TCGA數(shù)據(jù)庫中含有的癌癥名稱，簡寫和中文名稱 Abbr英文名稱中文名稱ACCAdrenocortical carcinoma腎上腺皮質(zhì)癌BLCABladder Urothe...
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TCGA / 癌癥簡稱 / 縮寫 / TCGA癌癥中英文對照
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職業(yè)規(guī)劃職位薪酬表 翻看公眾號，偶然看到一份醫(yī)藥行業(yè)各崗位的薪資情況，數(shù)據(jù)是基于一家咨詢公司。重點(diǎn)是這張表羅列了醫(yī)藥行業(yè)各個(gè)崗位的職位框架，分門別類的羅列了各個(gè)細(xì)分領(lǐng)域的職位，如研發(fā)...
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@39d9b5b8fdc1 別人分享的，感興趣可以研究一下這篇文獻(xiàn)：Spatiotemporal Dynamics of Intratumoral Immune Cells Reveal the Immune Landscape in Human Cancer
ssGSEA 與CIBERSORT分析--腫瘤免疫浸潤分析
背景 GSEA、GSVA、ssGSEA和GO、KEGG富集分析之間的區(qū)別？ 從輸入的表達(dá)矩陣入手1. GSEA的輸入矩陣：差異表達(dá)分析后得到的矩陣！一列基因名/ENTREZ ...
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org.Hs.eg.db 包的使用jimmy布置的個(gè)R語言中級作業(yè)中提到了幾個(gè)R包，我查找了Bioconductor中org.Hs.eg.db包的使用說明書，為了自己更好的理解和應(yīng)用，做了以下筆記。 首先了解...
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GO富集分析前段時(shí)間，我們對顯著差異轉(zhuǎn)錄本Pathway富集進(jìn)行了解讀，。今天，我們再來看看GO分析，以及相關(guān)圖表的意義。 GO分析網(wǎng)站：http://pantherdb.org/，以及...
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ESTIMATE免疫評分和腫瘤純度背景： 在腫瘤微環(huán)境中，除了免疫浸潤細(xì)胞，還存在大量的腫瘤細(xì)胞和基質(zhì)細(xì)胞。不同類型的免疫細(xì)胞在抗腫瘤和腫瘤免疫逃逸過程中又發(fā)揮了不同的作用，腫瘤的生長、侵襲和轉(zhuǎn)移與腫瘤的生長...
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ssGSEA 與CIBERSORT分析--腫瘤免疫浸潤分析背景 GSEA、GSVA、ssGSEA和GO、KEGG富集分析之間的區(qū)別？ 從輸入的表達(dá)矩陣入手1. GSEA的輸入矩陣：差異表達(dá)分析后得到的矩陣！一列基因名/ENTREZ ...
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2021-09-25。惋惜，Oncomine將于2022年1月17日終止服務(wù)
如題，芒果必須告知各位果友這個(gè)不幸的消息——Oncomine數(shù)據(jù)平臺將于2022年1月17日終止服務(wù)。關(guān)于Oncomine平臺的離場，芒果很傷心，也很惋惜！ 但是，現(xiàn)實(shí)總是殘...
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表達(dá)譜分析組織中細(xì)胞組分情況 --- CIBERSORT & xCell腫瘤微環(huán)境是近年來的研究熱點(diǎn)。復(fù)雜而動(dòng)態(tài)的微環(huán)境中，腫瘤細(xì)胞與浸潤性免疫細(xì)胞、基質(zhì)細(xì)胞等相互作用，這在促進(jìn)或抑制腫瘤生長、侵襲、轉(zhuǎn)移以及對病人臨床預(yù)后方面可能具有多方面的影響...
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GSEA 富集分析理論知識 GSEA（Gene Set Enrichment Analysis），該方法發(fā)表于2005年的Gene set enrichment analysis: a kno...
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GSEA筆記GSEA縮寫 GSEA的全稱是Gene Set Enrichment Analysis，中文翻譯就是基因集富集分析，最早提出GSEA的文章是下面的這篇文獻(xiàn)： 基因集富集分析是...
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GSEA富集分析學(xué)習(xí)筆記
教程https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI5MTcwNjA4NQ==&mid=2247484582&idx=1&sn=1e01276e121...
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復(fù)現(xiàn)：純R代碼實(shí)現(xiàn)ssGSEA算法評估腫瘤免疫浸潤程度最近學(xué)習(xí)了生信菜鳥團(tuán)的純R代碼實(shí)現(xiàn)ssGSEA算法評估腫瘤免疫浸潤程度,想復(fù)制作者的流程，但是發(fā)現(xiàn)了幾個(gè)不一樣的地方，所以重新整理流程，代碼主要來自原作者Juan_NF。 文...
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一個(gè)看似簡單的需求——修改富集分析的dotplot圖劉小澤寫于2020.2.6最近再一次做起了轉(zhuǎn)錄組，但這一次需求有點(diǎn)小改變，需要自己定制一下，具體原因看本文吧。其中要特別表揚(yáng)花花??同學(xué)，幫了個(gè)大忙！ 問題由來 我們一般進(jìn)行富...
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R包c(diǎn)lusterProfiler: 轉(zhuǎn)換ID、GO/KEGG富集分析參考這篇ID轉(zhuǎn)換不用怕，clusterProfiler幫你忙這篇詳細(xì)講了無參考基因組該怎么辦，值得一看 簡單介紹一下幾種常用的ID：Ensemble id：一般以ENSG開頭...
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TCGA 差異分析及作圖原始數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 學(xué)習(xí)生信我認(rèn)為首先要具有全局觀，首先要弄清楚做什么分析，需要準(zhǔn)備什么文件，然后把這些文件變成什么樣子。當(dāng)準(zhǔn)備工作做好后，直接調(diào)用R包進(jìn)行分析和作圖。為了方便看，...
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R-Markdown的學(xué)習(xí)一、基本語法 1.標(biāo)題 一個(gè)#是一級標(biāo)題，二個(gè)#是二級標(biāo)題，以此類推。 2.字體格式 3.引用 4.圖片 5.有序列表 二、代碼 1.單行代碼 2.多行代碼 三、R-Mark...
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R-Markdown學(xué)習(xí)與使用簡介 ??markdown是一種純文本格式的標(biāo)記語言，只需要簡單的標(biāo)記語言就可將文本格式的內(nèi)容具有一定的格式。核心是將文字與排版分開，從而將注意力集中于文字本身。但其本質(zhì)，M...
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dplyr包1. dplyr簡介 dplyr是R語言的數(shù)據(jù)分析包，能對dataframe類型的數(shù)據(jù)做很方便的數(shù)據(jù)處理和分析操作。d代表dataframe - plyr是英文鉗子plier...