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空間轉(zhuǎn)錄組教程|| stLearn ：空間軌跡推斷 -
單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析（Pseudot...
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hdWGCNA：單細(xì)胞WGCNA分析方法WGCNA原理和分析流程[http://www.itdecent.cn/p/9331eb5377d1] 單細(xì)胞WGCNA分析方法+隨機(jī)森林[https://www.jian...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）聚類算法之Louvainhello，大家好，之前呢，分享了10X單細(xì)胞和10X空間轉(zhuǎn)錄組的降維算法，不知道大家掌握了多少。今天我們來分享默認(rèn)的聚類算法Louvain，Louvain算法是目前單細(xì)胞分...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）聚類算法之leidenhello，大家好，今天我們來分享一下最新常用的聚類算法----leiden，其實(shí)大家在看Seurat的函數(shù)FindClusters可能會(huì)觀察到，其中有一個(gè)參數(shù)algorit...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組免疫組庫（TCR/BCR-seq）測序(scRNA 5'端測序)免疫組庫是哪位？ 能夠稱為“組庫”，首先是功能相似的N多細(xì)胞的集合。而“免疫”是指免疫細(xì)胞，特指T/B淋巴細(xì)胞。“So~免疫組庫”（Immune Repertoire，IR[...
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細(xì)胞異質(zhì)性||Louvain 算法概述什么是細(xì)胞異質(zhì)性？ 在談及細(xì)胞異質(zhì)性之前，還是讓我們先來看看腫瘤的異質(zhì)性吧：腫瘤的異質(zhì)性是惡性腫瘤的特征之一，是指腫瘤在生長過程中，經(jīng)過多次分裂增殖，其子細(xì)胞呈現(xiàn)出分子生物學(xué)...
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Python魔法方法在python中，有一些內(nèi)置好的特定的方法，這些方法在進(jìn)行特定的操作時(shí)會(huì)自動(dòng)被調(diào)用，稱之為魔法方法，下面介紹幾種常見的魔法方法。 1、__init__：初始化函數(shù)，在創(chuàng)建實(shí)例...
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CUT&Tag數(shù)據(jù)分析筆記（1）前幾天學(xué)習(xí)了文獻(xiàn)CUT&Tag[http://www.itdecent.cn/p/335aec753039]，了解了原理以后，可以跟著官網(wǎng)來學(xué)習(xí)如何分析CUT&Tag數(shù)據(jù)了...
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宏基因組分箱(Binning)技術(shù)導(dǎo)讀 宏基因組分箱（Binning）是將宏基因組測序得到的混合了不同生物的序列或序列組裝得到的contigs按物種分開歸類的過程，類似下圖[1]。傳統(tǒng)的單物種全基因組序列都是...
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linux convert 常用命令
示例一：綜合操作（ImageMagick命令行）---------------------------------------------------------------...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)分析之ScanpyScanpy 是一個(gè)基于 Python 分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)的軟件包，內(nèi)容包括預(yù)處理，可視化，聚類，擬時(shí)序分析和差異表達(dá)分析等。https://genomebiology.biom...
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機(jī)器學(xué)習(xí)筆記2 - 機(jī)器學(xué)習(xí)的一般流程
1、數(shù)據(jù)基本處理 數(shù)據(jù)集的劃分 根據(jù)用途可將獲取到的數(shù)據(jù)劃分為訓(xùn)練集和測試集，有時(shí)還會(huì)有驗(yàn)證集。 一般而言訓(xùn)練集用于訓(xùn)練模型，測試集用于測試模型的效果（泛化誤差）。嚴(yán)格來講，...
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機(jī)器學(xué)習(xí)筆記3 - 模型評(píng)估與性能度量模型在訓(xùn)練集上誤差稱為訓(xùn)練誤差，在測試集上的誤差稱為測試誤差，在未知數(shù)據(jù)上誤差稱為泛化誤差；測試誤差可以作為泛化誤差的近似。 評(píng)估方法 評(píng)估模型的泛化能力，用以指導(dǎo)模型參數(shù)的...
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機(jī)器學(xué)習(xí)筆記4 - 矩陣及其運(yùn)算
關(guān)于兩種對(duì)象類型的選取： NumPy中的matrix類型對(duì)象和MATLAB中的matrix類型等價(jià)，和NumPy中數(shù)組類型對(duì)象底層基本結(jié)構(gòu)不同； 在NumPy中，針對(duì)大規(guī)模數(shù)...
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機(jī)器學(xué)習(xí)筆記1 - 環(huán)境搭建Anaconda Anaconda安裝 下載 Anaconda[https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2021.11-Win...
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R語言的plyr包簡介R語言中的類SQL操作 plyr包可以進(jìn)行類似于數(shù)據(jù)透視表的操作，將數(shù)據(jù)分割成更小的數(shù)據(jù)，對(duì)分割后的數(shù)據(jù)進(jìn)行些操作，最后把操作的結(jié)果匯總。 本文主要介紹以下內(nèi)容： Split...
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UpSetR：集合可視化神包對(duì)于集合的可視化，第一時(shí)間想到的都是韋恩圖（venn diagram），一般集合不超過5個(gè)的時(shí)候，可視化效果還是不錯(cuò)的 但是一旦數(shù)據(jù)集增加，比如說五個(gè)的時(shí)候，你就很難從圖中解...
