享了10X單細(xì)胞和10X空間轉(zhuǎn)錄組的降維算法,不知道大家掌握了多少。今天我們來分享默認(rèn)的聚類算法Louvain,Louvain算法是目前單細(xì)胞分...
hello,大家好,今天我們來分享一下最新常用的聚類算法----leiden,其實(shí)大家在看Seurat的函數(shù)FindClusters可能會(huì)觀察到,其中有一個(gè)參數(shù)algorit...
免疫組庫是哪位? 能夠稱為“組庫”,首先是功能相似的N多細(xì)胞的集合。而“免疫”是指免疫細(xì)胞,特指T/B淋巴細(xì)胞。“So~免疫組庫”(Immune Repertoire,IR[...
什么是細(xì)胞異質(zhì)性? 在談及細(xì)胞異質(zhì)性之前,還是讓我們先來看看腫瘤的異質(zhì)性吧:腫瘤的異質(zhì)性是惡性腫瘤的特征之一,是指腫瘤在生長過程中,經(jīng)過多次分裂增殖,其子細(xì)胞呈現(xiàn)出分子生物學(xué)...
在python中,有一些內(nèi)置好的特定的方法,這些方法在進(jìn)行特定的操作時(shí)會(huì)自動(dòng)被調(diào)用,稱之為魔法方法,下面介紹幾種常見的魔法方法。 1、__init__:初始化函數(shù),在創(chuàng)建實(shí)例...
前幾天學(xué)習(xí)了文獻(xiàn)CUT&Tag[http://www.itdecent.cn/p/335aec753039],了解了原理以后,可以跟著官網(wǎng)來學(xué)習(xí)如何分析CUT&Tag數(shù)據(jù)了...
導(dǎo)讀 宏基因組分箱(Binning)是將宏基因組測序得到的混合了不同生物的序列或序列組裝得到的contigs按物種分開歸類的過程,類似下圖[1]。傳統(tǒng)的單物種全基因組序列都是...
示例一:綜合操作(ImageMagick命令行)---------------------------------------------------------------...
Scanpy 是一個(gè)基于 Python 分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)的軟件包,內(nèi)容包括預(yù)處理,可視化,聚類,擬時(shí)序分析和差異表達(dá)分析等。https://genomebiology.biom...
1、數(shù)據(jù)基本處理 數(shù)據(jù)集的劃分 根據(jù)用途可將獲取到的數(shù)據(jù)劃分為訓(xùn)練集和測試集,有時(shí)還會(huì)有驗(yàn)證集。 一般而言訓(xùn)練集用于訓(xùn)練模型,測試集用于測試模型的效果(泛化誤差)。嚴(yán)格來講,...
模型在訓(xùn)練集上誤差稱為訓(xùn)練誤差,在測試集上的誤差稱為測試誤差,在未知數(shù)據(jù)上誤差稱為泛化誤差;測試誤差可以作為泛化誤差的近似。 評(píng)估方法 評(píng)估模型的泛化能力,用以指導(dǎo)模型參數(shù)的...
關(guān)于兩種對(duì)象類型的選取: NumPy中的matrix類型對(duì)象和MATLAB中的matrix類型等價(jià),和NumPy中數(shù)組類型對(duì)象底層基本結(jié)構(gòu)不同; 在NumPy中,針對(duì)大規(guī)模數(shù)...
Anaconda Anaconda安裝 下載 Anaconda[https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2021.11-Win...
R語言中的類SQL操作 plyr包可以進(jìn)行類似于數(shù)據(jù)透視表的操作,將數(shù)據(jù)分割成更小的數(shù)據(jù),對(duì)分割后的數(shù)據(jù)進(jìn)行些操作,最后把操作的結(jié)果匯總。 本文主要介紹以下內(nèi)容: Split...
對(duì)于集合的可視化,第一時(shí)間想到的都是韋恩圖(venn diagram),一般集合不超過5個(gè)的時(shí)候,可視化效果還是不錯(cuò)的 但是一旦數(shù)據(jù)集增加,比如說五個(gè)的時(shí)候,你就很難從圖中解...