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BSA分析（八）——OcBSA背景 雙親高度雜合（親本由多個(gè)單體型構(gòu)成）的分離群體利用常規(guī)的BSA分析方法往往結(jié)果并不理想，因?yàn)樵诨斐刂杏卸嗟任换虻母蓴_。OcBSA就通過解...
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BSA分析（七）——DeepBSA本篇內(nèi)容根據(jù)官方說明文檔撰寫，軟件操作十分簡(jiǎn)單，所以內(nèi)容不再特別詳細(xì)的介紹。 DeepBSA是一種用于解析復(fù)雜性狀的創(chuàng)新Bulked Segre...
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vcf文件過濾親本純合且差異位點(diǎn)
了解過vcf文件的格式之后，對(duì)親本純合且差異的位點(diǎn)進(jìn)行過濾就變得簡(jiǎn)單多了。如果格式規(guī)范的話一行awk命令其實(shí)就能解決。這里為了提高腳本的適用范圍...
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BSA分析（六）——QTLseqr包前言 我在猶豫是否補(bǔ)充一篇怎樣拆分染色體進(jìn)行比對(duì)和變異檢測(cè)（主要是為了提高比對(duì)和變異檢測(cè)效率）的帖子。開始沒有規(guī)劃這篇內(nèi)容的原因有兩點(diǎn)：一是內(nèi)容...
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染色體拆分VCF文件合并
本篇帖子的分享內(nèi)容主要也是和前面大基因組拆分相呼應(yīng)的，利用前面拆分的基因組文件，對(duì)變異檢測(cè)結(jié)果文件中拆分的染色體部分進(jìn)行合并，并輸出最終結(jié)果。 ...
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BSA分析（五）——變異檢測(cè)及樣本合并
本文中vcf文件的獲取主要是使用gatk的HaplotypeCaller模塊，該模塊的原理大概如下： 定義active regions 沿著參考...
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大基因組染色體拆分
腳本使用方法及參數(shù)介紹 腳本內(nèi)容如下 拆分結(jié)果
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BSA分析（四）——序列比對(duì)及比對(duì)信息統(tǒng)計(jì)
拿到質(zhì)控后的數(shù)據(jù)就可以開始進(jìn)行數(shù)據(jù)的比對(duì)了。（這里復(fù)習(xí)一下）需要確定好參考基因組，參考基因組選擇標(biāo)準(zhǔn)：質(zhì)量高、完整、和某一親本相近（是親本之一的...
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BSA分析（三）——測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)控關(guān)鍵詞：BSA分析，測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控，F(xiàn)astQC，Trimmomatic，去接頭序列 數(shù)據(jù)格式 一定要先搞清楚數(shù)據(jù)的格式，才能進(jìn)行進(jìn)一步的數(shù)據(jù)整理...
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