我們生活著的世界并非只有我們自己，而是有很多小于或大于我們的生物不斷與我們交互著，有的讓我們開心，有的使我們傷心。這就關(guān)系到一個本質(zhì)的問題： 我是誰？ 我是一個腦袋，一個軀體...
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10× Genomics單細(xì)胞免疫組庫VDJ分析必知必會 -
冰凍切片中部分問題總結(jié)
一、樣品處理 1.1 Q：包埋過程應(yīng)遵從什么原則？A： (1) 選取的組織要大小合適，便于后續(xù)實(shí)驗(yàn)操作。 (2) 取的組織要盡量新鮮，避免RNA降解。 (3) 選用合適的包埋...
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跟著Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(四):單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序UMAP降維聚類
更多內(nèi)容請關(guān)注個人公眾號---KS科研分享與服務(wù)---接上節(jié)（跟著Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(三):單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)質(zhì)控（QC）及合并去除批次效應(yīng)[http://mp.wei...
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StringTie + DESeq2 進(jìn)行 RNA-seq 差異基因分析按：RNA-seq 流程非常多樣化，每一個步驟可選工具都非常多。我的選擇是 StringTie 進(jìn)行組裝取得 read counts 數(shù)值，DESeq2 分析差異基因。這里把...
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Bulk RNA-Seq 差異表達(dá)分析流程以前寫過不少零散的 RNA-Seq 分析文章，現(xiàn)在整理為流程，同時修改一些錯誤。流程包含質(zhì)控、比對、定量、差異分析。 前處理 拿到原始 fastq 數(shù)據(jù)先進(jìn)行前處理。前處理包...
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為什么要以數(shù)據(jù)庫的思維來理解單細(xì)胞數(shù)據(jù)在我們涉足單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析不久之后就會發(fā)現(xiàn)，我們在和一套新的理念打交道。在這套理念中，對象是常見的，數(shù)據(jù)是多維的，往往是一張核心表及其附屬。我們對一張表是熟悉的，Excel極大...
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10X單細(xì)胞之細(xì)胞通訊篇章-----Connectome今天我們來分享一篇關(guān)于細(xì)胞通訊的文章，其實(shí)關(guān)于細(xì)胞通訊我分享的就已經(jīng)很多了，不知道大家對10X單細(xì)胞做細(xì)胞通訊有了怎樣的見解，今天我們來分享一篇新的細(xì)胞通訊的分析文章，文章在...
