一、ID常識 ENSG00000141510ensembl ID是歐洲生物信息數(shù)據(jù)庫的基因標(biāo)識符，ensembl ID是歐洲生物信息數(shù)據(jù)庫的基因標(biāo)識符，基因都是以ENSG（e...
發(fā)簡信
IP屬地：湖南
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數(shù)據(jù)庫基因ID介紹及轉(zhuǎn)換（R的biomaRt包） -
RPKM、FPKM、TPM計算公式基因表達(dá)量的衡量指標(biāo)有：RPKM、FPKM、TPM。 RPKM：Reads Per Kilobase Million=Reads Per Kilobase Per Milli...
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TCGA 數(shù)據(jù)分析實戰(zhàn) —— 干性指數(shù)（mRNAsi、mDNAsi）
前言 干細(xì)胞(stem cells, SC)是人體內(nèi)具有自我復(fù)制和多向分化潛能的原始細(xì)胞，而這種自我更新和分化為成熟細(xì)胞的能力稱為干性 腫瘤干細(xì)胞 (cancer stem ...
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機(jī)器學(xué)習(xí)識別腫瘤干性指數(shù)mRNAsi
腫瘤干性細(xì)胞指數(shù)si是一種描述腫瘤細(xì)胞與干細(xì)胞相似程度的指標(biāo)，可以認(rèn)為是CSCs的量化。干細(xì)胞具有自我更新以及治療耐藥性的特征，在癌癥中發(fā)揮著重要作用。 2018年發(fā)表在Ce...
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使用Aspera，wget和 prefetch下載SRA數(shù)據(jù)下載Accession list 進(jìn)入NCBI——進(jìn)入SRA數(shù)據(jù)庫——輸入物種拉丁名——選擇Send to中的RunSelector——Go 點擊Accession list...
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四個GEO分析的萬能R包來自大神Jimmy
今天想復(fù)現(xiàn)一下一篇芯片平臺為GPL17077的文章，發(fā)現(xiàn)該平臺沒有對應(yīng)的R包。按照之前的思路: 一般有三種方法可以得到芯片探針與gene的對應(yīng)關(guān)系： 金標(biāo)準(zhǔn)當(dāng)然是去基因芯片的...
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稱霸kaggle的XGBoost究竟是啥？一、前言：kaggle神器XGBoost 相信入了機(jī)器學(xué)習(xí)這扇門的小伙伴們一定聽過XGBoost這個名字，這個看起來樸實無華的boosting算法近年來可算是炙手可熱，別的不...
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機(jī)器學(xué)習(xí)筆記(3)-sklearn支持向量機(jī)SVM
文章用于總結(jié)對sklearn支持向量機(jī)模塊的使用，系統(tǒng)回顧作者近期的相關(guān)學(xué)習(xí)，部分內(nèi)容來源網(wǎng)站(侵權(quán)聯(lián)系必刪)。 第一部分 SVM用途及優(yōu)缺點 1. 主要用途： class...
